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CIDO DESOXINUCLICO
Nucleotdeos: So molculas
formadas por um acar (pentose),
por um grupamento fosfato e uma
base nitrogenada. So as unidades
formadoras dos cidos nuclicos
Base nitrogenada + Pentose + Fosfato
NUCLEOTDEOS
NUCLEOSDEOS
7
-furanose
10
RNA
DNA
11
12
13
14
15
A T
16
G C
17
cidos Nuclicos
Numerao:
Pentose = Carbonos 1 a 5
Base nitrogenada pirimidinas = 1 a 6
purinas = 1 a 9
Ligao pentose pirimidina C 1 N-1
pentose purina C 1- N-9
Fosfato 5: mono-, di-, tri- = fsforo
ligao ster (baixa energia)
ligao fosfoanidro (alta energia)
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PURINAS
20
PIRIMIDINAS
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DNA
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RNA
30
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34
Traduo ou sntese
protica: com a participao
dos RNAs, ocorre a sntese da
protena a partir do RNA
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RNA
Pentose do
nucleotdeo
Desoxirribose
Ribose
Base
Nitrogenada
A, T, G e C
A, U, G e C
Cadeia
Dupla
nica
Funo
Mantm a
Expressa a informao
informao gentica
gentica
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Nucleotdeos
Base
Adenina
Guanina
Citosina
Timina
Uracil
Nucleosdeo
Adenosina
Deoxiadenosina
Guanosina
Deoxiguanosina
Citidina
Deoxicitidina
Timidina
Uridina
Nucleotdeo
Adenilato
Deoxiadenilato
Guanilato
Deoxiguanilato
Citidilato
Deoxicitidilato
Timidilato
Uridilato
RNA
DNA
RNA
DNA
RNA
DNA
DNA
RNA
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Bases modificadas
48
Bases modificadas
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Ligao
Fosfodiester
Polaridade
5 -> 3
pH 7 = fosfatos
c/ carga negativa
neutralizados por
interaes inicas
com ptn, ions,
poliaminas
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Estrutura do DNA
2 cadeias independentes
Dupla hlice, sentido direito
Hlices anti-paralelas
Complementariedade das bases
Eixo externo hidroflico - deoxiribose + fosfato
Bases hidrofbicas (planas) no interior
Bases ligadas pontes de H + empilhadas
(stacking)
Major groove e Minor groove (ondulao)
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Estrutura do DNA
Bases hidrofbicas, relativamente
insolveis em gua pH neutro
> solublidade em pH + cido ou + bsico
interaes hidrofbicas por
empilhamento (base stacking) - duas
bases planas sobrepostas
stacking funo de fora van der Waals e
interao dipolo-dipolo entre bases
minimiza contato com gua
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Estrutura do DNA
Estabilidade da estrutura secundria:
1. Pontes de H pareamento Watson e Crick
funo de forma tautmero distncia
correta entre C-1 -> A -T e G - C
2. Interaes hidrofbicas
1.
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Estrutura do DNA
Pareamento de bases crtico:
1. Biolgico replicao, transcrio, controle
expresso gnica
2. Anlise Hibridizao, PCR, microarranjo,
seqenciamento
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Propriedades de Nucleotdeos
molculas altamente conjugadas afetando
estrutura, distribuio de eltrons e
absoro de luz UV
molculas planas (pirimidina) ou quase
(purina)
absorbncia mxima - cerca 260 nm
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Renaturao ou anelamento
decrscimo da temperatura ou pH
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Desnaturao e renaturao do
DNA
Desnaturao
Calor melting
pH extremos DNA em pH 12
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Cintica de Renaturao
1. Soluo de DNA aquecida lentamente
2. Medir Abs260nm
3. Grfico Abs x Temperatura
4. DNA desnatura em faixa estreita de T oC de forma
cooperativa = Tm
DNA
RNA
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Cintica de Renaturao
Renaturao no apenas reverso de desnaturao!
ocorre naturalmente 5 10oC abaixo Tm
- Renaturao = funo de [DNA] freqncia de
bases complementares se encontrarem
- Depende de complexidade do genoma
-
Taxa de Renaturao
- Funo do tamanho
do genoma
- Genoma menor
renatura mais
rapidamente
Curvas CoT
C/Co = 1/(1 + kCoT)
C = [ssDNA]
Co = [DNA]
K = constante da taxa de
reassociao
T = tempo
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Cintica de Renaturao
Temperatura de desnaturao = Tm
Funo: composio G+C
Medium Repetitive
Single/Low copy
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Cintica de Renaturao
Complexidade de Seqncia: grupo mnimo (em
pb) que define o genoma;
Valor Cot: definido como o produto da
concentrao de nucleotdeos em moles por
Litro (Co) e seu tempo de renaturao (t);
Componente Cintico: grupo de seqncias
genmicas que exibem propriedades de
renaturao similares, e consequentemente
aparecem como regio sigmoidal distinta na
curva Cot.
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RNA
1961 - Jacob & Monod -> RNA intermedirio
RNAs ocorrem no ncleo e citoplasma
mRNA
monocistrnico - eucariotos
policistrnico - procariotos
rRNA
tRNA
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rRNA em Ribossomo
tRNA
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Estrutura de RNA
mRNA -> fita simples
tendem a assumir conformao helicoidal direita dominada
pelo emplihamento das bases (pur-pur)
auto-complementariedade - estrutura mais complexas
pareamento: A-U, G-C e G-U!
estrutura 3ria funo de seqncia (~ a ptn)
interaes com grupo OH de C-2
formas A e Z, mas no ocorre forma B!
rRNA
tRNA
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agentes ambientais
deaminanntes
alquilantes
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