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LICENCE / DUT
Cours gntique_RSSOW
DNA fingerprint
Cours gntique_RSSOW
Questions
Questions
1- Pourquoi existe-t-il des diffrences entre individus
vivants dans des endroits diffrents ?
slection naturelle et adaptation ou autres
mcanismes ?
facteurs slectifs (comptition, prdation, climat) ?
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2- Pourquoi des individus dune mme
population ne se ressemblent-ils pas tous ?
maintien de la variabilit gntique
(polymorphisme)
Comment se transmet la variabilit gntique
de gnration en gnration ?
DEFINITION
La gntique des populations a pour objectif
ltude de la frquence des gnes et des
gnotypes, et des facteurs susceptibles de
modifier ces frquences au cours des
gnrations successives.
Gntique mendelienne Gntique des Populations
Mles FemellesAa
Aa
AA AA
Femelle Mle aa aa
AA AA
Aa X Aa
Parents
Aa
AA Aa X Aa
AA Aa
AA AA
Aa aa Aa Aa aa Aa
Nm Nf
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Pour parler de frquences gniques (ou plutt
allliques), on se rfre la notion de pool
de gnes dune population.
Pour un gne autosomique, dans une
population de N individus, il y a 2 N locus.
Gntique des Populations
Mles Femelles
Aa Aa
AA AA
aa aa
AA AA
Aa
AA Aa X Aa
AA Aa
AA AA
Aa aa Aa Aa aa Aa
2N allles
AA=? Aa=? aa=?
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Dfinitions et objectifs
La gntique des populations tudie la
variabilit gntique prsente dans et entre
les populations avec 3 principaux objectifs :
1- mesurer la variabilit gntique, appele
aussi diversit gntique, par la frquence
des diffrents allles d' un mme gne.
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2- comprendre comment la variabilit
gntique se transmet d'une gnration
l'autre
3- comprendre comment et pourquoi la
variabilit gntique volue au fil des
gnrations.
Dfinitions et objectifs
A la diffrence de la gntique mendlienne, la
gntique des populations tudie les
proportions des gnotypes au sein d'un
ensemble d'individus issus de croisements non
contrls entre de nombreux parents
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Dfinitions et objectifs
Une population est l'ensemble des individus
de la mme espce qui ont la possibilit
d'interagir entre eux au moment de la
reproduction.
La notion de population fait donc appel des
critres d'ordre :
spatiaux,
temporels
et gntiques.
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Elle rsulte du fait que les individus d'une mme
espce n'ont pas tous la possibilit de se rencontrer
et de se croiser cause de l'loignement
gographique et de l'htrognit de l'habitat.
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Dfinitions et objectifs
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Le pool gntique d'une population prsente
une continuit travers les gnrations, et peut
varier au cours du temps.
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DESCRIPTION GENETIQUE DES
POPULATIONS
1 Frquences gnoptypiques, frquences
gniques :
Pour dcrire la constitution gntique dun
groupe dindividus, il faut commencer par
dterminer leur gnotype.
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Une population au sens gntique nest pas
seulement un groupe dindividus, mais un
groupe qui se reproduit.
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Les gnes sont transmis dune gnration la
suivante.
Nombre de gnes a --
NQ 2NR N(Q+2R)
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DESCRIPTION GENETIQUE DES
POPULATIONS
La frquence gnique de A est donc
p = N(2P+Q) / 2N = P + Q/2, celle de a est
q = R + Q / 2. On vrifie que p + q = 1
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STRUCTURE GENETIQUE DUNE POPULATION IDEALE
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4- tous les individus, quel que soit leur
gnotype, ont la mme capacit se
reproduire et engendrer une descendance
viable = absence de slection
5- Absence de mutation et de distorsion de
sgrgation motique (un individu Aa
produira toujours 50% de gamtes A et 50%
de gamtes a).
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Parmi toutes ces caractristiques, le
croisement au hasard des individus, appel
systme de reproduction panmictique, est
l'hypothse la plus importante.
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Cette hypothse suppose que les individus ne
choisissent pas leur partenaire sexuel
ni en fonction de leur gnotype,
ni en fonction de leur phnotype = panmixie
et que la rencontre des gamtes se fait au
hasard = pangamie
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DESCRIPTION GENETIQUE DES
POPULATIONS
2 L'quilibre de Hardy-Weinberg
Dans une population thorique idale, les
frquences des allles et des gnotypes au
cours des gnrations suivent une loi simple
appele loi de Hardy-Weinberg qui constitue
le modle de rfrence en gntique des
populations.
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Cette loi doit son nom Hardy, mathmaticien
anglais et Weinberg, mdecin allemand, qui
l'ont tablie indpendamment en 1908.
La loi de Hardy-Weinberg stipule que les
frquences allliques et les frquences
gnotypiques (c'est dire la structure
gntique de la population) restent stables de
gnration en gnration.
On dit alors que la population est l'quilibre
et il existe une relation simple entre les
frquences allliques et les frquences
gnotypiques.
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On peut remarquer que les proportions
mendliennes 1/4, 1/2, 1/4 que l'on trouve
lorsque l'on croise deux htrozygotes est un
cas particulier de la loi de Hardy-Weinberg
lorsque p =q = 0,5.
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Chaque htrozygote Aa a en effet comme
frquence alllique f(A)=1/2 et f(a)=1/2.
Systmes multiallliques
La loi de Hardy-Weinberg s'applique
galement des gnes qui existent sous
plus de 2 tats allliques.
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L'quilibre correspond alors l'association
alatoire des diffrents allles pour former les
gnotypes.
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Si les frquences de ces diffrents allles sont
respectivement p1, p2, p3, ...pk, les frquences
des diffrents gnotypes seront donnes par
le dveloppement de (p1+ p2+ p3,+...+ pk)2
soit :
p12A1A1 + p22 A2A2 + p32 A3A3 + pk2 AkAk
2p1p2 A1A2 +2p1p3 A1A3 +2p1pk A1Ak+
2p2p3 A2A3 + 2p2pk A2Ak etc
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La variabilit gntique dans les populations
naturelles
-
les dltions qui sont des pertes d'un fragment
chromosomique ayant le plus souvent des effets
ltaux car elles peuvent concerner un ou
plusieurs gnes.
les translocations qui correspondent des
changes de fragments entre chromosomes.
3 les changements du nombre de
chromosomes sont de deux types:
l'aneuplodie : perte ou ajout d'un ou
plusieurs chromosomes (par exemple la
trisomie = 2N+1)
la polyplodie : changement du nombre
d'exemplaire du lot haplode (passage
diplode = 2N ttraplode= 4N)
Du gnotype aux phnotypes
Parmi l'ensemble des mutations qui affectent le
gnome d'un organisme, seule une partie ont des
consquences phnotypiques.
L'absence d'effet sur le phnotype peut tre la
consquence de mutations dans une rgion non
codante de l'ADN ou de mutations dans des
gnes qui sont prsents en plusieurs exemplaires
dans le gnome (redondance des gnes).
Ces mutations sont qualifies de neutres.
Lorsque les mutations ont des effets sur le
phnotype des individus, elles peuvent
modifier :
des caractres biochimiques,
physiologiques,
anatomiques,
morphologiques
ou comportementaux.
Les mcanismes mis en jeu dans leur
expression phnotypique sont divers,
complexes et sortent du cadre de ce cours
(voir cours de biologie molculaire et biologie
du dveloppement).
L'expression phnotypique d'un gnotype
dpend des conditions environnementales dans
lesquelles se sont dvelopps les individus.
Pour la plupart des caractres, le phnotype
rsulte des effets conjoints de 3 composantes :
- le gnotype G
- l'environnement E qui contribue toujours pour
une part au phnotype
- l'interaction entre le gnotype et
l'environnement IGxE
Ceci est rsum dans une formulation
additive:
P = G + E + IGxE
Cette interaction entre le gnotype et
l'environnement est trs importante car elle
signifie que l'expression d'un gne n'est pas
indpendante du milieu dans lequel ce gne
s'exprime.
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FACTEURS DE VARIATION DES GENES
La slection est le principal facteur de
variation; il y a slection si les diffrents
gnotypes ne participent pas galement la
constitution de la gnration suivante.
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FACTEURS DE VARIATION DES GENES
1 Les migrations :
Soit une gde population, p la frquence dun
gne de cette population.
Elle accueille un certain nombre de
immigrants, pour lesquels la frquence du
gne tudie est pm .
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Les proportions sont m% dimmigrants et (1-
m)% dautochtones.
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FACTEURS DE VARIATION DES GENES
La frquence des gnes conscutive larrive
des immigrants est donc :
p = (1-m)p + mpm ;
Le changement de frquence conscutif
larrive des immigrants est donc :
p = p-p = m(pm-p);
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On constate que p est proportionnel, au %
dimmigrants dune part, la diffrence des
frquences gniques entre immigrants et
autochtones dautre part.
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FACTEURS DE VARIATION DES GENES
2 les mutations:
Ce sont, au sens large, les modifications de
toutes sortes affectant le matriel hrditaire;
Elles se traduisent par des variations
discontinues et hrditaires.
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On considre uniquement les mutations
gniques, qui transforment un gne en un
autre gne, entranant ventuellement
lapparition dun caractre nouveau.
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FACTEURS DE VARIATION DES GENES
3 La slection:
Il y a slection lorsque les diffrents gnotypes
ne participent pas galement la fabrication
de la gnration suivante,
Les raisons sont diverses :
fertilit ou viabilit ingales,
slection artificielle.
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Tous les individus (ou tous les gnotypes) ne
vont pas transmettre leurs gnes en
proportion gales;
Les frquences gniques seront modifies et
par suite les frquences gnotypiques.
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3-1 Notion de valeur slective
La valeur slective dun gnotype (ou valeur
dadaptation) est un nombre proportionnel au
pourcentage de ses descendants.
Si on considre un couple dallles A1 et A2 les
valeurs slectives des gnotypes sont :
A1A1 = s1
A1A2 = s2
A2A2 = s3
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On peut aussi donner la valeur slective 1 au
gnotype le plus favorable.
La valeur slective dun gnotype moins
favorable est dsigne par 1- s.
s est le coefficient de slection.
On peut distinguer plusieurs cas en fonction
du degr de dominance (vis--vis valeur
slective).
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Cas 1 : Pas de dominance mais additivit
Si A1 est le gne le plus favorable nous avons :
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La valeur slective de lhtrozygote est gale la
moyenne des valeurs slective des 2
homozygotes.
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Cas 3 : Il y a super dominance, la valeur
slective de lhtrozygote est suprieure
celle quelconque des homozygotes.
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3-2 Changements des frquences gniques sous
leffet de la slection
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On procde alors pour former la gnration F2
Aa x Aa, ce qui donne la descendance
suivante :
Aa x Aa 1 AA ; 2 Aa ; 1 aa.
La frquence du gne A est toujours de 0,50.
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On dcide alors de rformer tous les individus
aa de la gnration F2.
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Laugmentation de la frquence du gne A
quand on rforme les individus aa se traduit
par une augmentation de la proportion des
individus AA dans la population.
La slection aboutit donc laugmentation de
la frquence pour le gne slectionn et la
diminution de frquence pour le gne non
slectionn.
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4 Les populations deffectif limit
Dans une population de grande taille (effectif
illimit), les frquences gniques sont stables.
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Par contre, si la taille de la population est
insuffisante, lchantillon de gamtes sera
petit.
Il y a des fluctuations alatoires des
frquences gniques.
Il ne sera donc plus possible de prvoir la
structure gntique de la population la
gnration suivante.
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Ce changement alatoire et imprvisible des
frquences gniques dans les petites
populations, appel processus de dispersion a
pour consquence :
La subdivision des populations naturelles en sous-
populations trs diffrentes.
La diminution de la variabilit gntique des
petites populations due la fixation des gnes.
La diminution de la frquence des htrozygotes
au profit des homozygotes
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5 La consanguinit
Cest une autre faon dtudier le cas des petites
populations.
Consanguinit et taille des populations
La consanguinit est la consquence de laccouplement
dindividus apparents, cest--dire lis lun lautre
par leur origine.
Le degr de parent entre deux individus quelconques
dune population dpend de la taille de cette
population ;
Chaque individu a 2 parents, 4 grands-parents, 2n
anctres la mme gnration.
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Le nombre danctres est rapidement plus
grand que la taille de la population ;
Donc deux individus quelconques sont
ncessairement apparents, dautant plus que
la population est plus petite,
Le nombre danctres communs est dautant
plus lev que lon remonte plus loin dans le
pass.
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Les individus se reproduisant au hasard dans
une petite population sont donc apparents ;
les proprits des petites populations peuvent
tre considres comme des consquences de
la consanguinit.
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Identit des gnes
Il y a deux types didentit entre gnes allles,
et par consquent deux types dhomozygotie :
Identit fonctionnelle : les 2 gnes ont le
mme tat alllomorphe et sont dits
indiscernables ;
lhomozygote qui possde 2 gnes
indiscernables est dit ordinaire ou
indpendant.
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Identit par copie : les 2 gnes drivent par
descendance mendlienne dun mme
anctre dont ils sont tous deux la copie ; ils
sont dit gnalogiquement identiques ou
identiques ;
deux gnes identiques sont videmment de
mme nature, mais linverse nest pas vrai, 2
gnes de mme nature pouvant tre
identiques ou indiscernables.
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Lhomozygote qui possde 2 gnes identiques
est dit identique.
La figure suivante illustre les 2 types
didentit des gnes.
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Coefficient de consanguinit dune population
Deux individus quelconques dune petite
population tant apparents, peuvent possder
chacun une copie dun mme gne port par lun
quelconque de leurs anctres communs ;
Sils saccouplent, ils peuvent le transmettre
leurs descendants.
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Donc, des individus consanguins, produits de
laccouplement dindividus apparents,
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On dfinit le coefficient de consanguinit
dune population comme tant la probabilit
que deux gnes a et b de deux locus
homologues quelconques dun individu de
cette population, soient gnalogiquement
identiques : F = P(a = b) ;
1 F est la probabilit de lvnement
contraire, cest--dire de lindpendance.
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Ce coefficient exprime aussi le degr de
parent entre les parents ;
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Caractrisation des populations
La caractrisation des ressources
zoogentiques et phytogntiques
englobe toutes les activits associes
lidentification, la description qualitative et
quantitative, et la documentation des
populations raciales, et des habitats naturels
et des systmes de productions auxquels elles
sont, ou ne sont pas, adaptes.
FIN