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cidos

Nucleicos
Blgo. Csar Alexander Ortiz Rojas
Laboratorio de Bioqumica y Biologa
Molecular
Facultad de Medicina - UNFV

ACIDO
DESOXIRIBONUCLEICO
(ADN)

Complementariedad
Antiparalelo
Curvaturas mayor y
menor

Naturaleza de un nucletido:
Se libera una molcula
de agua para la
formacin de un enlace
fosfoster.

H2
O

Nucletid
o
Creado por
la unin de
uno o ms
fosfatos

H2O

La liberacin de una
molcula de agua
permite la formacin de
un enlace glucosdico

No posee
grupo hidroxil
en la posicin
2

Nuclesid
o
Azcar +
base

Nuclesidos y nucletidos

Desoxitimidina

Desoxicitidina 5

Guanosin

ENLACE
FOSFODISTER
Unin entre:
3 hidroxilo de la 2desoxiribosa.
Grupo fosfato del 5
hidroxilo.
El esqueleto azcar-fosfato
es una caracterstica regular
de la estructura del ADN.

El enlace fosfodister imparte polaridad

Por convencin, las secuencias


nucleotdicas se escriben de 5 a
3.

Cada base existe en dos


estados tautomricos
alternativos

La relacin de equilibrio de la forma


predominante respecto a todas las dems es
mayor de 99:1

APAREAMIENTOS WATSON
-CRICK
GUANINA-CITOSINA

o Carbonilo C6
(aceptor)
o Nitrgeno en 1
(dador)
o Amino en C2

Amino en C4 (dador)
Nitrgeno en 3
(aceptor)
Carbonilo en C2
(aceptor)

APAREAMIENTOS WATSON
-CRICK
ADENINA-TIMINA

o Amino en C6
(dador)

Carbonilo en C4
(aceptor)

o Nitrgeno en 1
(dador)

Nitrgeno en 3
(aceptor)

Tautomerizacin
de la citosina

La disposicin de dadores y
aceptores de puentes de
hidrgeno impiden la
compatibilidad de citosina
con adenina.

FACTORES QUE CONTRIBUYEN A LA


ESTABILIDAD DEL ADN
Complementariedad entre bases
Similar geometra entre pares de
bases
La asociacin de las cadenas
complementarias desplaza molculas de
agua. Esto genera entropa.

Interacciones de las nubes electrnicas de las


bases. Las bases al ser planas y relativamente
insolubles tienden a empaquetarse unas sobre
otras.

LAS BASES PUEDEN DESPLAZARSE


FUERA DE LA HLICE BASE FLIPPING

El ADN est doblado hacia la


derecha

El giro del ADN engloba 10


pares de bases segn
cristalografa de rayos X.
En estado acuoso es de
10.5 pares de bases
(experimento mica)

Dnasa I: cliva
enlaces
fosfodister

EXPERIMENTO MICA (1970)

Qu origina la curvatura
mayor y menor del ADN?
El ngulo entre los enlaces glucosdico
que los azcares de ambos nucletidos
forman en un par de bases es de
alrededor de 120, exponiendo las bases
a una cara de la hlice (curvatura
mayor).

La curvatura mayor es rica en


informacin qumica
Cada par de bases expone
distintos grupos donadores o
aceptores de puentes de
hidrgeno, o con potencial
interaccin de Van der Wals.
Cada grupo expuesto identifica
al par de bases:
-

G:C A A D H
C:G H D A A
A:T A D A M
T:A M A D A

Donde:
A: Aceptor de puentes de
hidrgeno
D: Donador de puentes de
hidrgeno

El ADN puede existir en mltiples


conformaciones
Estructura B
Observado a elevada humedad
Estructura promedio en condiciones
fisiolgicas
Posee 10 pares de bases por vuelta
segn difraccin de rayos X.
Posee una amplia curvatura mayor y
una estrecha curvatura menor.

El ADN en las clulas difiere de la forma B


en dos aspectos
1. En condiciones fisiolgicas son 10.5 pares de bases por
vuelta
2. La estructura no es tan regular. Las bases
nitrogenadas apareadas pueden formar un ngulo al
girarse sobre si
Rotacin entre los
planos de las bases
difiere de la
estructura
Watson-Crick

Estructura A
Observado a baja humedad
Adoptado en ciertos complejos
protena-ADN
Posee 11 pares de bases por vuelta
(rayos X)
Su curvatura mayor no es tan amplia
y ms profunda, mientras que la
menor es menos estrecha y menos
profunda
La inclinacin de las bases respecto al
Tambin observado en
eje es mayor.
hbridos ADN-ARN y
ARN-ARN

Estructura Z
El giro de este ADN es hacia la izquierda
La unin glucosdica entre azcar y base est
en conformacin syn en los residuos de purina.
La alternancia de repeticiones purina-pirimidina
(syn-anti) favorece esta estructura.
En solucin se forma en presencia de altas
concentraciones de cationes.

anti
syn

DENATURACIN Y REASOCIACIN DEL


ADN
El ADN puede denaturarse a temperaturas y pH mayores
a la fisiolgica, proceso denominado denaturacin
(reversible).

Proceso explicado
por la
hipocromicidad
de la doble hlice

La secuencia del ADN determina la Tm


Altas concentraciones de sales en el medio tambin
tambin incrementan el Tm (los cationes estabilizan la
repulsin de los grupos fosfato).

Baja
concentracin
de sal

Alta
concentracin
de sal

Topologa del ADN


Esta en funcin de los iones
de los alrededores y de las
protenas que forman
complejos con el ADN.
El ADN cadena lineal, debido
a sus extremos libres, puede
acomodarse a diferentes
topologas segn la
interaccin de las dos
cadenas lo permitan.
El ADN circular, debido a
que estn covalentemente
cerrados, tienen una
topologa ms restringida.

SUPERENROLLAMIENTO DEL ADN:

Ejemplo: En una cadena de


360 pb
36 vueltas
Topologicamente se debe
pasar 36 veces una de las
cadenas sobre la otra para
desenrollar totalmente la
molecula.
Este nmero es conocido
como Twist number (Tw)

Torsin toroidal

# de torsiones (Writhing number,


Wr) =
# torsin plectonmica + #
torsiones toroidales.

Linking number (Lk) = Wr +


Tw

Lk = Lk de ADN circular en condiciones


fisiolgicas.

Torsin
plectonmica

Tericamente existe el
superenrollamiento negativo (Lk < 0)
y el superenrollamiento positivo (Lk >
0).
En bacterias y arqueas el
superenrollamiento est encargado de la
ADN girasa (topoisomerasa II).
Algunos antibiticos que actuan sobre
bacterias como quinolonas,
fluoroquinolonas y novobiocina, inhiben la
accin de la ADN girasa.

El superenrollamiento negativo es el que se


encuentra en la mayora de bacterias y
eucariotas.
Esta topologia le permite al ADN guardar
energa libre para los procesos de separacin del
ADN (replicacin y transcripccin).
El superenrollamiento positivo ha sido
encontrada en microorganismos que viven a
temperaturas extremas. Impide su denaturacin.

Topoisomeras
a II
(requiere ATP)

Topoisomeras
aI
(no requiere
ATP)

Los topoisomeros del


ADN pueden ser
resueltos por
electroforesis

ACIDO RIBONUCLEICO
(ARN)
Contiene ribosa (OH en el
2).
Contiene uracilo (sin 5-metil
de la timina).
Usualmente de cadena
simple.

Estructuras Stem-Loop

Hairpin
Horquill
a

Bulge
Protuberanci
a
Loop
Bucle
Pseudoknots

3
6
1

El apareamiento (no WatsonCrick) entre G:U favorece la


estructura doble del ARN.
La presencia del 2 hidroxilo
previene que el RNA doble hlice
adopte la forma del DNA B.
La estructura asemeja ms al
DNA A exponiendo menos los
componentes qumicos de la
curvatura mayor.
Esto hace menos probable una
interaccin protena-secuencia
especfica.

El ARN puede formar


estructuras terciarias

La causa principal es
la libertad de rotacin de
los enlaces fosfosdister
en estas molculas.
Esto puede favorecer
apareamientos no
convencionales, como
un triple apareamiento
de bases.

El ARN como biocatalizador

Llamadas ribozimas.
Poseen un sitio activo.
Un sitio de unin al
sustrato.
Sitio de unin a
cofactores.

Rnasa P

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