Identifikasi bakteri patogen dan resistansi

antimikroba langsung dari sampel klinis (urin)

dengan sekuens metagenomium berbasis nanopori.

KHAIRUL RIZAL
1621012001

Dr. Rustini, Msi, Apt

PROGRAM STUDI FARMASI

PASCASARJANA UNIVERSITAS ANDALAS
PADANG
2017
 [1]
Nanopore Sequencing ?
Tool : Oxford Nanopore MinION
Prinsip dan metoda
Nanopore ?
nanopore adalah pori ukuran nanometer.
dibuat oleh protein pembentuk pori atau pori yang dibuat
dari bahan sintetis seperti silikon atau graphene.
Example : ion channel
TYPES OF NANOPORES [2]
1. Biological nanopore
2. Solid-state nanopore
Biological nanopores
juga disebut saluran protein transmembran,
biasanya dimasukkan ke dalam substrat, seperti bilayer
lipid planar, liposom, atau film polimer lainnya.
Nanopores dibentuk oleh protein yang memiliki pori
Contoh:
alpha-hemolysin,
MspA,
phi 29
ALPHA-HEMOLYSIN
a-Hemolysin (a-HL, juga disebut a-
toksin)

a-HL adalah eksotoxin yang

disekresikan oleh bakteri Staphylococcus
aureus, patogen manusia.

Protein heptamerik berbentuk jamur

ini biasanya membentuk pori-pori di
selaput.

Ukuran pori yang terbatas (1,4 nm)

telah membatasi penerapannya dalam
analisis single-stranded DNA (ssDNA),
RNA, atau molekul kecil.
Mycobacterium smegmatis porin A (MspA)

Porin membran yang

diproduksi oleh
Mycobacteria
Pori MspA berdiameter 1
nm, yang relatif kecil dan
sempit, dibandingkan
dengan alpha-HEMOLYSIN.
Dengan demikian, memiliki
resolusi yang lebih baik
untuk sekuensing ssDNA.
Gambar 1. A. Alpha-hemolysin B. MspA C. Phi 29 [2]
SOLID STATE NANOPORE
Dibuat dari bahan sintetis seperti silikon
atau graphene (Silicon nitride)
Baru-baru ini, penggunaan graphene sebagai
bahan nanopori solid-state telah
dieksplorasi.
Gambar 2. contoh solid state nanopore (membran silikon
nitrida).
 Pori berukuran nanometer tertanam dalam
membran biologis atau dibentuk dalam film
solid-state, yang memisahkan reservoir yang
mengandung elektrolit konduktif menjadi
kompartemen cis dan trans.
Elektroda direndam dalam masing-masing bilik
seperti ditunjukkan pada Gambar 3. Dengan
adanya tegangan, ion elektrolit dalam larutan
berpindah melalui pori secara elektroforesis,
sehingga menghasilkan sinyal arus ionik.
Ketika pori diblokir oleh analit, seperti molekul
DNA bermuatan negatif ditambahkan ke dalam
ruang cis, arus yang mengalir melalui nanopori
akan terhalang, mengganggu sinyal arus.
Sifat fisik dan kimia dari molekul target dapat
dihitung dengan menganalisis secara statistik
amplitudo dan durasi blokade transien dari
Gambar 3. skema molekul DNA melalui peristiwa translokasi.
nanopore [2].
Gambar 4. Dasar pengukuran nanopore. (a) Penerapan voltase di pori memicu
reaksi elektrokimia yang menyebabkan migrasi ion ke arah membran. Pengangkutan
ion di pori-pori mengarah pada arus listrik yang diukur dengan menggunakan
elektrometer dengan bandwidth tinggi. voltase konstan menghasilkan sinyal arus DC
steady-state. (b) Jika molekul DNA, melewati pori-pori, akan menghasilkan "denyut
resistif" yang terukur elektrometer, sehingga amplitudo rata-rata (I), dan waktu
antara kejadian berturut-turut (t) [2].
Oxford Nanopore MinION
Keunggulan potensial dari sistem nanopore adalah [3]
dapat menghasilkan seqeuncing molekul real-time (secara
langsung) dengan biaya rendah;
bisa membaca molekul DNA yang sangat panjang dalam satu
bacaan.
Teknologi Nanopore diharapkan bisa memberikan sequencing
dengan biaya yang sangat rendah, $ 25 sampai $ 40 per
gigabase berurutan. Itu berarti biaya hanya beberapa ribu dolar
untuk mengurutkan genom manusia ke cakupan standar 30
kali lipat.
proses sekuensing yang sangat cepat, ini bisa jadi pilihan
sekuensing masa depan untuk hampir semua aplikasi.
Latar belakang
Pemerintah Inggris (Komisi O'Neill ), meninjau ancaman resistensi
antibiotik, menganjurkan adanya potensi diagnostik cepat untuk
memperbaiki perawatan dan penatalayanan antibiotik. Mengurangi
waktu yang dibutuhkan untuk mendapatkan diagnosis mikrobiologi [5].

PCR dapat mendeteksi gen patogen dan resistensi pada spesimen tanpa
kultur, namun tidak dapat menutupi keragaman organisme dan
determinan resistensi yang berpotensi hadir. Sekuens metagenomik
dapat menjawab keterbatasan ini, namun waktu, biaya dan
kompleksitas yang lambat telah menghambat pengenalan mikrobiologi
klinis.

Oxford Nanopore Technologies '(ONT) Minion adalah teknologi yang

berpotensi menghasilkan data sekuensing dari sampel klinis dalam
waktu yang cukup singkat memungkinkan terjadinya penyempurnaan
pengobatan antimikroba.
DAFTAR PUSTAKA
1. Schmidt, K., Mwaigwisya, S., Crossman, L. C., Doumith, M., Munroe, D., Pires, C.,
Livermore, D. M. (2017). Identification of bacterial pathogens and
antimicrobial resistance directly from clinical urines by nanopore-based
metagenomic sequencing. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 72(1), 104
114. https://doi.org/10.1093/jac/dkw397

2. Feng, Y., Zhang, Y., Ying, C., Wang, D., & Du, C. (2015). Nanopore-based
fourth-generation DNA sequencing technology. Genomics, Proteomics and
Bioinformatics, 13(1), 416. https://doi.org/10.1016/j.gpb.2015.01.009

3. Gupta, A. K., & Gupta, U. D. (2013). Next Generation Sequencing and Its
Applications. Animal Biotechnology: Models in Discovery and Translation. Elsevier.
https://doi.org/10.1016/B978-0-12-416002-6.00019-5

4. ONeill, J. (2016). Tackling drug-resistant infections globally: final report and

recommendations. The Review on Antimicrobial Resistance, (May), 84.
https://doi.org/10.1016/j.jpha.2015.11.005