Materi kimia organik untuk

kedokteran
 atom dan molekul suatu tinjauan ulang
 orbital dan peranannya dalam ikatan kovalen
 Hidrokarbon
 Alkohol-eter
 Alkil halida
 Aldehida dan keton
 Asam karboksilat dan turunannya
 Halida asam
 Anhidrida asam
 Ester
 Amida
 nitril
 Senyawa aromatik
 Karbohidrat, protein
 Nama : Nurhairi (nurkhoiri)
 Isteri 1
 Anak 4
 Perum dosen uncen kalicai, 131
 2000
 Orgnanik  kimia komputasi
 NA = {(Tx1) + (UTSx2) + (UASx3) +
(Px2)} / 8
 Terlambat, masuk saja tidak usah
ketok2 pintu
 UTS / UAS, ijin terlebih dahulu jika tidak
mengikutinya
Suatu Tinjauan Ulang

ATOM DAN MOLEKUL

Definisi Kimia Organik

 Dulu : “turunan dari organisme hidup”

 Sekarang : “kimia mengenai senyawa
karbon”
 Dari anorganik ke organik, Wöhler, 1828
O
+ - heat
NH4 OCN H2N C NH2
urea

Memanaskan amanium sianat ((NH4)2SO4 pada KCNO3  NH4CNO + K2SO4

NH4CNO (dengan pemanasan)  Urea (NH2)2-C=O
Bagaimana elektron tersusun dalam
atom
 Unsur yang paling penting bagi ahli kimia organik adalah
C, H, O, N.
 Keempat atom ini ada pada periode I (H) dan periode II
(CHO) dalam susunan berkala dan elektronnya terdapat
pada 2 kulit elektron yang terdekat dengan inti.
 Sehingga, pembahasan mengenai struktur elektron dari
atom akan dipusatkan terutama pada unsur-unsur
dengan elektron yang hanya ada dalam 2 kulit elektron
ini
 Atom; terdiri dari inti (p,n) dan
elektron
 inti kecil padat (dikelilingi e, e
bermuatan (–))
 Inti merupakan sebagian besar massa
atom
○ Proton (+),
A
X
○ Neutron (netral)
 No atom =  p (= e dlm atom netral)
 Bobot atom = bobot p+n. (bobot e
diabaikan karena ringannya)
 Elektron, pada atom netral : e = p
 Elektron terpusat di kawasan tertentu di
Z
ruang sekitar inti yang dinamakan orbital
Struktur Atom

 protons, neutrons, and electrons

 isotopes

12 14
6 C 6 C

=>
Atom dan ikatan
ATOM Inti (proton dan netron)

daerah di sekitar inti

yang diisi oleh elektron yang bergerak
mengelilingi inti

Ada teori kuantum  untuk menggambarkan

posisi yang memungkinkan dari elektron
Dst..

10
Orbital atom

2s orbital (spherical)
=>
2p orbital

Chapter 1 11
 Konfigurasi elektronik

• Prinsip Aufbau (pengisian

tingkat energi terendah)
• Aturan Hund (jika dua atau  
lebih orbital kosong yang
sama energinya, pengisian
dilakukan dengan satu
elektron masing-masing 
dulu)
• Larangan Pauli : elektron
tidak berpasangan sebelum
masing-masing orbitak 
terisi penuh
• hanya dua elektron pada tiap
pengisian orbital,
• mempunyaispin yang
berlawanan)
Konfigurasi elektronik unsur2 pada
periode I dan II
Konfigurasi elektron dari unsur

Atom Konfigurasi elektron Lewis Symbol

C [He]2s22p2 C

N [He]2s22p3 N

O [He]2s22p4 O

F [He]2s22p5 F

Cl [Ne]2s22p5 Cl

14
Pembentukan ikatan
 Ikatan ion perpindahan elektron dari 1 atom ke
atom lainnya
 Ikatan kovalen : penggunaan bersama-sama
sepasang elektron oleh 2 atom
ORBITAL ATOM  ORBITAL MOLEKUL
contoh

H—H
C = 2.1 2.1
DC = 0  equal sharing of electrons
Cl—Cl = nonpolar covalent bond
C = 3.0 3.0
nonmetal
+
d+ d– nonmetal
H—Cl DC = 0.9  unequal sharing of electrons
C = 2.1 3.0 = polar covalent bond

Na+Cl– DC = 2.1  transfer of electrons

C = 0.9 3.0 = ionic bond metal
+
nonmetal

generally: when DC < 1.9  covalent

> 1.9  ionic
16
Teori G.N Lewis dan W. Kossel
(1916), p7-9
 Atom memindahkan atau membuat
pasangan elektron untuk mencapai
konfigurasi elektron gas mulia.
 Konfigurasi ini biasanya adalah 8 e dalam
kulit terluarnya, sesuai dengan konfigurasi
elektron dari gas mulia  teori oktet
Lewis Structures

 Bonding electrons
 Nonbonding electrons or lone pairs

H
H
H C O
H

Satisfy the octet rule!

Multiple Bonding

=>

Chapter 1 20
So …

 Ikatan tunggal : penggunaan bersama

sepasang elektron antara dua atom
 Ikatan rangkap : penggunaan bersama dua
pasang elektron antara dua atom
 Ikatan rangkap tiga : penggunaan bersama
tiga pasang elektron antara dua atom
Banyaknya ikatan Kovalen

 Banyaknya ikatan kovalen yang dibentuk oleh

sebuah atom tergantung pada banyaknya
elektron tambahan yang diperlukan agar atom
itu mencapai suatu konfigurasi gas mulia
. H
.C.
. + 4H.  ¨
H:C:H
Membtk 4 Membtk 1 ¨
H
ikatan kovalen ikatan kovalen

Catatan :
C memerlukan 4e untuk digunakan bersama agar dicapai konfigurasi elektron (dari) Ne C
membentuk 4 ikatan kovalen
H memerlukan 1e untuk mencapai konfigurasi elektronik (dari) helium  H membentuk 1
ikatan kovalen
Banyaknya ikatan kovalen yang biasanya dibentuk oleh
beberapa unsur yang khas terdapat dalam senyawa organik

Unsur Banyaknya ikatan Nomor grup

kovalen dalam SPU
H 1 IA
C 4 IVA
N 3* VA
O 2 VIA
Cl 1 VIIA
I 1 VIIA
Br 1 VIIA
*dalam beberapa kasus N dapat membentuk 4 ikatan kovalen, seperti dalam
NH4+
Langkah menuliskan rumus
Lewis
 Tentukan jumlah elektron valensi setiap
atom: H=1, O=6, C=4
 Gambarkan kerangka molekul dengan
mengingat bahwa: H dapat membentuk 1
ikatan kovalen, O =2, C =4
 Distribusikan elektron valensi sedemikian
rupa sehingga setiap H mempunyai 2
elektron dan setiap atom lainnya mempunyai
oktet
Langkah menuliskan rumus
Lewis
 Hitung semua elektron valensi;
 tambahkan satu untuk setiap muatan negatif
 kurangi satu untuk setiap muatan positif
 Gambar ikatan tunggal antara atom-atom (hubungan antara atom-
atom ditentukan secara eksperimen dan diberikan untuk tiap soal)
 Dengan menggunakan sisa elektroon valensi, buat oktet untuk setiap
atom (kecuali H), atas dasar turunnya elektronegativitas
 Jika atom tak oktet, gunakan pasangan elektron sunyi/bebas pada atom
yang bersebelahan untuk membentuk ikatan rangkap dua atau rangkap
tiga untuk menyempurnakan oktet
 Tentukan muatan formal
 Struktur Lewis yang lebih baik adalah yang mempunyai :
 sedikit muatan formal
 lebih banyak oktet
 dengan muatan negatif pada atom yang lebih elektronegatif dan vice versa
latihan

 Tuliskan rumus Lewis untuk

 H2O
 C2H6
 C3H8
 C2H6O
Gambarkan struktur Lewis
untuk senyawa berikut:
 CCl4
 CH2O
 C2H2
 CH3OH
 CH3CHCH2
 HCN

27
Jawaban :

Cl
Cl C Cl O
Cl H C H H C C H

CCl4 CH2O C 2H 2

H
H H H
H C O H H C C C H H C N
H H
CH3OH CH3CHCH2 HCN

28
Muatan formal

 = muatan elektrostatik pada unsur-unsur

yang membentuk ikatan dalam strukturnya
 Misalnya pada HNO3 : ada O = 0 & -1 , N=+1’

MF = (eV pd atom netral) -

1/2(e terbagi) – (eV
menyendiri)
 Muatan formal
H
H O H

O: 6 - 5 = +1
banyak elektorn valensi O = 6
½ (banyaknya elektron yang dibagi untuk O) = 3
Banyaknya elektron yang tidak dibagi untuk O = 2
Muatan formal untuk O = 6 – 3 – 2 = +1
Latihan:

 Hitung muatan formal C,  H3O+

N, dan O dalam rumus  CH3O–
berikut ini, dan tentukan
 CH3+
apakah masing-masing
merupakan molekul  CO
netral atau ion  N3–
 CH3NH2
 CH3NH3
 CO
 HNO2
 CH2N2
 CH3OSO3H
Jawaban
H H
H C O H C
H H
C: 4 - 4 = 0 C: 4 - 3 = +1
O: 6 - 7 = -1

1 2 3 1 2 3
C O N N N N N N
or
C: 4 - 5 = -1 N1: 5 - 5 = 0 N1: 5 - 6 = -1
O: 6 - 5 = +1 N2: 5 - 4 = +1 N2: 5 - 4 = +1
N3: 5 - 7 = -2 N3: 5 - 6 = -1

32
 Rumus empirik
 Rumus molekul
 Rumus struktur
Rumus kimia dalam kimia
organik
 Rumus empirik : menggambarkan jenis
atom dan perbandingan numeriknya
dalam suatu molekul  (CH2)n
 Rumus molekul : menggambarkan
jumlah atom nyata dalam molekul, dan
bukan perbandingannya saja  C2H6
 Rumus struktur : menunjukkan struktur
dari molekul – yaitu, muatan dari kaitan
atom-atomnya
Rumus struktur
 Rumus Lewis : salah satu jenis rumus
struktur
 Rumus ikatan valensi = rumus ikatan-
garis = rumus struktur lengkap
 Rumus struktur termampatkan
 Rumus poligon (untuk senyawa siklik)
Rumus kimia dalam kimia
organik
Rumus struktur lengkap rumus struktur termampatkan bond-line formula

H H H H H
H C C C C C H CH3CH2CH2CH2CH3
H H H H H

H H OH H CH3CH2CHCH3
H C C C C H OH
OH
H H H H CH3CH2CH(OH)CH3
O
H O H
CH3CCH3 O
H C C C H
CH3COCH3
H H
(CH3)2CO
36
Contoh lain rumus kimia
H O
 Rumus struktur H C C O H
lengkap (lone pairs tdk
ditunjukkan) H
O
 Rumus ikatan-sudut
OH

 Rumus struktur CH3COOH

termampatkan
C2H4O2
 Rumus molekul
 Rumus empirik
CH2O
Senyawa siklik dan rumus
poligon
H2
 Atom-atom karbon C
atau
dapat juga dirangkai
dan membentuk H2C CH2
lingkar atau H2
senyawa siklik C
H2C CH2
 Struktur siklik atau
dinyatakan sebagai H2C CH2
C
rumus poligon (segi H2
banyak)

38
#1: PANJANG IKATAN DAN SUDUT
IKATAN
 Panjang ikatan : jarak yang memisahkan inti dari
2 atom yang terikat kovalen (eksperimen : 0,74–2
Å)
 sudut ikatan = bila ada lebih dari dua atom
dalam molekul, ikatan membentuk sudut
(bervariasi dari kira2 60-180o)
panjang ikatan , 1,008A
panjang ikatan , 0,96 A
ikatan ke belakang
O H ada di belakang bidang
N
H H
H H
H

sudut ikatan, 107,3o

sudut ikatan, 104,5o
ikatan ke muka/ke depan
H ada di dekat pengamat
#2: Energi disosiasi ikatan (DH,
kkal/mol)
= perubahan entalpi DH (perubahan kadar kalor
atau energi)
= energi yang diperlukan untuk
pemaksapisahan/pemutusan ikatan 1 atom
dari molekulnya
Energi disosiasi ikatan,
Pemutusan ikatan kovalen
Pemutusan ikatan kovalen dapat terjadi
dengan dua cara:
 Pemaksapisahan heterolitik (heterolytic
cleavage), (yunani, hetero, “berbeda) 
sepasang ion
 Pemaksapisahan homolitik (yunani, homo,
“sama”)  radikal bebas
Energi disosiasi ikatan,
Pemutusan ikatan kovalen
1. Homolitik

H H H + H

H Cl H + Cl

Elektron ikatan dibagi antara dua atom yang terikat radikal

2. Heterolitik

H H H + H

H Cl H + Cl

Elektron ikatan dipindahkan ke salah satu atom ion

Energi dissosiasi ikatan

CH3-H  CH3 + H DH = 104 kkal/mol

 Maksudnya, untuk pemaksapisahan satu
atom H dari setiap atom C dalam 1 mol CH4
memerlukan 104 kkal (=energi dissosiasi
ikatan H3CH
 Energi Disosiasi ikatan
(kkal/mol)
Macam Ikatan Ikatan C-H Ikatan C-X* Ikatan C-C
H-H 104 CH3-H 104 CH3-Cl 83,5 CH3-CH3 88
N≡N 226 CH3CH2-H 98 CH3CH2-Cl 81,5 CH2=CH2 163
F-F 37 (CH3)2CH-H 94,5 (CH3)2CH-Cl 81 CH≡CH 230
Cl-Cl 58 (CH3)3-H 91 (CH3)3-Cl 78,5
Br-Br 46 CH2=CH-H 108 CH2=CH-Cl 84
I-I 36
H-F 135
H-Cl 103 CH3-Br 70
H-Br 87 CH3CH2-Br 68
H-I 71 (CH3)2CH-Br 68
HO-OH 35 (CH3)3-Br 67
X* = haloge
Reaksi eksotermm atau
endoterm
∆H (kkal/mol)
Cl-Cl + 58 kkal/mol Cl. + Cl. +55
H3C-H + 104 kkal/mol  H3C. + H. +104
H3C. + Cl.  H3C-Cl + 83,5 kkal/mol -83,5
H. + Cl.  H-Cl + 103 kkal/mol -103
_______________________________________
Reaksi netto
Cl2 + CH4  CH3Cl + HCl + 24,5 net ∆H = -24,5
 Momen ikatan : Suatu ukuran kepolaran ikatan
 Momen Dipol : Jumlah vektor dari momen ikatan dalam molekul

MOMEN IKATAN DAN MOMEN

DIPOL
Ikatan kovalen polar
H—H
C = 2.1 2.1
DC = 0  equal sharing of electrons
Cl—Cl = nonpolar covalent bond
C = 3.0 3.0
nonmetal
+
d+ d– nonmetal
H—Cl DC = 0.9  unequal sharing of electrons
C = 2.1 3.0 = polar covalent bond

generally: when DC < 1.9  covalent

48
Elektronegatifitas dan
polaritas ikatan
 semakin tinggi DEN = ikatan makin polar
Polaritas Ikatan kovalen

 Ikatan kovalen non polar :

 ik dalam mana kedua atom menerapkan tarikan
yang sama atau hampir sama terhadap elektron
ikatan.
 Mis H-H, NN, CH4
 Ikatan kovalen polar :
 suatu ikatan dengan distribusi rapat elektron yang
tdk merata, akibat 1 atom memp
keelektronegatifan yang substansial lebih besar
daripada yang lain
 H2O, HCl, CH3OH, H2C=O
Polaritas Ikatan kovalen
 Faktor lain yang menentukan derajat kepolaran suatu
ikatan adalah polarizabilitas atom-atom (kemampuan awan
elektron untuk didistorsi (diuabah bentuknya) sehingga
mengimbas kepolaran …
 Misalnya C-I, dapat bertindak seolah2 polar meskipun
selisih keelktronagatifan antara C (2,5) dan I (2,7) dapat
diabaikan
 Distribusi elektron pada molekul polar dilambangkan oleh
muatan parsial, d+ (positip parsial) dan d- (parsial negatif).
Bisa dilambangkan dengan +
H  Cl H  Cl
d+ d- 

H-H CH3-O-CH3 H-O-H H-Cl Na+-Cl-

Bertambahnya karakter ion dari ikatan
Momen ikatan

 Suatu ukuran kepolaran ikatan

 dapat dihitung dari nilai gaya yang dialami
oleh gaya tersebut (ikatan yang lebih polar
mengalami gaya lebih besar daripada ikatan
yang kurang polar)
D= e x d
 D, Debye
 e = muatan, satuan elektrostatik
 d = jarak antar atom, dalam Å
Momen ikatan untuk beberapa ikatan
kovalen
Ikatan* Momen Ikatan* Momen
ikatan ikatan
H-C 0,4 C-Cl 1,46
H-N 1,31 C-Br 1,38
H-O 1,51 C-I 1,19
C-N 0,22 C=O 2,3
C-O 0,74 C≡N 3,5
C-F 1,41
*Dalam setiap hal, atom yang lebih positif terdapat disebelah kiri
Momen dipol, µ

 Jumlah vektor dari momen ikatan dalam molekul

 µ adalah ukuran kepolaran molekul secara
keseluruhan (besaran vektor), krn adisi vektor
menyangkut arah maupun besarnya muatan ikatan
 Mis. CCl4 µ=0 (meskipun tiap ikatan C-Cl momen
ikatannya = 1,46D. Namun karena molekul CCl4
simetrik sekeliling atom pusat; akibatnya momen
ikatan saling meniadakan dan hasilnya jumlah
vektor nol
 H2O µ = 1,48 D; karena molekul air tidak simetrik
sekeliling oksigen, maka momen ikatannya tidak
saling meniadakan, dan air punya momen dipol
netto
Momen dipol beberapa senyawa

Senyawa Momen Senyawa Momen

dipol, D dipo, D
H2O 1,84 CH3OCH3 1,3
NH3 1,46 CH3CHO 2,7
CH3Cl 1,86 CH3C(=O)CH3 2,8
CCl4 0
CO2 0
Molekul polar dan non polar
Tarikan antar molekul

 Antaraksi dipol-dipol
 Ikatan hidrogen
Tarikan antar molekul, Antaraksi
dipol-dipol
 Molekul non polar salng ditarik oleh antaraksi
dipol2 yang lemah disebut gaya london.
 Antaraksi secara kolektif disebut gaya van
der Waals
 Jari-jari van der Waals = jarak dimana gaya
van der waals terbesar
Pengaruh
ikatan van
der waals
Ikatan Hidrogen

 Ikatan yang terjadi antara atom Hd+ yang

terikat pada atom yang elektronegatif (N,
O, F) dengan pasangan elektron
sunyi/bebas dari atom elektronegatif
H

H O H O
H
ikatan hidrogen
H Bonds
?

 Dapatkah senyawa yang mengandung

karbon dan hidrogen mengalami ikatan
hidrogen?
Pengaruh ikatan hidrogen

 Titik didih
 Kelarutan
 Bentuk biomolekul besar
 Boiling Points and
Intermolecular Forces
CH3 CH2 OH CH3 O CH3
ethanol, b.p. = 78°C dimethyl ether, b.p. = -25°C

H3C N CH3 CH3CH2 N CH3 CH3CH2CH2 N H

CH3 H H
trimethylamine, b.p. 3.5°C ethylmethylamine, b.p. 37°C propylamine, b.p. 49°C

CH3 CH2 OH CH3 CH2 NH2

ethanol, b.p. = 78°C ethyl amine, b.p. 17°C
Tunjukkan adanya ikatan hidrogen
pada senyawa-senyawa berikut:
 CH3CH2CH2OH

 CH3OCH3

 Larutan CH3OH dalam H2O

 Larutan CH3OCH3 dalam H2O

68
Asam basa

BRØNSTED-
LOWRY

ARRHENIUS LEWIS

TEORI
ASAM
BASA
Arrhenius Acids and Bases

 Acids dissociate in water to give H3O+ ions.

 Bases dissociate in water to give OH- ions.
 Kw = [H3O+ ][OH- ] = 1.0 x 10-14 at 24°C
 pH = -log [H3O+ ]
 Strong acids and bases are 100% dissociated.
+ -
HCl + H2O H3O + Cl
1M 1M
=>
Chapter 1 70
BrØnsted-Lowry Acids and
Bases
 Acids can donate a proton.
 Bases can accept a proton.
 Conjugate acid-base pairs.

O O
- +
CH3 C OH + CH3 NH2 CH3 C O + CH3 NH3
acid base conjugate conjugate
base acid

=>
Chapter 1 71
Acid and Base Strength

 Acid dissociation constant, Ka

 Base dissociation constant, Kb
 For conjugate pairs, (Ka)(Kb) = Kw
 Spontaneous acid-base reactions proceed
from stronger to weaker.
O O
- +
CH3 C OH + CH3 NH2 CH3 C O + CH3 NH3

pKa 4.74 pKb 3.36 pKb 9.26 pKa 10.64

=>
Chapter 1 72
Determining Relative Acidity

 Electronegativity
 Size
 Resonance stabilization of conjugate base

Chapter 1 73
Electronegativity
As the bond to H becomes more polarized, H
becomes more positive and the bond is easier
to break.

=>

Chapter 1 74
 Size
 As size increases, the H is more loosely held
and the bond is easier to break.
 A larger size also stabilizes the anion.

=>

Chapter 1 75
 Resonance

 Delocalization of the negative charge on the

conjugate base will stabilize the anion, so the
substance is a stronger acid.
 More resonance structures usually mean greater
stabilization.

O O
CH3CH2OH < CH3C OH < CH3 S OH
O
=>
Chapter 1 76
Lewis Acids and Bases
 Acids accept electron pairs = electrophile
 Bases donate electron pairs = nucleophile
_ +
CH2 CH2 + BF3 BF3 CH2 CH2
nucleophile electrophile

=>

Chapter 1 77
PERSAMAAN UMUM REAKSI ASAM BASA:
Ka
H A H + A

KEASAMAN
 Semakin stabil basa konyugasi A-, maka
semaki disukai bergesernya kesetimbangan
 ke arah produk, sehingga makin banyak H+
dalam larutan, sehingga semakin kuat
 H-A sebagai asam
 Harus dicari faktor penstabil basa konyugasi A-,
untuk menentukan keasaman
YANG MEMPENGARUHI KESTABILAN BASA
KONYUGASI A- YAITU:
 Keelektronegatifan : HF>H2O>NH3>CH4
dalam satu perioda, semakin elektronegatif anion atom
dalam basa konyugasi, semakin mudah menerima
muatan negatif
 Ukuran: HI>HBr>HCl>HF
Dalam satu golongan, semakin besar ukuran atom,
semakin lemah ikatan H-X, sehingga makin mudah
membentuk muatan negatif (kerapatan elektron/muatan
rendah)
 Resonansi: RCO2H>ROH
Dalam ion karboksilat RCOO-, muatan negatif
terdelokalisasi dlm dua atom elektronegatif sehingga
makin stabil daripada dalam alkoksida (RO-)

79
Kebasaan

 Salah satu cara termudah untuk

melihat kebasaan adalah berdasarkan
keberadaan pasangan Elektron bebas.
 Semakin banyak elektron, semakin
mudah mendonorkan elektronnya
untuk membentuk Ikatan baru dengan
proton, sehingga merupakan basa kuat
KUNCI YANG MEMPENGARUHI KEBERADAAN
PASANGAN ELEKTRON DALAM SUATU BASA, B-

 Keelektronegatifan, CH3- > NH2- > HO- > F-

Dlm satu perioda, semakin elektronegatif suatu atom
yang mendonorkan elektron, semakin berkurang
kecenderungan untuk `sharing` elektron dengan proton.
Semakin lemah basanya
 Ukuran : F- > Cl- > Br- > I-
Dalam satu golongan, semakin besar atom, semakin
lemah ikatan H-X dan makin kecil kerapatan elektronnya,
semakin lemah basanya
 Resonansi: RO- > RCO2-
Dalam ion karboksilat, muatan elektron terdelokalisasi
dalam dua atom elektronegatif shingga elektron-
elektron yang yang dimilikinya kurang kecenderungan
untuk diserahkan/`sharing dengan yang lain, sehingga
merupakan basa yang lebih lemah dari ion alkoksida
81