I

METABOLISME MIKROBA
PETA KONSEP

Karbohidrat, Lemak, Protein

Proses Metabolisme:
Anabolisme
Katabolisme

Reaksi enzimatik,
Energi
Reaksi Reduksi- Oksidasi

Proses sintesis sel dan enzim,

memelihara steady state sel,
penyerapan unsur hara, ekskresi
senyawa, pergerakan sel
 DEFINISI METABOLISME
Semua proses kimiawi yang dilakukan oleh organisme
atau semua reaksi yang melibatkan transformasi
energi kimia di dalam mahluk hidup

Definisi Metabolisme, Katabolisme dan

Anabolisme
Metabolisme sebagai proses produksi
energi untuk kehidupan sel
Senyawa pembawa energi, ATP dan ADP
Anabolisme: Pembentukan senyawa yang memerlukan
energi (Rekasi endergonik):

FOTOSINTESIS: MEMBENTUK C6G12O5 DARI CO2 DAN

H2O

Katabolisme:
Penguraian senyawa yang menghasilkan energi
(Reaksi eksergonik):

RESPIRASI MENGURAIKAN KARBOHIDRAT MENJADI

ASAM PIRUVAT DAN ENERGI
 MENGAPA MIKROBA MEMERLUKAN ENERGI ?

Synthesa bagian sel (dinding

sel, membran sel, dan
substansi sel lainnya)
Synthesis Enzim, Asam
Nukleat, Polysakarida,
Phospholipids, atau
komponen sel lainnya
Mempertahankan kondisi sel
(optimal) dan memperbaiki
bagian sel yang rusak
Pertumbuhan dan
Perbanyakan
Penyerapan hara dan
ekskresi senyawa yang tidak
diperlukan atau waste
products
Pergerakan (Motilitas)
 ENERGI KIMIA
Komponen kimia berenergi tinggi:
Adenosin Diphosphate (ADP) dan Adenosine
Triphosphate (ATP) yang dibentuk dari Adenosine
Monophosphate
ADP adalah AMP ~ P dan ATP adalah AMP ~ P~ P
Energi kimia juga dapat disimpan dalam komponen
dengan ikatan thioester seperti Acetyl-S-Coenzym A
(Acetyl SCoA)

REAKSI BIOKIMIA DIKATALIS OLEH ENZIM:

Berperan penting dalam setiap reaksi metabolisme
ENZIM
 Enzim merupakan senyawa organik
bermolekul besar yang berfungsi untuk
mempercepat jalannya reaksi
metabolisme tanpa mempengaruhi
keseimbangan reaksi
Enzim tidak ikut bereaksi, struktur enzim
tidak berubah baik sebelum dan sesudah
reaksi tetap
Enzim sebagai biokatalisator
Bagian enzim yang aktif adalah sisi aktif
dari enzim
 Tata nama enzim
Enzim diberi nama sesuai dengan nama
substrat dan reaksi yang dikatalisis
Biasanya ditambah akhiran ase
Enzim dibagi ke dalam 7 golongan besar
 Klas Tipe reaksi
Oksidoreduktase memisahkan dan menambahkan elektron atau
(nitrat reduktase) hidrogen
Transferase memindahkan gugus senyawa kimia
(Kinase)
Hidrolase memutuskan ikatan kimia dengan
(protease, lipase, penambahan air
amilase)

Liase membentuk ikatan rangkap dengan

(fumarase) melepaskan satu gugus kimia
Isomerase mengkatalisir perubahan isomer
(epimerase)
Ligase/sintetase menggabungkan dua molekul yang disertai
(tiokinase) dengan hidrolisis ATP
Polimerase menggabungkan monomer-monomer
(tiokinase) sehingga terbentuk polimer
 Susunan enzim
Komponen utama enzim adalah protein
Protein yang sifatnya fungsional, bukan
protein struktural
Tidak semua protein bertindak sebagai
enzim
 Protein Enzim protein
sederhana

Enzim
Enzim
Konjugasi

Protein +
Bukan Protein

Bukan protein =
Protein = apoenzim Gugus prostetik

Organik = Anorganik = kofaktor

Koenzim
 Contoh koenzim
1. NAD (koenzim 1)
2. NADP (koenzim 2)
3. FMN dan FAD
4. Cytokrom: cytokrom a, a3, b, b6, c, dan f
5. Plastoquinon, plastosianin, feredoksin
6. ATP: senyawa organik berenergi tinggi,
mengandung 3 gugus P dan adenin
ribose
SIFAT DAN MEKANISME KERJA ENZIM

Sifat enzim
Enzim dibentuk dalam protoplasma sel
Enzim beraktifitas di dalam sel tempat
sintesisnya (disebut endoenzim) maupun
di tempat yang lain diluar tempat
sintesisnya (disebut eksoenzim)
Sebagian besar enzim bersifat endoenzim
1. Enzim bersifat koloid, luas permukaan besar, bersifat
hidrofil
2. Dapat bereaksi dengan senyawa asam maupun basa,
kation maupun anion
3. Enzim sangat peka terhadap faktor-faktor yang
menyebabkan denaturasi protein misalnya suhu, pH dll
4. Enzim dapat dipacu maupun dihambat aktifitasnya
5. Enzim merupakan biokatalisator yang dalam jumlah
sedikit memacu laju reaksi tanpa merubah
keseimbangan reaksi
6. Enzim tidak ikut terlibat dalam reaksi, struktur enzim
tetap baik sebelum maupun setelah reaksi
berlangsung
7. Enzim bermolekul besar
8. Enzim bersifat khas/spesifik
 Suhu: optimum 300C, minimum 0 0C, maksimum
400C
Logam, memacu aktifitas enzim: Mg, Mn, Co, Fe
Logam berat, menghambat aktivitas enzim: Pb,
Cu, Zn, Cd, Ag
pH, tergantung pada jenis enzimnya (pepsin aktif
kondisi masam, amilase kondisi netral, tripsin
kondisi basa)
Konsentrasi substrat, substrat yang banyak mula-
mula memacu aktifitas enzim, tetapi kemudian
menghambat karena: penumpukan produk (feed
back effect)
Konsentrasi enzim, peningkatan konsentrasi
enzim memacu aktifitasnya
Air, memacu aktifitas enzim
Vitamin, memacu aktifitas enzim
Penghambatan aktifitas enzim ada dua tipe:
1. Kompetitif: zat penghambat mempunyai
struktur yang mirip dengan substrat
sehingga dapat bergabung dengan sisi
aktif enzim. Terjadi kompetisi antara
substrat dengan inhibitor untuk
bergabung dengan sisi aktif enzim (misal
feed back effect)
2. Non kompetitif: zat penghambat
menyebabkan struktur enzim rusak
sehingga sisi aktifnya tidak cocok lagi
dengan substrat
 Spesifik: hanya cocok untuk satu
macam substrat saja atau
sekelompok kecil substrat yang
susunanya hampir sama dan
fungsinya sama
 Mekanisme Kerja Enzim
Substrat terikat interaksi nonkovalen

E + S ES EP E + P

Kekuatan enzim dlm mengkatalisis suatu reaksi

kemampuan enzim membawa substrat bersama-sama
pd orientasi yang tepat untuk terjadinya suatu reaksi

Substrat terikat pd sisi aktif yi cekukan pd protein yg

berisi asam amino yg penting untuk tjdnya suatu reaksi
kimia
 Karakteristik sisi aktif enzim
merupakan bagian kecil dari enzim (Mengapa
enzim harus memiliki ukuran besar?)
sisi aktif merupakan suatu cekukan yang bersifat
3 dimensi. memberikan linkungan mikro yg
sesuai utk terjadinya suatu reaksi kimia
substrat terikat pada sisi aktif dengan interaksi /
ikatan yang lemah.
Spesifitas enzim dipengaruhi oleh asam amino
yg menyusun sisi aktif suatu enzim
Gambar sisi aktif ensim dan asam amino yang
terlibat
 Sisi aktif mempunyai 2 bagian yg penting:
Bagian yang mengenal substrat dan
kemudian mengikatnya
Bagian yang mengkatalisis reaksi, setelah
substrat diikat oleh enzim

Asam amino yang membentuk kedua

bagian tersebut tidak harus berdekatan
dalam urutan secara linear, tetapi dalam
konformasi 3D mereka berdekatan
 Teori untuk menjelaskan kerja
enzim:
Lock and Key analogy
Enzim memiliki struktur sisi spesifik yang cocok dengan
substrat.
Mampu menerangkan spesifitas ensim ttp tidak dapat
menerangkan stabilitas fase transisi ensim
Induced Fit theory
mempertimbangkan fleksibilitas protein, sehingga
pengikatan suatu substrat pada enzim menyebabkan sisi
aktif mengubah konformasinya sehingga cocok dgn
substratnya. dpt menerangkan fase transisi ES
komplek
 Lock and key model

Induced Fit model

 Faktor-faktor yg mempengaruhi
kerja enzim
pH setiap enzim mempunyai pH optimum utk
bekerja.
contoh : pepsin pH 2, amylase pH 7.0
Temperatur setiap kenaikan suhu 10C
(sampai 40C), kecepatan reaksi naik 2 x lipatnya
dan reaksi terhambat dan berhenti pada 60C.
Mengapa?
[S] dan atau [E]
 Kinetika Reaksi Enzimatis

K1 K2

E+S ES E+P
K-1
K1 : kecepatan konstan pembentukan ES komplek
K2 : kecepatan konstan konfersi ES komplek ke P
K-1 : kecepatan konstan pemecahan ES komplek ke E
bebas
Enzim sangat efisien dalam mengkatalis suatu reaksi,
steady state (keseimbangan reaksi) segera dapat tercapai
apabila : Kecepatan pembentukan ES komplek sama
dengan kecepatan pemecahannya
 Penghambatan Reaksi Enzimatis

Kerja enzim dapat dihambat secara reversible atau

irreversible
Irreversible pembentukan atau pemecahan ikatan kovalen
dalam enzim
Reversible suatu senyawa dapat terikat dan kemudian dpt
lepas kembali

Reversible inhibitor ini dpt dibagi :

competitive
non-competitive
un-competitive
 penghambatan competitive

inhibitor bersaing dgn

substrat untuk terikat pd
sisi aktif
Biasanya inhibitor berupa
senyawa yg menyerupai
substratnya, & mengikat
enzim membentuk
komplek EI
krn terikat scr reversible
penghambatan nya bias,
yaitu ketika ditambah
substrat maka
penghambatan berkurang
 penghambatan non-competitive

inhibitor terikat pada sisi lain

dari enzim (bkn sisi aktif)
jadi tidak memblok pembtkan
enzim-substrat komplek
Enzim mjd tidak aktif ketika
inhibitor terikat walau enzim
mengikat substrat
Inhibitor mengurangi
konsentrasi enzim yg aktif,
sehingga mempengaruhi
Vmax nya
 Penghambatan un-competitive

Terikat pd sisi selain sisi

aktif enzim
Berbeda dgn non-
competitive inhibitor ini
hanya terikat pd ES
komplek
Sehingga tidak terikat pd
enzim bebas
Vmax berubah, dan Km
juga berubah
 Enzim allosterik
Enzim allosterik mengalami perubahan konformasi sebagai
respon terhadap pengikatan modulator efektor

Allosterik enzim biasanya lebih komplek dari non allosterik

enzim, memiliki sub unit lebih dari satu

Memiliki satu atau lebih sisi allosterik / regulator untuk

mengikat modulator.
Seperti halnya substrat, setiap regulator memiliki sisi
pengikatan yang berbeda
Untuk enzim homotropik sisi aktif dan sisi regulator sama
 ENZIM

Karaktersitik enzim
Faktor yang mempengaruhi kerja enzim
Pengaturan sistem enzim
Penamaan enzim
 DEFINISI DAN KARAKTERISTIK KERJA ENZIM

Protein dengan aktivitas katalitik yang mempercepat

reaksi kimia tanpa ikut dalam reaksi tersebut
Teori Kunci-Anak
kunci

Ukuran molekul
enzim > substrat

Penurunan energi
aktivasi

Reaksi dipercepat
pada suhu alami
 KOFAKTOR ENZIM
Ada enzim yang mengandung komponen kimia
lain selain protein. Komponen ini disebut kofaktor,
suatu komponen yang bukan protein
Kofaktor berupa :
Molekul anorganik seperti Fe2+, Mn2+, Cu2+, Na+
atau molekul organik kecil yang disebut koenzim
misalnya vitamin B, B1, dan B2
Koenzim yang terikat kuat secara kovalen pada
protein enzim disebut gugus prostetik.
Enzim yang strukturnya sempurna dan aktif
mengkatalisis, bersama-sama koenzim atau gugus
logamnya disebut holoenzim.
FAKTOR YANG MEMPENGARUHI KERJA ENZIM

pH dan suhu

Konsentrasi Substrat
PENGATURAN ENZIM

Penghambat kompetitif
(competitive inhibitor):
molekul inhibitor
berkompetisi dengan
substrat untuk
menempati sisi aktif
enzim.

Penghambat non
kompetitif
(allosteric inhibition)
Molekul penghambat
bergabung dengan
enzim di luar sisi aktif,
menyebabkan
konformasi enzim
berubah
Penghambatan umpan balik (Feedback Inhibition)
Penumpukan produk akhir menghambat kerja enzim
pertama dalam rangkaian reaksi tersebut sehingga
produksi enzim selanjutnya ditunda
 PENAMAAN ENZIM

Oxidoreductases (EC1)
Transferases (EC2)
Hydrolases (EC3)
Lyases (EC4)
Isomerases (EC5)
Ligases (EC6)

EC1 sd EC6: subclass dalam penamaan enzim (enzyme nomenclature)

TIPE METABOLISME MIKROBA

Heterotrof
Ototrof
Fotosintesis
Metabolisme Sumber C Sumber N Sumber Sumber H+
energi
Heterotrof/ Organik Organik Oksidasi -
Kemoorganotrof Atau senyawa organik
anorganik

Ototrof/ CO2 anorganik Oksidasi -

kemolitotrof Senyawa
anorganik

Fotosintesis
Fotolitotrof
Bakteri CO2 Anorganik Cahaya matahari H2S atau H2
Sianobakteri CO2 Anorganik Cahaya matahari Fotolisis H2O
Fotoorganotrof
Bakteri CO2 Anorganik Cahaya matahari Bahan
organik
 METABOLISME HETEROTROF

Jamur dan bakteri tertentu

mendapatkan energi dari oksidasi senyawa
organik.
Senyawa organik mengandung karbon dan
nitrogen yang digunakan secara aerob atau
anaerob untuk menghasilkan tenaga
pereduksi seperti nicotinamide adenine
dinucleotide tereduksi (NADH + H+), dan
energi (ATP)
 Respirasi (Oksidasi) aerob vs anaerob
Respirasi aerob: Katabolisme bahan organik dengan
akseptor elektron terminal berupa O2; dan donor
elektron berupa bahan organik, misalnya katabolisme
gula
C6H12O6 + 6O2 6CO2 + 6H2O + energi
Efisiensi respirasi aerob 55 %
Respirasi anaerob: Katabolisme dengan akseptor
elektron terminal berupa NO3, SO4, senyawa organik
fumarate, dan CO2; dan donor elektron berupa bahan
organik, misalnya, bakteri metanogen
4H2 + CO2 CH4 + 2H2O
 METABOLISME OTOTROF
(kemotrof, kemoototrof,kemolitotrof)

Bakteri yang tumbuh lambat dengan keberadaan

senyawa anorganik (ion mineral) tanpa
menggunakan sinar matahari sebagai sumber
energi
Sumber karbon: CO2
Sumber N: NH3, NO3-, atau N2
Bakteri Ototrof

Tipe kemosintetis Oksidasi Famili, Genus, spesies

senyawa anorganik pewakil
sebagai sumber energi
Pengoksidasi NH3 NH3 dioksidasi menjadi NO2 Nitrobacteriaceae
(aerob) (Nitrosomonas,
Nitrosococcus, Nitrospira)

Pengoksidasi NO2 NO2 dioksidasi menjadi NO3 Nitrobacteriaceae

(aerob) (Nitrobacter, Nitrococcus)

Pengoksidasi sulfur S2 dioksidasi menjadi SO4, dan Thiobacillus thiooxidans

(aerob) dan besi Fe2+ dioksidasi menjadi Fe3+. Thiobacillus ferrooxidans
(aerob) Ferrobacillus,
Leptothrix

Pengoksidasi S2O3 dioksidasi, NO3 direduksi Thiobacillus denitrificans

senyawa sulfur dan
pereduski NO3
(denitrifikasi)
 METABOLISME FOTOSINTESIS
(Fotoototrof, Fotoorganotrof)

Mikroba prokaryotik: bakteri dan

sianobakteri (cyanobacteria)
Memerlukan sinar matahari (foton) dan
pigmen
Fototrof: membuat gula di dalam sel untuk
respirasi/energi
Heterotrof: mengambil gula di luar sel
untuk respirasi/energi
Fotosintesis Anoksigenik: Tidak Menghasilkan O2
Fotosintesis bakteri ungu non belerang
CO2 + 2CH3CHOHCH3 (CH2O) + H2O + 2CH3COCH3

Fotosintesis bakteri hijau belerang

CO2 + 2H2S (CH2O) + H2O + 2S

Fotosintesis Oksigenik: Menghasilkan O2

Fotosintesis Sianobakteri
6CO2 + 6H2O C6H12O6 + 6O2
 METABOLISME KARBOHIDRAT

Glikolisis = glukosa menjadi piruvat

Siklus Kreb (Siklus asam sitrat) = piruvat
menjadi CO2 dan NAD pembawa H+
Oksidasi Transport Elekteron = NAD dan H+
memasuki seri reaksi reduksi oksidasi untuk
menghasilkan energi
Fosforilasi Oksidatif = energi dari transport
elektron menghasilkan ATP dari ADP dan Pi
 TAHAPAN DALAM RESPIRASI

Glukosa Asam Piruvat

Tahap I=
Glikolisis
CO2 Tahap II = Dekarbiksilasi
Acetyl-CoA
as. Pyrupat

Tahap III = Siklus Kreb

[NADH] TCA

Tahap IV = Rantai
Pernafasan Rantai Pernafasan e-
H2O
O2
Fosforilasi Elektron
ATP Energi
oksidatif akseptor
GLIKOLISIS: Degradasi glukosa menjadi piruvat

1. Lintasan Fructose Biphosphate Aldolase

yang lebih dikenal sebagai lintasan Embden-
Meyerhof-Parnas (EMP)
2. Lintasan hexose monophosphate (HMP)
3. Lintasan oxidative pentose phosphate (PP)
4. Lintasan Entner-Doudoroff (ED).

Lintasan EMP, HMP dan PP pada eukaryotik (jamur, alga,

protozoa) dan prokaryotik (bakteri)
Lintasn ED hanya pada beberapa bakteri aerob obligat
lintasan Embden-
Meyerhof-Parnas
(EMP) = EMP
Pathway

Memecah glukosa
menjadi 2 piruvat,
2 NADH, dan 2 ATP
Lintasan Hexose
monophosphate
(HMP)
Hasil akhir lintasan
HMP adalah 1 piruvat,
1 asetil fosfat, 1 CO2,
1 ATP dan 3 NAD(P)H.
Lintasan ini juga
menghasilkan ribulosa
5-fosfat (Gambar 8)
yang merupakan
prekursor nukleotida.
LIntasan Pentosa
phosphate (PP)
Hasil akhir dari
pemecahan 1 molekul
glukosa adalah 1 piruvat,
3 CO2, 1 ATP dan 3
NAD(P)H.
Lintasan Entner
Doudoroff (ED)
Hasil akhir pemecahan
1 molekul glukosa
adalah 2 piruvat, 1
ATP dan 2 NAD(P)H
SIKLUS KREB = Piruvat diubah menjadi CO2 dan NAD

Transport elektron
TRANSPORT ELEKTRON = RANTAI PERNAFASAN
Oksidasi NADH dan reduksi senyawa kimia lain (pembawa elektron)
untuk menghasilkan energi yang membentuk ATP pada proses
fosforilasi oksidatif
Donor
e-

Terminal
akseptor e
 MENARA ENERGI

Perbedaan redox
menggambarkan
besarnya perolehan
energi.
Semakin negatif
semakin tereduksi dan
sebaliknya semakin
teroksidasi

Perbedaan Redox menyebabkan

terjadinya pergerakan elektron
Siklus Glioksilat (Glyoxylate Cycle)

Siklus glioksilat dilakukan oleh prokaryotik yang mengoksidasi asam

asetat. Siklus ini mirip dengan siklus Kreb tetapi isositrat tidak diubah
menjadi oksalokuksinat, tapi dipecah menjadi glioksilat dan suksinat
Fermentasi: metabolisme heterotrof dengan senyawa organik sebagai
akseptor elektron (hidrogen) terminal. substrat dioksidasi tidak sempurna.
Produk akhir disimilasi glukosa adalah senyawa organik sederhana yang
disekresikan ke dalam medium sebagai waste product biasanya berupa alkohol
dan asam
PRODUK AKHIR FERMENTASI
 METABOLISME PROTEIN
Bakteri, ragi (yeast) dan kapang (molds) memerlukan senyawa nitrogen
dalam bentuk asam amino, serta asam nukleat purin dan pirimidin.
Mikrorba lainnya dapat menggunakan ammonia atau nitrat untuk
mensintesis senyawa nitrogen organik. Beberapa bakteri memfiksasi N2
menjadi amonia

Asimilasi ammonia

L-Glutamat + NH4+ + ATP L-glutamine + ADP + Pi

Selanjutnya glutamate synthase mentrasfer satu gugus amino

dari glutamine ke molekul -ketoglutarat sehingga terbentuk dua
molekul L-glutamat:

-ketoglutarat + L-glutamine + NADPH2 + H+ L-Glutamat +

NADP+
Biosintesis asam amino

Asimilasi ammonia menjadi asam amino glutamate

adalah langkah awal dari rangkaian pembentukan
asam amino lainnya.

Katabolisme asam amino

Asam amino dapat digunakan sebagai sumber energi.
Secara umum, 20 asam amino dapat didegradasi
menjadi 6 senyawa antara yang memasuki sistem
metabolisme karbohidrat yaitu piruvat, acetyl Co-A,
Oxaloacetate, fumarat, Suksinil Ca-A, dan -
ketoglutarat.
Biosintesis asam
amino
Biosintesis nukleotida.

Biosintesis purin

Biosintesis pirimidin
 METABOLISME LIPID

Bersama-sama karbohidrat dan protein, lemak adalah

metabolit primer yang harus tersedia agar mikroba dapat
tumbuh, berproliferasi dan beraktivitas.
Komponen lemak: membran sitoplasma, mesosom, dan
membrane inti pada mikroba eukaryotic.
glycosydilglyserides dan lipoteichoic acid ditemukan di
bakteri gram positif saja sedangkan lipopolisakarida
terdapat di bakteri gram negatif.
Lipid juga didegradasi untuk mendapatkan energi. lipid
lebih banyak menghasilkan energi daripada glukosa. Total
energi yang dihasilkan dari pemcahan asam lemak dapat
mencapai 49,3 ATP sedangkan dari glukosa adalah
maksimal 41 ATP.
Biosintesis asam lemak (fatty acids) jenuh dan tak jenuh
Mikroba dengan biosintesis asam lemak tidak jenuh melalui lintasan
anaerbob dan aerob
Lintasan anaerob
Eschericia coli
Salmonella typhimurium
Serratia maecesens
Azotobacter agilis
Lactobacillus plantarum
Agrobacterium tumifaciens
Clostridium pasteurianum
Staphylococcus haemolyticus
Clostridium butyricum
Caulobacter crescentus
Propionibacterium
Chloroflexus auranticus
Clorobium limicola
LIntasan aerob
Alkaligenes faecalis
Corynebacterium diphteriae
Mycoibacterium phlei
Bacillus (beberapa spesies)
Micrococcus luteus
Beggiatoa
Leptospira caicola
Sachharomyces cerevisiae
Neurospora crassa
Candida lipolytica
Stigmatella aurantiaca
Degradasi Lipid

Degradasi lemak menjadi asam lemak (fatty acid)

dan gliserol (glycerol) yang dikatalis oleh enzim
lipase