Resumen Microbiologia Clinica

Ignacio Candia

Docentes: Carmen Carrizo

Belfor Cepeda
Pablo Herrera
 Etapas del diagnostico microbiologico
El laboratorio de microbiologa responde a las necesidades del mdico, en la
identificacin del agente etiolgico causante de la infeccin. Para lograr resultados
exactos, debe existir colaboracin entre el mdico, el grupo de enfermera y el laboratorio
de microbiologa, con el fin de establecer confianza con el trabajo realizado por el
laboratorio. Al mismo tiempo, el laboratorio de microbiologa debe entregar resultados
exactos, significativos y clnicamente relevantes.
La rapidez en la entrega de los resultados es otra de las facultades que debe poseer este
laboratorio, el cual puede estar conectado via sistema informatico en linea con el clinico,
el cual podra basarse en los resultados o estudios preeliminares para aplicar o no una
determinada terapia. Ademas , debera dar aviso en caso de resultados criticos a la
unidad a cargo del paciente y realizar pruebas de suceptabilidad a antimicrobianos para
que estos patrones sirvan de guia en el tratamiento empirico.
 Etapa preanaltica
La recoleccion y transporte de muestras es un paso fundamental en el diagnostico
microbiologico. Un manejo inadecuado de la muestra puede producir resultados
erroneos, los que afectan directamente la salud del paciente e influencian las desiciones
terapeuticas. Por ello las recomendaciones descritas en el manual del laboratorio donde
se trabaja deben ser cumplidas a cabalidad, estas deben estar actualizadas en base a
las ultimas evidencias disponibles y debe detallar: El tipo de muestra apropiado para cada
caso, la forma de recoleccion de la muestra, las condiciones de transporte hacia el
laboratorio (tiempo de transporte ideal, tipo de envase para la recoleccin de la muestra y
temperatura de transporte) y conservacin de la muestra.
Las condiciones de transporte de las muestras deben ser mantenidas cuidadosamente,
desde su recoleccin hasta su recepcin en el laboratorio, ya que permiten mantener su
integridad. Los sistemas de recoleccin utilizados deben ser estriles, hermticos y
apropiados al tipo y volumen de muestra que se desea obtener.
 Etapa preanaltica

Las muestras enviadas al laboratorio de microbiologa deben ser idealmente obtenidas en el

perodo donde haya mayor excrecin del agente infeccioso, desde un sitio representativo de la
infeccin y en una cantidad suficiente que garantice su buen procesamiento en el laboratorio.
Se debe procurar obtener la muestra antes de instaurar una terapia antimicrobiana o bien antes de
introducir cualquier modificacin del tratamiento antimicrobiano, debido a que disminuye el
rendimiento de la prueba.
stas deben llegar rotuladas perfectamente y con la informacin completa, idealmente con una
etiqueta adherida al envase, conteniendo los mismos datos de la orden de examen. Se deben incluir
en la orden o solicitud de examen, todos aquellos datos del paciente, que permitan elegir el mejor
procedimiento para el aislamiento del patgeno. Algunos de estos datos son: Antecedentes
personales del paciente, diagnstico presuntivo, sitio especfico de recoleccin y tipo de muestra,
administracin previa de antimicrobianos, datos de mdico tratante, alerta en caso de sospecha de
un microorganismo altamente patognico (por ejemplo: Neisseria meningitidis).
 Etapa Analitica
Una vez recibida la muestra en el laboratorio, el personal verifica su adecuada calidad, el
correcto transporte y una completa y concordante rotulacin entre el sistema de
recoleccin y la orden de examen. De acuerdo a las polticas establecidas por cada
laboratorio, se puede rechazar una muestra si no cumple con los requisitos previamente
establecidos en el manual de toma de muestra. Cuando cumple con todos los requisitos
establecidos, se registra en el sistema informtico o libro de registro, inicindose as la
etapa analtica.
Esta etapa de diagnstico microbiolgico puede ser abordada con diversas estrategias,
ya sea realizando una deteccin directa del agente etiolgico a travs del diagnstico
microbiolgico directo o mediante el diagnstico microbiolgico indirecto, en el cual se
detecta la respuesta inmune generada por un microorganismo en el hospedero.
 Etapa Analitica
I. a) Diagnstico microbiolgico directo tradicional
El diagnstico microbiolgico directo permite evidenciar directamente el microorganismo
o parte de su estructura en una muestra. Cuando el agente patgeno es recuperado
completamente en una muestra a travs del cultivo (diagnstico directo tradicional), es
posible caracterizarlo y conocer su susceptibilidad antimicrobiana. Sin embargo, en
determinadas ocasiones los microorganismos no son recuperados desde un cultivo o
presentan un crecimiento muy lento; en estos casos se utilizan metodologas aplicadas
directamente a la muestra (diagnstico no tradicional), tales como pruebas inmunolgicas
o pruebas basadas en cidos nucleicos.
Abarca principalmente 3 etapas: La observacin directa de la muestra alfresco o
utilizando tinciones afines a estructuras microbianas, el cultivo de la muestra en medios
artificiales y su incubacin en atmosferas definidas y La identificacin del organismo
aislado utilizando pruebas directas, bateras bioqumicas, galeras bioqumicas y medios
de cultivo cromgenos.
 Pruebas de Susceptibilidad
Posterior al aislamiento e identificacin de un microorganismo clnico significativo, se realiza la
prueba de susceptibilidad antimicrobiana, con el objetivo de guiar al clnico a elegir una terapia
antimicrobiana adecuada. El estudio de susceptibilidad antimicrobiana (antibiograma o
antifungigrama), es un mtodo que determina, in vitro, la susceptibilidad de las bacterias y hongos,
respectivamente, a los antimicrobianos, bajo condiciones especficas y estandarizadas de
laboratorio. La susceptibilidad antimicrobiana puede ser obtenida a travs de tres tcnicas:
La difusin con disco (mtodo de Kirby-Bauer)
La Epsilometra o E-test
Dilucin en caldo
 Etapa Analitica
I. b) Diagnstico directo no tradicional

El diagnstico directo no tradicional permite realizar la deteccin del agente etiolgico

directamente de la muestra o a partir de un microorganismo aislado previamente desde
un cultivo. Entre las metodologas utilizadas para realizar un diagnstico directo no
tradicional se encuentran:

Los mtodos inmunolgicos, los cuales detectan antgenos del microorganismo utilizando
un anticuerpo especfico, el cual est unido a un sistema de deteccin
(Enzimoinmunoensayo, Inmunocromatografa, aglutinacin con partculas de ltex, IFD,
PCR, Espectrometra de masa).
 Etapa Analitica
II. Diagnstico microbiolgico indirecto
El diagnstico microbiolgico indirecto o estudio serolgico permite detectar
indirectamente un agente patgeno a travs de los anticuerpos especficos producidos
por el hospedero frente a dicho patgeno. Adems permite diferenciar una infeccin
primaria de una reinfeccin o infeccin crnica, debido a que la respuesta serolgica en
cada una de estas situaciones es diferente.
Las tcnicas empleadas para la deteccin de anticuerpos utilizan antgenos conocidos,
que se unirn de forma especfica a los anticuerpos presentes en la muestra del paciente.
Los laboratorios de microbiologa utilizan principalmente las tcnicas de ELISA,
inmunofluorescencia indirecta y de floculacin.
 Etapa Postanalitica

En esta etapa los resultados obtenidos por el laboratorio de microbiologa son

transferidos al sistema informtico, emitindose un informe final, el cual debe estar
rpidamente disponible para ser visualizado por el personal de las diferentes reas del
laboratorio clnico y por el mdico tratante. Se debe asegurar la confidencialidad de los
datos del paciente a travs de polticas institucionales
 Betalactamasas
Las bacterias han evolucionado a un ritmo tan acelerado que la industria farmacutica se ha visto
obligada, da a da, a vencer el reto que nos plantean los microorganismos, ante la adquisicin de
resistencia por parte de stos. Las betalactamasas son enzimas, producidas por bacterias con
peptidoglicano y por algunos hongos, utilizadas para defenderse de antibiticos betalactmicos, o
bien son utilizadas por la bacteria para sintetizar su pared bacteriana.

De entre todas las betalactamasas descritas hasta el momento, caben destacar por su inters e
implicaciones clnicas las siguientes:
Betalactamasas de espectro extendido (grupos 2be, 2ber y 2de de la clasificacin de Bush y
Jacoby: enzimas tipo TEM, SHV, CTX-M y OXA).
Betalactamasas resistentes a los inhibidores (grupo 2br: enzimas tipo TEM y SHV).
Betalactamasas tipo AmpC (grupo 1: enzimas tipo LAT, MIR, CMY y FOX).
Carbapenemasas (grupos 2f, 2df y 3: enzimas tipo VIM IMP, IMI, KPC, NDM y OXA).
 Estafilococos: Resistencia a las penicilinas por
produccin de betalactamasa.

El fenotipo de resistencia a la penicilina mediado por betalactamasa(s) en estafilococo

implica resistencia a todas las penicilinas excepto a las isoxazolilpenicilinas: oxacilina,
meticilina, cloxacilina y nafcilina. As tambin, conlleva sensibilidad a las combinaciones
de betalactmico con inhibidor de betalactamasa (cido clavulnico, tazobactam y
sulbactam), a las cefalosporinas y a las carbapenemas.
 Resistencia a la meticilina
La resistencia a la meticilina, ms frecuente entre las diferentes especies de estafilococos
coagulasa negativa (ECN, con la excepcin de Staphylococcus lugdunensis y
Staphylococcus saprophyticus) que en S. aureus, se debe a la adquisicin del gen mecA
que codifica la protena fijadora de penicilina PBP2a, supernumeraria, que posee baja
afinidad por todos los betalactmicos y por tanto implica resistencia a todos estos
compuestos con la excepcin, hasta el presente, de la cefalosporina ceftarolina y de la
carbapenema razupenem, ninguna de las cuales ha sido an introducida para uso clnico.
La cefoxitina es un marcador adecuado de la presencia de mecA ya que es un
compuesto inductor ms potente del sistema regulatorio de mecA que las penicilinas y
por ello, al mejorar la expresin de este gen se mejora tambin la deteccin de la
resistencia a la meticilina. La utilizacin del disco de cefoxitina es especialmente til y de
preferencia sobre el disco de oxacilina para detectar la resistencia a oxacilina mediada
por el gen mecA y se debe utilizar siempre en cepas de ECN. Adems, este disco no
presenta problemas de estabilidad como la oxacilina durante su conservacin.
 Resistencia a los macrlidos y a la clindamicina
Los macrlidos, las lincosamidas y las estreptograminas B (MLSB) son tres familias
diferentes de antimicrobianos que poseen mecanismos y sitios de accin (subunidad 50S
del ribosoma bacteriano) similares. En los estafilococos, los fenotipos de resistencia que
se pueden observar son: 1) fenotipo cMLSB (resistencia constitutiva a la eritromicina (y
dems macrlidos de 14 y 15 tomos de carbono), a la clindamicina y a las
estreptograminas B por modificaciones en la diana ARNr 23S debidas a la accin de
metilasas codificadas por los genes ermA, ermB, ermC, con resistencia cruzada de alto
nivel a todos los antimicrobianos del grupo MLSB; 2) fenotipo iMLSB (resistencia inducible
a la eritromicina y sensibilidad a la clindamicina y a las estreptograminas B): se trata del
mismo mecanismo que en el caso anterior pero que se manifiesta como resistencia a los
macrlidos pero con sensibilidad a las lincosamidas y a las estreptograminas B en
ausencia de un inductor como la propia eritromicina, y 3) fenotipo MSB, resistencia a la
eritromicina, a otros macrlidos de 14 y de 15 tomos de carbono, a las estreptograminas
B pero con sensibilidad a clindamicina, mediada por una bomba de expulsin activa
(codificada por genes plasmdicos del tipo msrA).
 Sensibilidad disminuida a los glucopptidos
En S. aureus, una cepa se define como vancomycin intermediate S. aureus (VISA) cuando
la CMI de vancomicina, determinada por el mtodo de microdilucin en caldo, es de 4-8
mg/L segn los criterios del Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Por lo tanto,
se considera que una cepa es resistente si la CMI de vancomicina por dicho mtodo es de
16 mg/L. Las cepas VISA pueden presentar tambin sensibilidad disminuida o
resistencia a la teicoplanina y se las denomina glycopeptide-intermediate S. aureus
(GISA). En el caso de ECN se considera que una cepa tiene sensibilidad intermedia a la
vancomicina (CLSI) cuando los valores de CMI son de 8-16 mg/L y por tanto que es
resistente cuando la CMI es 32 mg/L.
 Resistencia en Enterococcus sp.
Resistencia de alto nivel a la gentamicina y a la estreptomicina Los enterococos poseen
resistencia intrnseca de bajo nivel a los aminoglucsidos, con CMI entre 4-64 mg/L para la
gentamicina y 16-256 mg/L para la estreptomicina. La adquisicin de determinantes
genticos asociados a la produccin de enzimas modificadoras de aminoglucsidos
conlleva la expresin de altos niveles de resistencia (RAN) a dichos compuestos.
 Resistencia a glucopptidos

Se han descrito 2 tipos de resistencia a los glucopptidos en enterococo: 1) resistencia

intrnseca: en las especies Enterococcus gallinarum (gen vanC1), Enterococcus
casseliflavus (gen vanC2) y Enterococcus flavescens (gen vanC3). Se caracteriza por
conferir bajos niveles de resistencia a la vancomicina (CMI 2-32 mg/L) segn los criterios
del CLSI.
Asimismo estas cepas son sensibles a la teicoplanina (CMI 0,5-2 mg/L). Los genes se
localizan en el cromosoma bacteriano y no son transferibles por lo que tienen escasa
trascendencia clnica y epidemiolgica; 2) resistencia adquirida: se han descrito 8
fenotipos diferentes (VanA, VanB, VanD, VanE, VanG, VanL, VanM y VanN) mediados por
los operones de genes de resistencia vanA, vanB, vanD, vanE, vanG, vanL, vanM y vanN,
respectivamente. Los fenotipos VanA y VanB son los ms frecuentes.
Resistencia en gramnegativos
 BLEE: Betalactamasas de espectro extendido

Un grupo importante de enzimas son las betalactamasas de espectro extendido (BLEE)

que tienen capacidad de hidrolizar y causar resistencia o sensibilidad disminuida a
penicilinas, oximinocefalosporinas (cefotaxima, ceftriaxona, ceftazidima, cefepima) y
monobactmicos (aztreonam), pero no a cefamicinas (cefoxitina) ni carbapenmicos
(imipenem, meropenem y ertapenem), siendo inhibidas por el cido clavulnico. Estas
betalactamasas pertenecen a la clase molecular A de Ambler y entre ellas se encuentran
las de tipo TEM y SHV (derivadas de enzimas con menor espectro de hidrlisis), la familia
CTX-M (procedente de betalactamasas cromosmicas del gnero Kluyvera), y otras
menos prevalentes como PER, VEB, BES, GES, TLA y SFO, incluidas todas ellas en el grupo
funcional 2be de Bush y Jacoby.
 AmpC
Las betalactamasas de la clase molecular C de Ambler (grupo 1 de la clasificacin de
Bush-Jacoby-Medeiros)18 hidrolizan cefalosporinas de primera y segunda generacin,
incluidas las cefamicinas y, en menor medida las de tercera generacin, mientras que
generalmente son muy poco eficaces hidrolizando las cefalosporinas de cuarta
generacin y los carbapenmicos. Este espectro de hidrlisis puede ampliarse y afectar
adems a cefalosporinas de cuarta generacin (AmpC de espectro extendido), pero se
desconoce cul es la prevalencia y la relevancia clnica y epidemiolgica de estas
variantes de AmpC. La cloxacilina y el aztreonam, as como el cido bornico y sus
derivados (cido fenil-bornico), inhiben a las betalactamasas de tipo AmpC, mientras
que el cido clavulnico, sulbactam y tazobactam no son buenos inhibidores.
 AmpC
AmpC cromosmicas inducibles: Se producen a bajos niveles de manera natural y aumentan su
sntesis en presencia de inductores (betalactmicos). Como se mencion anteriormente, pueden
derreprimirse, perdiendo as la caracterstica de induccin. Son ejemplos de bacterias productoras:
Enterobacter spp., M. morganii, Providencia spp. P. aeruginosa, entre otras.
AmpC cromosmicas no inducibles (constitutivas): Su expresin es a niveles muy bajos sin mostrar
resistencia. Cuando se encuentran hiperproducidas pueden conferir resistencia a todos los
betalactmicos a excepcin de cefalosporinas de 4ta generacin y carbapenmicos. La bacteria
representativa es E. coli.
AmpC plasmdicas inducibles y AmpC plasmdicas constitutivas: La evidencia molecular sugiere
que los genes que codifican a estas enzimas, derivan de los genes ampC cromosmicos que
naturalmente poseen las enterobacterias arriba mencionadas. Estos genes han sido integrados en
elementos genticos transferibles facilitando la diseminacin a diferentes microorganismos. Los
genes ampC mediados por plsmidos han sido encontrados en bacterias como Salmonella spp., K.
pneumoniae y Proteus mirabilis que naturalmente no poseen estos genes.
 Carbapenemasas

En los ltimos aos se ha producido una gran alarma y preocupacin por la gran
dispersin de los bacilos gramnegativos resistentes a los carbapenmicos por produccin
de betalactamasas capaces de hidrolizar este grupo de antimicrobianos y que se han
asociado a elementos genticos transferibles. Tienen la capacidad de hidrolizar tanto a
los carbapenmicos como a otros -lactmicos. Adems presentan la caracterstica de
ser resistentes contra la accin de los inhibidores de -lactamasas disponibles. Pueden
estar codificadas en el cromosoma bacteriano o estar presentes en elementos genticos
mviles. Se ha propuesto una clasificacin en dos grupos: serin carbapenemasas que
pertenecen a la clase molecular A o D de Ambler y metalo--lactamasas (MBLs) que
corresponden a la clase B de Ambler, denominadas as por la dependencia de metales
como el zinc para su funcionamiento.
 BIBLIOGRAFA
Abarca, G., & Herrera, M. L. (2001). Betalactamasas: su importancia en la clnica y su deteccin en el laboratorio. Revista Mdica
del Hospital Nacional de Nios Dr. Carlos Senz Herrera, 36(1-2), 77-104.
Mhlhauser, P. M., & Rivas, J. L. (2014). Laboratorio de microbiologa: conocimientos bsicos para un clnico. Revista Mdica
Clnica Las Condes, 25(3), 569-579.
Monge, K. M. M. (2013). Carbapenemicos: tipos y mecanismos de resistencia bacterianos. Revista Mdica de Costa Rica Y
Centroamerica, 70(608), 599-605.
Morosini, M. I., Cercenado, E., Ardanuy, C., & Torres, C. (2012). Deteccin fenotpica de mecanismos de resistencia en
microorganismos grampositivos. Enfermedades Infecciosas y microbiologa clnica, 30(6), 325-332.
Navarro, F., Calvo, J., Cantn, R., Fernndez-Cuenca, F., & Mirelis, B. (2011). Deteccin fenotpica de mecanismos de
resistencia en microorganismos gramnegativos. Enfermedades Infecciosas y microbiologa clnica, 29(7), 524-534.
Rojas, M., & Del Valle, D. (2009). Betalactamasas tipo AmpC: generalidades y mtodos para deteccin fenotpica. Revista de la
Sociedad Venezolana de Microbiologa, 29(2).