cidos Nuclicos

Lic. TM Christian Rodrguez Zamora

cidos nucleicos: Introduccin

Bases, nuclesidos y nucletidos

F. Miescher (1865)
Estudia la composicin qumica del pus:

encuentra una fraccin precipitable por cido

diludo que denomina Nuclena.
Encuentra un material parecido a la nuclena
en la esperma de salmn, y lo fracciona en
una componente proteico (protamina) y un
componente que contiene P, de carcter
cido, que Altmann denomina cido nucleico.

 Estudios posteriores a Miescher demuestran la

existencia de dos tipos de cido nucleico: uno
abundante en la levadura, que recibe el nombre de
cido zimonucleico y otro, abundante en el timo,
llamado cido timonucleico.
Posteriormente se comprueba que en la composicin
del llamado zimonucleico entra la ribosa, y por eso
pasa a llamarse cido ribonucleico (RNA, ARN),
mientras que el timonucleico contiene desoxirribosa,
por lo que pasa a llamarse cido desoxirribonucleico
(DNA, ADN)

Experimento de Avery (1944)

El neumococo tipo R (rough, rugoso) (colonias a la izda.) puede

ser transformado en neumococo tipo S (smooth, liso) (colonias
a la dcha.) por el DNA del neumococo S. Esta transformacin
se transmite a la descendencia.

La hidrlisis qumica completa de un cido nucleico da

lugar a una mezcla equimolar de:
A. Una base nitrogenada heterocclica, purina o pirimidina
B. Una pentosa, ribosa o desoxirribosa
C. Fosfato
La hidrlisis enzimtica completa de un cido nucleico da
lugar a una mezcla de nucletidos
Los cidos nucleicos son polmeros (de altsimo peso
molecular) cuyos monmeros son los nucletidos.

DNA de Escherichia coli

Una sola molcula

circular cuya
circunferencia mide
1 mm
Tiene un peso
molecular de
aproximadamente
109

NH2
N

O
-

O P O CH2
O-

OH

OH

Pentosa
Fosfato

Base

Nuclesido
Nucletido

Polinucletido

NH2
N
O P O CH2

N
N
NH2
N

OH
O P O CH2
O

N
NH2
N

Enlace
fosfodister

OH
O P O CH2
-

N
N

Enlace
-glicosdico
O

OH

Purinas
6
1

Pirimidinas
4

3
8

N
3

NH
9

N
N
1

NH2
N

N
N

NH

Adenina: 6-amino purina

O
N

HN
H 2N

NH

Guanina: 2-amino 6-oxo purina

NH2
Citosina:
2-oxo 4-amino
pirimidina

N
O

N
O
Uracilo:
2,4-dioxo
pirimidina

HN
O

N
O

HN
O

Timina:
CH3 2,4-dioxo
5-metil
pirimidina

Nuclesidos, 1
Unin de una base a una pentosa a travs de un enlace de
tipo -N-glicosdico:

H 2N
N

N
HOCH2

OH

H 2N

Enlace
-N-glicosdico

N
N

OH

Adenosina
(pentosa es ribosa)

HOCH2

OH

Desoxiadenosina
(pentosa es desoxirribosa)

Purinas: enlace entre carbono anomrico (1) y N9 de la base

-D-ribofuranosil adenina (Adenosina)

Chem3D Embed

Nuclesidos, 2

NH2

NH2

N
HOCH2

O
O

OH

Citidina

N
N

OH

HOCH2

OH

Desoxicitidina

Pirimidinas: enlace entre carbono anomrico (1) y N1 de la base

Numeracin

Nomenclatura

H2N
7N
5'
HOCH2
4'

5
4

8
N9

3'

2'

OH

OH

1'

N1
2

N
3

Base

Nuclesido

Adenina
Guanina

Adenosina
Guanosina

Citosina
Uracilo
Timina

Citidina
Uridina
Timidina

Numeracin de tomos en los nuclesidos

Uridina
5

4
3

Conformacin de nuclesidos

Adenosina (anti-)

Adenosina (syn-)

Antibiticos nucleosdicos
NH2
N
N

Puromicina
Antibitico inhibidor
de la sntesis de
protenas

N
N

NH2
N

HOCH2

OH

HOCH2

Cordicepina
Medicamento contra el cncer;
es un tipo de antibitico antitumoral.

NH
H3 C

CH2

CH
NH2

OH
O

N
N

Antivirales

Citosin arabinsido
(Vidarabin)
Activo contra herpes y varicela

Antirretrovirales, ej. VIH

O
CH3

HN
HOCH2

O
O

O
CH3

HN
N

N3
AZT, Zidovudina

HOCH2
C

O
O

N
C

D4T, Estavudina

Nucletidos
(ribonucletidos)

5-nucletido
(5-CMP)

3-nucletido
(3-CMP)

2-nucletido
(2-CMP)

5-CMP

Chem3D Embed

Nucletidos (desoxirribonucletidos)

5-dTMP

3-dCMP

Nucletidos cclicos

3,5 Adenosin monofosfato cclico, cAMP

Mensajeros Qumicos, cAMP y cGMP

Adenosn monofosfato cclico (AMPc, cAMP, AMP

cclico o adenosn monofosfato-3',5' cclico) es un
nucletido que funciona como segundo mensajero en varios
procesos biolgicos. Es un derivado del adenosn trifosfato
(ATP), y se produce mediante la accin de la enzima
adenilato ciclasa a partir del adenosn trifosfato.
El AMPc es un segundo mensajero, empleado en las rutas
de transduccin de la seal en las clulas como respuesta a
un estmulo externo o interno, como puede ser una
hormona como el glucagn o la adrenalina, o una respuesta
de regulacin postraduccional.

cGMP

El guanosn monofosfato cclico,

GMPc o GMP cclico es derivado
cclico del nucletido trifosfato GTP,
generado por mediacin de la enzima
guanilato ciclasa tambin conocida
como guanililciclasa e implicado como
segundo mensajero en las rutas de
transduccin de la seal celulares.

5-Adenosina
monofosfato, AMP

5-Adenosina
difosfato, ADP

5-Adenosina
trifosfato, ATP

Nuclesido polifosfatos

ATP
El trifosfato de adenosina (adenosn trifosfato, del
ingls Adenosine TriPhosphate) es un nucletido
fundamental en la obtencin de energa celular.
Est formado por una base nitrogenada (adenina) unida al
carbono 1 de un azcar de tipo pentosa, la ribosa, que en
su carbono 5 tiene enlazados tres grupos fosfato.
Se produce durante la fotorrespiracin y la
respiracin celular, y es consumido por muchas enzimas en
la catlisis de numerosos procesos qumicos. Su frmula
molecular es C10H16N5O13P3.

ADP
El adenosn difosfato (ADP) es un nucletido difosfato,
es decir, un compuesto qumico formado por un nuclesido
y dos radicales fosfato unidos entre s. En este caso el
nuclesido lo componen una base prica, la adenina, y un
azcar del tipo pentosa que es la ribosa.
Se produce ADP cuando hay alguna descarboxilacin en
algunos de los compuestos de la gluclisis en el
ciclo de Krebs.
El ADP es almacenado en los densos grnulos de las
plaquetas, y es movilizado por la activacin plaquetaria.

Transportadores de electrones: NAD+, FMN, FAD

NAD+

El dinucletido de nicotinamida y
adenina, ms conocido como
nicotinamida adenina dinucletido
(abreviado NAD+ en su forma oxidada
y NADH en su forma reducida), es una
coenzima encontrada en clulas vivas
y compuesta por un dinucletido, ya
que est formada por dos nucletidos
unidos a travs de sus grupos fosfatos,
siendo uno de ellos una base de
adenina y el otro de nicotinamida. Su
funcin principal es el intercambio de
electrones e hidrogeniones en la
produccin de energa de todas las
clulas.

Transportadores de electrones: NAD+, FMN, FAD

FMN

El flavin mononucletido (FMN), o

riboflavina-5'-fosfato, es un derivado
de la riboflavina (vitamina B2) que
acta como coenzima de diversas
oxidoreductasas.

Transportadores de electrones: NAD+, FMN, FAD

FAD

El flavn adenn dinucletido o

dinucletido de flavina-adenina
(abreviado FAD en su forma oxidada y
FADH2 en su forma reducida) es una
coenzima que interviene en las
reacciones metablicas de oxidacinreduccin.
es una coenzima que interviene
como dador o aceptor de electrones y
protones (poder reductor) en
reacciones metablicas redox

Propiedades de los nucletidos

1. Carcter cido debido al fosfato

2. Solubilidad incrementada respecto al nuclesido
3. Misma reactividad que bases y nuclesidos

ATP como
donador de energa

Polinucletidos

Extremo 5

Enlace
fosfodister

Extremo 3

Polinucletido

Formas de representacin de polinucletidos

5- CpApTpTpGpCpGpGpApApTpGpCpCp -3
5-CATTGCGGAATGCC-3
3-GTAACGCCTTACGG-5

3
5

Polinucletido
en doble hlice

DNA y RNA

Composicin en bases del DNA en algunas especies

Hombre, H.sapiens

0.29

0.18

0.18

0.31

Bovino, Bos taurus

0.26

0.24

0.23

0.27

Levadura, S.cerevisiae

0.30

0.18

0.15

0.29

Mycobacterium sp.

0.12

0.28

0.26

0.11

Cristalografa de rayos X del DNA

Estudiada por: L.Pauling (Caltech),
M.Wilkins y R.E.Franklin (Londres)
J.D.Watson y F.H.C.Crick (Cambridge)
Formas cristalinas:
DNA-A: baja hidratacin, peso molecular
relativamente bajo, reflexiones claras
DNA-B: alta hidratacin, peso molecular
alto, reflexiones difusas
DNA-Z: Molcula de DNA de doble hebra con giro
hacia la izquierda. Se ha demostrado que existe en
forma transitoria y localizada junto al DNA en
conformacin B.

El DNA-B

1. Estructura helicoidal
2. Periodicidad a 3.4 nm
3. Periodicidad a 0.34 nm
4. R.E.Franklin sugiere que el eje
ribosa-fosfato est hacia fuera y
las bases hacia dentro. Igualmente
sugiere que se trata de una doble
hlice, y no triple

Con estos datos, Watson y Crick elaboraron su modelo en doble hlice

Modelo de Watson - Crick, A

3.4 nm

1. El DNA es una doble

hlice
plectonmica y
dextrgira,
con un paso de rosca de
3.4 nm

Modelo de Watson-Crick, B
5

2. Cada una de las dos hlices es un polinucletido entrelazado con

el otro de manera que su polaridad es opuesta (es decir, corren en
sentido antiparalelo)

3. El eje ribosa-fosfato se sita

hacia el exterior de la doble hlice,
en contacto con el solvente

Modelo de Watson-Crick, C

4. Mientras que las bases

nitrogenadas (anillos planares) se
sitan, apiladas, hacia el interior
de la estructura, en un entorno
hidrofbico

Modelo de Watson-Crick, D

0.34 nm

5. Las bases estn situadas en planos aproximadamente

perpendiculares al eje mayor de la doble hlice. La distancia
entre planos es de 0.34 nm

Modelo de Watson-Crick, E

6. Cada base interacciona

con su opuesta a travs de
enlaces de hidrgeno, y de
manera que:

(a) Adenina (A) slo puede

interaccionar con timina (T)
(y viceversa), a travs de dos
puentes de hidrgeno, y

(b) Guanina (G) slo

puede interaccionar con
citosina (C) (y viceversa),
a travs de tres puentes
de hidrgeno

Modelo de Watson-Crick, F
8. La desoxirribosa
en forma furansica

7. La base est situada

en posicin anti-

1
4
3

2
9. El anillo furansico est
en conformacin endo-2

Surco
estrecho
10. El eje de la doble hlice
no pasa por el centro geomtrico
del par de bases. Esto determina
que la hlice presente un surco
ancho y un surco estrecho
Surco
ancho

Modelo de Watson-Crick, G

Geometra de la doble hlice (DNA-B)

3.4
0.34

2.4

Paso de rosca

3.4 nm

Distancia entre
planos de bases

0.34 nm

Pares de bases/vuelta

10

Anchura

2.4 nm

ADN B

Chem3D Embed

DNA-A
1.Doble hlice plectonmica y dextrgira
2. Planos de bases oblicuos respecto
al eje de la doble hlica
3. Propio de RNAs en doble hlice, o
de hbridos DNA-RNA
4. Ms ancha y corta que DNA-B

DNA-Z
1. Doble hlice plectonmica y levgira
2. Zonas de secuencia alternante -GCGC3. Conformacin de G es syn- en lugar de
anti4. Ms estrecha y larga que DNA-B

Distintas formas del DNA

Grosor
Giro
Bases/vuelta
P.de rosca
Inclinacin
plano bases

2.6
Dextro
11
2.5
19

2.4
Dextro
10.4
3.4
1

1.8
Levo
12
4.5
9

Tipos de ADN
ADN-A

ADN-B

ADN-Z

los surcos
son ms
parecidos
en anchura:

Ms
corta

19

surco
mayor
estrecho y
profundo

Ms
larga
el surco mayor
no existe, es muy
poco profundo

surco
menor
ancho y
superficial
bases algo
inclinadas:
9

dextrgira

surco menor,
profundo y
estrecho

levgira

Superhlices de DNA

El DNA se presenta habitualmente en forma de superhlices,

cuando la doble hlice, a su vez, se enrolla sobre s misma. Esto
permite el empaquetamiento de la molcula en el interior de
la clula o del ncleo celular.

DNA circular, con

superhlice negativa
DNA circular, relajado

Superhlices en plsmidos
(ADN extracromosmico)

Niveles estructurales de los cidos nucleicos

Estructura primaria
Polmero lineal formado por la unin de numerosos nucletidos mediante enlaces
fosfodister. El orden de los nucletidos define la secuencia del cido nucleico.

Estructura secundaria
Formada por la disposicin relativa espacial de los nucletidos que se encuentran
prximos en la secuencia.
DNA estructura definida por la unin de las dos cadenas polinucletidicas
a travs de las bases nitrogenadas.
RNA presente en determinadas regiones de la molcula

Estructuras de orden superior

Todas aquellas de orden superior a los niveles primario y secundario.
DNA resultantes del superenrollamiento y de la asociacin con protenas
bsicas para formar la cromatina. No determinada por niveles
inferiores.
RNA (especialmente tRNA) plegamiento tridimensional definido, similar a
la estructura terciaria de las protenas.

Niveles estructurales de los cidos nucleicos

Estructura terciaria
Formada por la disposicin relativa espacial de los nucletidos que se encuentran
prximos en la secuencia.
DNA La estructura terciaria hace referencia al empaquetamiento que sufre la molcula
de ADN con protenas h La estructura terciaria hace referencia al empaquetamiento que
sufre la molcula de ADN con protenas histnicas para constituir la cromatina de las
clulas eucariotas. istnicas para constituir la cromatina de las clulas eucariotas.

Estructura cuaternaria
La estructura cuaternaria se da en las clulas eucariotas en divisin
DNA se empaqueta an ms hasta formar los cromosomas.

La estructura primaria.

Estructura
secundaria del
ADN fue
propuesta por
Watson y
Crick en 1953.

La estructura
terciaria:
empaquetamiento
que sufre la
molcula de ADN .
La estructura
cuaternaria: el
ADN se
empaqueta an
ms hasta formar
los cromosomas.

H 2C

P
-

O
O

O
H2C

Uracilo en lugar de timina

N
O

OH
H
H N

P
O

O
H2C

OH
O

P
O

H2C

N
OH

O
H2C

N
O

N
OH

RNA

2-OH en la pentosa

OH

H
N

H
N
H

Reactividad qumica:
El RNA, al tener el grupo 2-OH, es mucho ms
reactivo qumicamente que el DNA. En concreto,
puede ser completamente hidrolizado por lcali a
una mezcla de 2- y 3-nucletidos.

Estructura tridimensional
Las formas en doble hlice del RNA adoptan la
configuracin A (en lugar de la B, propia del DNA),
as como los hbridos DNA-RNA.
La pentosa aparece en forma endo-3 (y no endo-2)

DNA

RNA

5
5
4

1
3

Anillo furansico en endo-2

1
2

Anillo furansico en endo-3

RNA como enzima

Algunos RNA son capaces
de catalizar reacciones qumicas
del mismo modo que las enzimas:
son las ribozimas

Participan en el procesado
del RNA transcrito primario
y en la formacin de enlace
peptdico en la sntesis de
protenas.
Ribozima
hammerhead

Funciones y tipos de RNA, 1

Los distintos tipos de RNA permiten la expresin fenotpica
del DNA:
- Como mensaje gentico que determina la secuencia de aminocidos en la sntesis de protena: RNA mensajero o mRNA
- Como molcula que activa a los aminocidos para poder ser
incorporados en una nueva protena: RNA de transferencia o
tRNA
- Como elemento estructural bsico de las partculas encargadas
de llevar a cabo la sntesis proteica, los ribosomas: RNA ribosmico
o rRNA

Funciones y tipos de RNA, 2

- Participa en el procesado del transcrito primario (HnRNA)
para dar lugar al RNA mensajero o mRNA, mediante los snRNA
(RNAs nucleares pequeos)
- Opera como enzima (ribozimas) en el procesado del HnRNA y en
la formacin de enlace peptdico en las protenas.
- Es el material gentico de algunos virus.

P
-

Unin del aminocido al

extremo 3 del tRNA

P
O

O
H2 C
H

N
O

H3 N C C

OH
H
H N

P
-

OH
H
N

O
H2 C

H
N

O
H2 C

OH

O
P

H
N

H2 C

N
OH

Estructura tridimensional del tRNA

3
5

Extremo
aceptor
Lazo TC
Lazo
variable

Lazo
anticodon

Lazo anticodon

5
A
U
mRNA

G
C

I
C

rRNA 23s