BIOKIMIA SEL

dr. Retno Sintowati, M.Sc.

The four main families of small organic molecules in cells
The reaction of two monosaccharides to form a
disaccharide
A fatty acid
Phospholipid structure and the orientation of
phospholipids in membrane
 The charge on
amino acid side
chains depends on
the pH
 A small part of one
chain of a
deoxyribonucleic
acid (DNA) molecule
 Activated Carrier Molecule are Essential for Biosynthesis.
Energy transfer and the role of activated carriers in metabolism
The ATP molecule serves as an energy carrier in cells
The hydrolysis of ATP to ADP and inorganic phosphate
An example of a phosphate transfer reaction
 Synthesis of a
polynucleotide,
RNA or DNA, is a
multistep processs
driven by ATP
hydrolysis
 HOW CELLS OBTAIN ENERGY FROM FOOD

• Glycolysis is a central ATP-Producing Pathway

• Fermentation Produce ATP in the Absence of Oxygen
• Glycolysis illustrates How Enzymes Couple Oxidation to
Energy Storage
• Organisms Store Food Molecules in Special reservoir
(glycogen)
• Sugars and Fats Are Both Degraded to Acetyl CoA in
Mitochondria
• The citric Acid Cycle Generates NADH by Oxidizing
Acetyl groups to CO2
• Glycolysis and the TCAC provide the
precursors needed to synthesize many
important biological molecule
• Electron transport drives the synthesis of the
majority of the ATP in most cells
• Amino Acids and nucleotides are part of the
nitrogen cycle
• Metabolism is organized and regulated
The final stages of oxidation
of food molecules
 Purine Nucleotide Synthesis O
COO
OOC C
2-
O3P O CH2 H N HC N N
O C4 Aspartate ADP C4
H H  CH + ATP + Pi H
CH
5 CH2 5
H C C
OH N N
OH OH H2N SAICAR Synthetase COO H2N
-D-Ribose-5-Phosphate (R5P)
Ribose-5-Phosphate Ribose-5-Phosphate
ATP Carboxyamidoimidazole Ribotide (CAIR) 5-Aminoimidazole-4-(N-succinylocarboxamide)
Ribose
Phosphate ribotide (SAICAR)
ADP + Pi
Pyrophosphokinase AIR
Car boxylase
AMP Fumarate Adenylosuccinate
ATP Lyase
+HCO3 O
N
2-
O3P O CH2 H HC 4 C
O  O H2N N
O CH
H H C4
5
H O P O P O C CH
OH N C
5
OH
H2N N
O O H2N
Ribose-5-Phosphate
Ribose-5-Phosphate
5-Aminoimidazole Ribotide (AIR)
5-Phosphoribosyl--pyrophosphate (PRPP) 5-Aminoimidazole-4-carboxamide
ADP + Pi ribotide (AICAR)
AIR
Glutamine Synthetase N10-Formyl-
+ H2O Amidophosphoribosyl THF
ATP AICAR
Transferase
Transformylase
Glutamate H O THF
+ PPi N
H2C CH C
H2N N
2- NH2 C4
O3P O CH2
O CH
H H  C O 5
HN NH C
N
H H O C NH
OH OH H
Ribose-5-Phosphate Ribose-5-Phosphate
-5-Phosphoribosylamine (PRA)
Formylglycinamidine ribotide (FGAM) 5-Formaminoimidazole-4-carboxamide
Glycine ADP + ribotide (FAICAR)
+ ATP Glutamate + Pi
FGAM
GAR Synthetase H2O
Synthetase IMP
ATP + Cyclohydrolase
ADP Glutamine +
+ Pi H2O O
H
H2C NH2 N C N
H 2C CH HN C
4
O C CH
HC C5
2-
C O N
O3P O CH2 NH N
O N10-Formyl-THF THF O NH 2-
O3P O CH2
H H O
H H
H H H
OH
GAR Transformylase Ribose-5-Phosphate H
OH OH OH

Glycinamide Ribotide (GAR) Formylglycinamide ribotide (FGAR) Inosine Monophosphate (IMP)

IMP is converted to AMP or GMP

O GTP GDP + Pi
NH2
Aspartate Fumarate
C N C
HN C N
N C
CH CH
HC C HC C
N N N
N

Ribose-P Ribose-P
H2O + NAD+
IMP AMP
NADH + H+

O
O ATP ADP + Pi
Glutamine Glutamate C N
C N HN C
HN C CH
CH C C
C C H2N N N
HO N N

Ribose-P
Ribose-P

XMP GMP
 Pyrimidine Synthesis
O

2 ATP + HCO3- + Glutamine + H2O C

HN CH
2 ADP +
Carbamoyl O
Glutamate +
Phosphate C C
Pi
Synthetase II
C O N
HN CH PRPP PPi COO
2-
O3P O CH2
O
NH2
C C Orotate Phosphoribosyl H H 
N Transferase
O C O H H
H COO OH OH
O PO3-2 Orotidine-5'-monophosphate
Orotate
(OMP)
Carbamoyl Phosphate
Reduced
Aspartate Quinone OMP
Aspartate Dihydroorotate
Transcarbamoylase Decarboxylase
Dehydrogenase CO2
(ATCase)
Pi Quinone O

O C
O HN CH

C
HO C C CH
HN CH2 N
CH2 O
NH2 H2O
2-
C CH O3P O CH2
O
C CH O N H H 
Dihydroorotase
O N H COO H H
H COO OH
OH
Dihydroorotate
Carbamoyl Aspartate Uridine Monophosphate
(UMP)
 METABOLISME
ASAM NUKLEAT
ASAM NUKLEAT
Struktur :
- Unit monomerik asam nukleat
adalah nukleotida.
- Setiap nukleotida mengandung
:
~ sebuah basa nitrogen
heterosiklik
~ sebuah gula pentosa
~ sebuah fosfat
- Basa nitrogen :
~ purin ( adenin & guanin
~ pirimidin ( timin & sitosin )
Gula pentosa :
~ D-Ribosa
~ 2-Deoksi ribosa
Nukleosida : basa purin / pirimidin + gula pentosa pada N9 / N1
Contoh nukleosida :
• Adenosin : Adenin + D- Ribosa pada N9
• Guanosin : Guanin + D-Ribosa pada N9
• Sitidin : Sitosin + D-Ribosa pada N1
• Uridin : Urasil + D-Ribosa pada N1
• Timidin

Asam Nukleat : polinukleotida ( polimer dari nukleotida )

Ada 2 macam asam nukleat :
1. DNA, adalah polimer dari :
• Asam 2-deoksi Adenilat ( dAMP )
• Asam 2-deoksi Guanilat(dGMP)
• Asam 2-deoksi Sitidilat ( dCMP )
• Asam Timidilat ( TMP )
2. RNA, adalah polimer dari :
• Asam Adenilat ( AMP )
• Asam Guanilat ( GMP )
• Asam Sitidilat ( CMP )
• Asam Uridilat ( UMP)
Nama Basa, Nukleosida dan Nukleotidanya
 DNA
STRUKTUR DAN FUNGSI:
- Merupakan dasar keturunan
- Mengandung informasi genetika
- Terdiri dari unit monomer : deoksiadenilat, deoksiguanilat, deoksisitidilat
dan timidilat yang dihubungkan oleh jembatan 3’,5’-fosfodiester
membentuk polimer
- Info genetika terletak pada urut-urutan basa pada monomernya
- Konsentrasi basa A=T dan G=S
- DNA berutas rangkap ( double stranded ), kedua utas dihubungkan oleh
ikatan hidrogen dan terpilin dalam bentuk heliks ganda.
- Kedua utas mempunyai polaritas antiparalel : 3’ ke 5’ dan 5’ ke 3’
- Pasangan nukleotida purin dan pirimidin pada utas yang berlawanan
sangat spesifik :
~ A hanya berpasangan dengan T ( 2 ikatan hidrogen )
~ G hanya berpasangan dengan S ( 3 ikatan hidrogen )
Fosfat inorganik
berikatan dengan
monomer
nukleotida,
membentuk ikatan
fosfodiester antara
karbon-3’ sebuah
gula dengan karbon-
5’ gula berikutnya
sepanjang rantai
polinukleotida.
Pasangan basa DNA dengan ikatan hidrogen
- Ikatan hidrogen menstabilkan pasangan basa pada
DNA.
- Nukleotida deoksiguanosin dan deoksisitidin disatukan
oleh 3 ikatan hidrogen, sedangkan pasangan A-T
disatukan oleh 2 ikatan hidrogen.
- Karena interaksi yang saling bersusun ditambah
kekuatan 3 ikatan hidrogen, maka daerah-daerah
yang kaya akan ikatan G-C jauh lebih resisten
terhadap proses denaturasi / proses “peleburan”
daripada daerah yang kaya akan A-T.
- Struktur beruntai ganda DNA dapat dilebur (denaturasi)
dengan :
1. Meningkatkan suhu
2. Menurunkan konsentrasi garam
DNA yang kaya akan pasangan G-C akan melebur pada
suhu yang lebih tinggi daripada DNA yang kaya
pasangan A-T.
Untai DNA berfungsi sebagai
cetakan (template). Selama
replikasi, untai heliks terpisah di
daerah setempat. Masing-
masing untai induk berfungsi
sebagai cetakan untuk sintesis
untai baru.
Untai antiparalel DNA
Pada satu untai, oksigen dari setiap
cincin gula adalah di atas karbon,
sehingga karbon 5’ di atas
karbon 3’ Untai berjalan
dalam arah 5’ ke 3’.

Pada untai yang lain, oksigen dari

setiap cincin gula adalah di
bawah karbon, sehingga karbon
3’ di atas karbon 5’ Untai
berjalan dalam arah 3’ ke 5’.
Jadi untai berjalan dalam arah yang
berlawanan  antiparalel
Dua untai DNA memuntir membentuk heliks ganda
Gugus fosfat terletak di sebelah luar heliks
Karakteristik DNA

Efek alkali pada DNA

dan RNA. Untai DNA
tetap utuh, tetapi
terpisah. Untai RNA
mengalami
degradasi menjadi
nukleotida
 Pengorganisasian DNA dalam Sel
 DNA diorganisasikan menjadi kromosom
Kromatin

Kromatin : kompleks DNA dan protein

yang terdapat di inti sel

Jika kromatin diekstraksi dari sel akan

tampak seperti manik-manik pada
benang  manik-manik = inti
nukleosom

Kromatin t.d :
~ Molekul DNA beruntai ganda yg
sgt panjang
~ Histon (massa protein dasar yg
agak kecil, hampir sama besar)
~ Protein nonhiston (jml sedikit,
lebih besar dari histon)
~ RNA (sejml kecil)
HISTON merupakan protein kromatin
yang paling berlimpah

Ada 5 klp histon :

- H1  terikat paling longgar dg
kromatin shg mudah dikeluarkan
dg larutan garam.
- H2A, H2B  kaya AA Lisin
- H3, H4  kaya Arginin

Inti nukleosom sbg subunit dari

kromatin t.d :
~ 2 molekul dari msg-msg klas
histon ( H2A, H2B, H3, H4)
~ 140 pasangan basa DNA untai
ganda
- DNA yang melingkar membungkus inti
nukleosom bersambungan dg inti
nukleosom sebelahnya.
- DNA yg menghubungkan inti-inti
nukleosom membentuk kompleks dg
histon H1.
- Benang-benang nukleosom memilin
menjadi kumparan heliks tubuler,
disebut struktur solenoid
- Bila dikeluarkan dari kromatin, histon
berinteraksi khusus :
H3 & H4  tetramer (H3-H4)2
H2A & H2B  dimer (H2A-H2B)
oligomer (H2A-H2B)n
- H1 & protein non histon tdk ikut dlm
penyusunan kembali kromatin.
 GENOM MANUSIA

Genom : kandungan genetik total dalam satu sel

Genom haploid ( sel sperma atau sel telur ) tiap sel pada
manusia mengandung 3 milyar pasangan basa. (3 x
109) bp
Keseluruhan genom haploid mengandumg DNA yg cukup
untuk mengkode hampir 1,5 juta pasangan gen.
Genom diploid sel manusia mempunyai : BM : 3 X 10¹²,
dibagi menjadi 23 ps kromosom.
• DNA dari semua 46 kromosom dalam sebuah sel
manusia diploid mengandung 6 milyar pasangan basa
(3 x 109) bp. Apabila disambung ujung ke ujung akan
terentang dg jarak 2 meter.
• 1 sel: 2m DNA
• Panjang total DNA: 8 x jarak bumi bulan
Dogma of molecular biology

Produk akhir gen adalah protein

 DNA
DNA KROMOSOM
• BERHUBUNGAN DENGAN GENETIK ATAU PEWARISAN
SIFAT
DNA MITOKONDRIA
• Diturunkan secara maternal
• tidak berhub dgn genetik / pewarisan sifat
• Merup protein sirkular dg untai rangkap, tdp dlm
matriks mitokondria
• fungsi: mengkode enzim rantai pernapasan yg berhub
dgn ATP, rRNA, 22 buah tRNA, peny. ttt
• Mpy laju mutasi yg tinggi (5-10x> genom nukleus)
Human chromosomes

chromatide 1

2 x 22 chromosomes+ Diseases:
XX (female) or XY (male) Down syndrome
Sindroma Turner
 Structural hierarchy in
chromosome formation

sequence helix

nucleosome chromatide
 DNA - Gena
QWEYUWYSDJKKGASDEHHJDBATAATAAD
JKLRHWRAKUMAUMAINMUSIGUADKLUT
LSDFJEURASKNDBAGKDENGANKAKAKAG
UADTUOPIPQEAUHDJFIRPODBAGDIKDID
ALAMKAMARAGGUADGJRUAAAVZXCNBS
FHAJKRIWERJORYIODBAGARTIDAKMEMB
UATBISINGSTOPPPPLAHUEYWIPHGDANM
ASDBJI
 GENA

QWEYUWYSDJKKGASDEHHJDBATAATAADJKLRH
WRAKUMAUMAINMUSIGUADKLUTLSDFJEURAS
KNDBAGKDENGANKAKAKAGUADTUOPIPQEAU
HDJFIRPODBAGDIKDIDALAMKAMARAGGUADG
JRUAAAVZXCNBSFHAJKRIWERJORYIODBAGARTI
DAKMEMBUATBISINGSTOPPPPLAHUEYWIPHGD
ANMASDBJI
 Gene structure

Exon intron
5- -3
Promoter

SP1 CCAAT CCAAT TATA

-150 -105 -74 -28 0

 Structure of mammalian genes
REGUL- REGUL-
ATION STRUCTURE ATION

I1 I2

E1 E2 E3
5‘ 3‘

promoter
E - exons (coding)

enhancer
I - introns (non-coding)

silencer
 Processes involved in gene
transcription
start stop
DNA E1 E2 E3
poly A termination
signal signals
transcription + capping
CAP

pre-mRNA polyadenylation
AAAAAA

splicing
mRNA
AAAAA
start stop
 Jenis RNA
ribosomal RNA (rRNA)
5 S, 5.8 S (160 bp), 18 S (2000 bp) and 28 S (5000 bp) RNA

ribosome structure

transfer RNA (t-RNA)

small RNA species with characteristic secondary structure
(anticodon, amino acid binding)

amino acid transfer

messenger RNA (mRNA)

matrix for protein synthesis at the ribosome, different
length

translation
 Struktur mRNA
gene

I1 I2
E1 E2 E3
5‘ 3‘

PAS

pre-mRNA

AUG UGA
(start) (stop)
splicing sites

mRNA CAP PAS

AAAAAAA
5‘-UTR TR 3‘-UTR
start stop
 Struktur mRNA jadi

regulatory parts

structural part
CAP

5‘-UTR 3‘-UTR AAAAA

TR
start stop
codon codon
 RNA
STRUKTUR DAN SIFAT KIMIA
Mrpk polimer dari ribonukleotida purin dan pirimidin yang
dihubungkan oleh ikatan 3’, 5’-fosfodiester
Perbedaan DNA dan RNA :
1. Gula  DNA : 2-deoksi ribosa
RNA : ribosa
2. Basa pirimidin  DNA : timin
RNA : urasil
3. Utas  DNA : rangkap
RNA : tunggal
4. RNA  kandungan A tidak perlu = U
G tidak perlu = C
5. RNA dapat dihidrolisa oleh alkali menjadi 2’,3’ siklik diester dari
mononukleotida.
Rangkaian ribonukleotida dalam molekul RNA bersifat melengkapi
rangkaian deoksiribonukleotida dalam satu utas untai pd molekul
DNA.

Untai yang ditranskripsikan ke dalam molekul RNA disebut untai

cetakan DNA ( template strand ). Untai DNA yang lain disebut
untai pengkode ( coding strand ). Dinamakan untai pengkode
karena sama dengan rangkaian transkrip primer yg mengkode
protein gen tsb, kecuali T diganti U.
Contoh :
Untai DNA : Kode  5’- TGG AAT TGT GAG CGG ATA –3’
Cetakan  3’- ACC TTA ACA CTC GCC TAT – 5’
Transkrip RNA : 5’- UGG AAU UGU GAG CGG AUA – 3’

RNA memiliki struktur sekunder dan tersier karena dapat terbentuk

pasangan basa di daerah dimana untai tersebut melengkung
terhadap dirinya sendiri. Pasangan basanya juga spt DNA, saling
melengkapi ( komplementer ) dan antiparalel.
 3 kelompok utama molekul RNA
1. Messenger RNA ( mRNA )
2. Transfer RNA ( tRNA )
3. Ribosomal RNA ( r RNA )

mRNA
- Ukuran dan stabilitas paling heterogen
- Fungsi sbg duta yg membawa info gen ke tempat pembuatan
protein
- Berutas tunggal
- mRNA eukariotik memiliki struktur cap di ujung 5’ (ujung tertutup).
Cap t.d. :guanosin trifosfat termetilasi yg melekat ke gugus hidroksil
5’ pada ribosa ujung 5’.Gugus hidroksil 2’ pada ribosa 1 dan 2
juga termetilasi.
- Ujung 3’ mRNA mengikat residu adenilat ( nukleotida adenosin )
yang panjangnya 20-250 nukleotida  disebut ekor poli (A)
 tRNA

Ukuran plg kecil dibanding mRNA dan rRNA

-

- Rata-rata mengandung 80 nukleotida, mpy

koefisien sedimentasi 4S
- Semua molekul tRNA dapat membentuk struktur
mirip daun semanggi
- Memiliki urutan CCA di ujung 3’, yaitu tempat
melekatnya AA yang dibawa tRNA
- Fungsi membawa AA ke ribosom utk bergabung
pd posisi sesuai urutan nukleotida mRNA
- 1 tRNA untuk 1 AA, shg dalam 1 sel minimal
memiliki 20 jenis molekul tRNA
 Struktur tRNA

B. Bentuk lipatan 3 dimensi

A. Bentuk daun semanggi
 rRNA

• - Ribosom : struktur nukleoprotein sitoplasma tmp

eo
berlgsgnya sintesis protein dr cetakan mRNA
• - Pd ribosom, mRNA & tRNA slg interaksi utk mentranslasi
ke dlm molekul spesifik
• - Ribosom sitoplasma pd eukariot mengandung 4 jenis
rRNA ( 18, 28, 5 dan 5,8S )
• - rRNA 18S bergab dg protein  ribosomal 40S
• - rRNA 28, 5 dan 5,8S bergab dg protein  ribosomal 60S
• - Subunit 40S & 60S bergab  ribosom 80S ( dlm
sitoplasma )
• - Ribosom mitokondria eukariot ( 55S ) lebih kecil dari
ribosom sitoplasma.
Ribosom
prokariotik

Ribosom
eukariotik
METABOLISME DNA

SINTESIS DAN REPLIKASI

Sintesis DNA  melalui
proses replikasi.
Msg-msg dr kedua untai DNA
induk berfungsi sbg
cetakan utk sintesis
sebuah untai yg bersifat
komplementer
bersifat semikonservatif,
yaitu msg-msg untai induk
berpasangan dg untai baru
membentuk 2 pasang
kromosom anak.
Sintesis DNA pada prokariot

Pembukaan rantai induk

Helikase membuka pilinan DNA
induk
Protein pengikat untai tunggal
 mencegah untai-untai
bergabung lagi &
melindunginya dr enzim
pemutus DNA untai tunggal
Topoisomerase  memutus
dan menyambung untai
DNA.
Topoisomerase utama pd
bakteri : DNA girase
 Kerja DNA Polimerase

- Mrp enzim yg mengkatalisis sintesis DNA

- E.coli mpy 3 DNA polimerase : Pol I, Pol II, Pol III.
Pol III adalah enzim replikatif.
- Kerjanya : menyalin untai cetakan DNA dlm arah 3’ ke 5’
menghsl untai baru dlm arah 5’ ke 3’
- Deoksiribonukleotida trifosfat sbg prekursor (substrat) utk
penambahan nukleotida ke rantai yg sdg tumbuh.
Nukleotida yg baru masuk :
- membtk pasangan basa dg nukleotida komplementer pd untai
cetakan.
- Membtk ikatan ester dg gugus 3’ hidroksil bebas di ujung rantai yg
sdg tumbuh.
- Pirofosfat dilepaskan + E utk mendorong polimerisasi
 Fungsi Primer RNA
DNA polimerase tdk dpt memulai sintesis untai baru.
Utk inisiasi diperlukan Primer RNA (oligonukleotida / RNA yg
pendek t.d 10-200 nukleotida ).
Primer disintesis oleh RNA polimerase (Primase) dlm arah 5’
ke 3’ yg menyalin untai cetakan DNA.

Sintesis DNA di Garpu Replikasi

Kedua untai induk disalin pd wkt yg sama dlm arah garpu
replikasi, sdg DNA polimerase menghsl rantai hanya dlm
arah 5’ ke 3’. Shg sintesis hrs berlangsung dr 5’ ke 3’
menuju garpu pd 1 untai dan dr 5’ ke 3’ menjauhi garpu
pd untai satunya.
OKAZAKI membuktikan :
Sintesis pd 1 untai ( untai pendahulu = leading strand ) secara
kontinu dlm arah 5’ ke 3’ menuju garpu.
Untai yg lain ( disebut untai tertinggal = lagging strand )
disintesis secara diskontinu dlm fragmen pendek.
Fragmen ini disbt fragmen Okazaki, dibtk dlm arah 5’ ke 3’
(menjauhi garpu), tp kmdn disatukan shg secara
keseluruhan sintesis berlangsung menuju garpu replikasi.
Pjg fragmen Okazaki pd E. coli : 1000-2000 nukleotida
Fungsi DNA Ligase :
Pol I mengeluarkan primer RNA, kmd mengisi celah yg kosong.
DNA ligase menyatukan 2 rantai polinukleotida gugus
3’hidroksil di ujung fragmen diligasi ke gugus fosfat di ujung
5’ fragmen berikutnya.
 Sintesis DNA pada Eukariot
Proses replikasi pd eukariot serupa dg pd prokariot, hy berbeda
pd jml DNA eukariotik >1000 x DNA E.coli & hub DNA dg
histon dlm nukleosom.
Siklus Sel Eukariotik
T.d 4 fase : G1, S, dan G2 menghabiskan sebag bsr wkt, aktifitas
metabolik normal. Fase M sgt singkat.
G1 (fase gap/celah I) : persiapan utk duplikasi kromosom
S : DNA bereplikasi, garpu replikasi majunukleosom terurai,
sintesis histon & protein lain >>, duplikasi kromosom,
nukleosom terbtk cepat di blkg garpu.
G2 ( fase gap II) : persiapan membelah, sintesis tubulin
M : mitosis
Titik Awal Replikasi

Kromosom eukariot
mpy banyak titik
awal replikasi (point
of origin)
Di titik awal muncul
gelembung
sintesis dlm 2
arah cepat
selesai.
Fase S selesai dlm 10-
14 jam
 DNA Polimerase Eukariotik

Ada 5 DNA polimerase pd eukariotik : α, β, γ, δ, ε.

Pol α & δ  enzim primer dlm replikasi
Pol α  menghsl untai yg tertinggal (diskontinu)
memiliki aktifitas primase (primer RNA
 Frag.Okazaki)
Pol δ  menghsl untai pendahulu yg kontinu
mpy helikase (m’buka pilinan DNA induk)
F.O eukariotik lebih pendek ( ± 200 nukleotida )
Pol α, β, ε  berperan dlm perbaikan DNA
Pol γ  dlm mitokondria ( replikasi DNA
mitokondria )
 Degradasi dan Reparasi DNA

Spesies agar bisa hidup terus  harus bisa memperbaiki

kerusakan DNA yg disebabkan kesalahan replikasi dan
gangguan sekitar. Ketepatan replikasi terletak pada
pasangan spesifik basa nukleotida.
Jenis-jenis kerusakan DNA :
I. Pengubahan basa tunggal
a. Depurinasi
b. Deaminasi sitosin menjadi urasil
c. Deaminasi adenin menjadi hipoxantin
d. Alkilasi basa
e. Insersi / delesi nukleotida
f. Penyatuan analog basa
II. Pengubahan dua basa :
a. Dimer timin yg diinduksi oleh sinar UV
b. Pertalian silang zat alkilasi bifungsional
III. Pemutusan rantai :
a. Radiasi pengion (mis. Sinar X)
b. Disintegrasi radioaktif unsur tulang punggung
IV. Pertalian silang :
a. Antar basa dlm untai yg sama atau berlawanan
b. Antara DNA dg molekul protein (misal Histon)
.
Mutagen : agen yg merusak DNA shg tjd mutasi
dan merusak sel.
Karsinogen : mutagen yg menyebabkan sel
normal mjd sel kanker.
Kerusakan DNA dpt disebabkan radiasi/zat
kimia.
Mekanisme Reparasi
1. Pembelahan langsung dimer timin oleh enzim
fotoreaktif ( photoliase ) yg memutus ikatan antara
basa-basa dg E dr sinar UV.
2. Nukleotida tidak dikeluarkan dari DNA yg rusak.
Pembuangan basa yang berubah  memerlukan
insisi, eksisi, perbaikan replikasi dan ligasi.
3. DNA yang rusak direplikasi  perbaikan sesudah
replikasi.
Penyakit karena kelainan kemampuan reparasi
DNA a.l :
- Xeroderma pigmentosum : sgt sensitif thd SM/UV
kanker kulit multipel kematian dini. Autosomal
resesif.
- Ataksia teleangiektasia : ataksia serebral, neoplasma
limforetikuler, autosomal resesif.
- Anemia Fanconi : peningkataan frekuensi kanker,
ketidakstabilan kromosom, autosomal resesif
 METABOLISME RNA

SINTESIS RNA
Sintesis RNA dari model pembentuk DNA
Rangkaian mol RNA merupakan komplemen dari
utas sense DNA tetapi T diganti U
Yang berperan dalam Sintesis RNA
-E : RNA polimerase
-σ : faktor sigma :faktor protein yang spesifik
-ρ : faktor RHO :faktor pengakhiran
 PENGOLAHAN MOLEKUL RNA

Sebagian besar mol RNA yang ditranskripsi mengalami

modifikasi dan pengolahan sebelum berfungsi pada
sintesis protein.
Pengolahan terjadi dalam inti dan setelah transportasi
dari inti ke sitoplasma.
Pengolahan meliputi :
- -reaksi nukleolitik
- -ligasi
- -penambahan terminal pada nukleotida
- -modifikasi nukleosida
 •Hn RNA
Merupakan pra zat mRNA.
Mrp RNA nukleus, mpy ukuran sgt heterogen dan
cukup besar  disbt heterogenous nuclear
RNA
Mengandung ekor poli A pada terminal 3’ dan
diikatkan dalam inti
Banyak mol mRNA tidak mengandung ekor poli A
 •mRNA
Tidak semua mRNA mamalia mempunyai struktur
penutup pada terminal 5’ dan ekor poli A pada
terminal 3’
Struktur penutup dibentuk dalam inti sebelum transpor
ke sitoplasma.
Ekor poli A ditambah dalam inti atau dalam sitoplasma.
Fungsi struktur penutup diduga membantu mengenal
tempat yang cocok pada model pembentuk mRNA
untuk mulai sintesis protein.
 •tRNA
Molekul tRNA ditranskripsi  mengalami pengolahan
nukleolitik oleh ribonuklease.
Modifikasi molekul tRNA
- Metilasi nukleosida
- Penyusunan kembali untuk fungsi normal
- Pelipatan yang cocok untuk menghasilkan sifat
berutas rangkap parsial
- Pengikatan terminal CCA yang khas pada ujung 3’
 •r RNA
Dalam sel mamalia 2 mol r RNA besar dan satu mol r
RNA kecil ditranskripsi dari 1 mol pra zat besar.
Pra zat diolah dalam nukleolus untuk menyediakan
ribosom untuk sitoplasma. Gen r RNA mamalia
terletak dalam nukleoli.
Gen rRNA ditranskripsi sebagai unit- unit yang
mengandung suatu RNA ribosom : 18S, 5S, 5,8S dan
28S.
 Inhibitor sintesis DNA dan RNA

Banyak antibiotik dan analog nukleotida

menghambat sintesis DNA dan RNA.
Dipakai secara eksperimen dan klinis untuk
pengobatan penyakit-penyakit ganas.
 NUKLEASE

Mrp enzim yg mampu mendegradasi asam nukleat,

t.d :
- Deoksiribonuklease : degradasi DNA-
- Ribonuklease : degradasi RNA
- Endonuklease : membelah ikatan fosfodiester shg
menghsl terminal 3’ hidroksil dan 5’ fosforil atau 5’
hidroksil dan 3’ fosforil.
- Eksonuklease : nuklease yg mampu menghidrolisa
nukleotida hanya bila tdp pd terminal molekul
 HUBUNGAN DNA, RNA & PROTEIN

Fungsi genetik DNA ada 2 :

1. Replikasi diri shg informasi dlm struktur primer dpt
diteruskan secara benar kepada sel anaknya.
2. Informasi harus diekspresikan  melalui RNA yg
bertindak sbg cetakan untuk sintesis protein.
Transkripsi : pemindahan informasi menggunakan
bahasa 4 aksara asam nukleat (A,T,G,C). Satu utas
DNA sbg cetakan sintesis RNA (komplementer) 
mRNA
Translasi : menterjemahkan bahasa 4 aksara asam
nukleat ke dlm bahasa 20 aksara asam amino yg
menyusun protein.
Translasi selalu satu arah
Mutasi : perubahan / modifikasi pada urutan DNA shg
protein yg dihasilkan tidak/kurang berfungsi.
Transisi : penggantian purin dengan purin lain atau
pirimidin dengan pirimidin lain.
Transversi : perubahan dari purin ke pirimidin atau
sebaliknya.
terimakasih