2°

Il “dogma centrale”

della biologia molecolare

1°
Replicazione
Replicazione

trascrizione traduzione
trascrizione proteina
traduzione
maturazione Proteina
Trascrizione
inversa

2°
Replicazione del DNA: da ..ogni volta che si
DNA a DNA.. divide una cellula
(ovvero, mantenimento
dell’informazione genetica)
.. il suo DNA si replica

……è il passaggio più delicato per

2°
l’integrità dell’informazione……
La fedeltà della replicazione del DNA deve
essere assoluta, ed è garantita in prima istanza
dalla DNA polimerasi

DNA polimerase

2°
 DNA polimerasi: (5' -> 3' polimerasi)

RNA primer
OH
OH

5' OH OH

A
C C C

C U U C C oops!
G G A
G A A G A G A
C C T T

3' 5'

DNA polimerasi (3' -> 5' esonucleasi)

“proof reading” (correttore di bozze)

2°
L’intensa attività della DNA
polimerasi è comunque gravata
da un elevato margine di errore:
1 nucleotide ogni 100,000 viene
inserito erroneamente!
Questo valore potrebbe essere
anche considerato di lieve
entità.. ..ma se consideriamo l’ammontare totale
di nucleotidi del genoma umano (~>3
miliardi di pb) che si replica ad ogni ciclo
cellulare, ne risulta una media di 120.000
errori per singola divisione cellulare!

mutazioni
2°
 Fortunatamente le cellule hanno trovato il
modo, nel corso dell’evoluzione, di attuare
sofisticati meccanismi per rimediare a
quasi tutti gli errori.
Oltre alla stessa DNA polimerasi che
opera come esonucleasi in senso 3’5’
(“proof reading”) correggendo la
stragrande maggioranza dei mismatch (99%), sono
attivi vari meccanismi di riparazione : base excision,
nucleotide excision e mismatch repair.
Proteine e enzimi che riconoscono e
rimuovono i nucleotidi erroneamenti
inseriti e, utilizzando lo stampo originale
di DNA, li rimpiazzano con quelli corretti.

2°
 Meccanismi di
riparazione

•base excision

•nucleotide excision

•mismatch repair

2°
 Base excision: il sito con
la base alterata (sito AP)
viene riconosciuto dalla
DNA glicosilasi che la
rimuove, l’AP
endonucleasi allarga il
sito. La DNA polimerasi e
DNA ligasi provvedono poi
a riempire il varco
basandosi sul nastro
stampo.

2°
2°
 Nucleotide excision: RAD3, RAD10
le proteine RADxx
rimuovono i
nucleotidi alterati
allargando il sito, DNA
polimerasi e DNA
ligasi provvedono a
“riempire” il varco
posizionando sullo
stampo i nucleotidi
complementari

2°
 mismatch repair: in caso di
errati appaiamenti, un
complesso formato da
enzimi quali hMSH2-6 e
hMLH1 e esonuclesi (EXO1)
e diversi fattori proteici,
rimuovono la base errata; il
vuoto viene poi riempito
con la base corretta dalla
DNA polimerasi.
La DNA ligasi provvede
quindi a ripristinare i ponti
zucchero-fosfato.
2°
I nucleotidi che comunque sfuggissero a questi
interventi di riparazione diventerebbero mutazioni
permanenti alla successiva divisione cellulare!

Linea somatica

Linea geminale

malattie ereditarie neoplasie

2°
 Il “dogma centrale”

della biologia molecolare

2°
Replicazione
trascrizione traduzione
Trascrizione
Trascrizione
Traduzione
proteina

maturazione Proteina
Trascrizione
inversa
2°
 Trascrizione negli eucarioti
trascritto primario di mRNA
prodotto grezzo della copiatura del
DNA (hnmRNA)

2°
 Trascrizione
TF II E: richiama il TF II H,
modula l'azione elicasica del TF II H e
l'azione delle attivita' ATPase e chinasica TF II H: Melting del
promotore
(apertura doppia elica)
TF II F aiuta la RNA
Contributo dei fattori di
per azione della attivita'
polimerasi II a
raggiungere il promotore trascrizione (TF) all’inizio
elicasica intrinseca.

della trascrizione
TAFs:
coopera al processo di attivazione,
coopera al processo di riconoscimento
del promotore

TF II A:
sabilizza il
legame tra il
TF II D ed il
promotore
TF II D – TBP:
riconosce il "core"
promoter
richiama il TF II B
TF II B:
richiama la RNA
polimerasi II
ed il TF II F

Processo finemente regolato!!

Molteplici
Molteplicifattori coinvolti!!
possibilità di errori!!
2°
Trascrizione: maturazione del trascritto
esone 1 esone 2 esone 3 esone 4
promotore Introne 1 Introne
Introne1 2 Introne 3

DNA
Trascritto primario

Maturazione del trascritto splicing

RNA maturo

sintesi proteica

Proteina

2° Maturazione del trascritto

Trascrizione: maturazione del trascritto
esone 1 esone 2 esone 3 esone 4
promotore Introne 1 Introne
Introne1 2 Introne 3

DNA trascrizione

Maturazione del trascritto splicing

RNA maturo

sintesi proteica

Proteina

2° Maturazione del trascritto

Trascrizione: maturazione del trascritto
esone 1 esone 2 esone 3 esone 4
promotore introne 1 Introne
introne12 introne 3

DNA trascrizione
Trascritto primario
RNA
gigante
Guanosina metilata
Maturazione del trascritto splicing
Capping
RNA maturo

sintesi proteica

Proteina
Maturazione del trascritto: “capping”
2° Maturazione del trascritto
 Funzioni del Cap

1. Protezione: protegge l’RNAm dall’azione della RNA

nucleasi

2. Trasporto e localizzazione degli RNAm

3. Traduzione: dirige l’RNAm verso i ribosomi

4. Regolazione; influenza lo”splicing” del trascritto

primario

2°
Trascrizione: maturazione del trascritto
esone 1 esone 2 esone 3 esone 4
promotore introne 1 Introne
introne12 introne 3

DNA trascrizione
Trascritto primario Poli-A
RNA
gigante Cap
Aggiunta di stringa di poli Adenina
Maturazione del trascritto splicing
(150-200)

RNA maturo

sintesi proteica

Proteina
Maturazione del trascritto: poliadenilazione
2° Maturazione del trascritto
Quale funzione per la “coda” di poli A?
Protegge l’RNAm dalla degradazione controlla la sintesi proteica

2°
Trascrizione: maturazione del trascritto
esone 1 esone 2 esone 3 esone 4
promotore introne 1 Introne
introne12 introne 3

5’ 3’
DNA trascrizione
Trascritto primario
RNA 5’ 3’
gigante Cap Poli-A

ovvero rimozione degli introni e riunione degli esoni

(“taglia e cuci”)
sintesi proteica

Proteina
Maturazione del trascritto: “splicing”
2°
Lo “splicing” richiede il riconoscimento di segnali di “splicing”
esone 1 esone 2 esone 3 esone 4
introne 1 Introne
introne12 introne 3

2°
 Lo “splicing” richiede il riconoscimento di segnali di “splicing”
esone 1 esone 2 esone 3 esone 4
introne 1 Introne
introne12 introne 3

Gli “splicing sites” e il “branch point” sono altamente conservati

2° Py = C o U
2°
 Esistono tre tipi di meccanismi di splicing: I,II,III.

Lo splicing I,II è detto anche autosplicing (self splicing)

La differenza tra il tipo I e il II consiste nel diverso nucleotide intronico che
viene coinvolto nel processo: nel tipo I è una G, nel tipo II è una A

G
Reazione intermedia
esone 1 esone 2

introne 1
introne rimosso
G
RNA maturo
esoni saldati esone 1 esone 2

2°
Self splicing tipo II

introne 1 OH di una specifica A

intronica si attacca al
RNA precursore G sito di splicing 5’
esone 1 esone 2

introne 1

G
Reazione intermedia
esone 1 esone 2

introne 1
introne rimosso
G
RNA maturo
esoni saldati esone 1 esone 2

2°
Esempio di self splicing tipo II

introne 1 OH di una specifica A

intronica si attacca al
RNA precursore G sito di splicing 5’
esone 1 esone 2

introne 1
Si forma un anello o
G “lariat”(cappio)
Reazione intermedia
esone 1 esone 2

introne 1
introne rimosso
G
RNA maturo
esoni saldati esone 1 esone 2

2°
Esempio di self splicing tipo II

introne 1 OH di una specifica A

intronica si attacca al
RNA precursore G sito di splicing 5’
esone 1 esone 2

introne 1
Si forma un anello o
G “lariat”(cappio)
Reazione intermedia
esone 1 esone 2

introne 1
introne rimosso
G
RNA maturo
esoni saldati esone 1 esone 2

2°
 Splicing tipo III

Prevede l’intervento dello

Spliceosoma

Lo spliceosoma è un grosso
complesso enzimatico formato
da proteine e piccole molecole di
RNAnucleare (snRNA, small
nuclear RNA), tra cui
U1,U2,U4/U6,U5. Lo snRNA, unito
a proteine, costituisce complessi
chiamati snRNP (small nuclear
ribonucleoproteins), che
riconoscono specificamente le
sequenze di consenso dei siti di
spicing al 5' e al 3' di ogni introne
e il residuo di adenosina che
andrà a costituire il sito di
ramificazione dell'intermedio di
maturazione "a cappio".

2°
Trascrizione: maturazione del trascritto
esone 1 esone 2 esone 3 esone 4
promotore Introne 1 Introne
Introne1 2 Introne 3

5’ 3’
DNA trascrizione
Trascritto primario
RNA 5’ 3’
gigante Cap Poly-A
splicing

RNA maturo 5’ Cap- -Poly-A 3’

gene da tradurre
sintesi proteica

Proteina
Maturazione del trascritto: assemblaggio del gene
2°
 da A a G, introni
l’RNAm appaiato
agli esoni (a - g)

a
b

c
d
f

2°
 Il “dogma centrale”
della biologia molecolare
3°

Replicazione
Trascrizione
Traduzione
Traduzione
Proteina

Trascrizione
inversa
ribosoma
3°
 Normal translation

Traduzione normale

Proteasome
Errori nella traduzione:
degradazione accelerata

Proteasome
Errori nella traduzione:
degradazione accelerata

X X

Proteasome