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Simulacin en Computadora
Prof. Ramn Garduo Jurez
Modelado Molecular
Diseo de Frmacos
Simulacin por computadora:
Mtodos
Una simulacin genera configuraciones representativas del sistema
de tal forma que valores precisos de propiedades estructurales y
termodinmicas se pueden obtener con un tiempo razonable de
cmputo.
Las tcnicas de simulacin tambin permiten el comportamiento
tiempo-dependiente de los sistemas atmicos y moleculares a ser
determinados, proveyendo una imagen detallada de la forma en la
cual el sistema cambia de una conformacin a la otra.
Las simulaciones son ampliamente usadas como parte integral de
los procedimientos experimentales para estudiar la estructura y
dinmica biomolecular, tales como la cristalografa de Rayos-X.
Los dos mtodos ms populares son: la Dinmica Molecular y el
Monte Carlo
Promedios en tiempo y promedios en
conjunto
0
)) ( ), ( (
1
lim
t
N N
ave
dt t r t p A A
Promedios en tiempo y promedios en
conjunto
Para nmeros microscpicos de tomos o molculas (del orden de 10
23
,
el
nmero de Avogadro es 6.02214199 10
23
) no es posible determinar una
configuracin inicial del sistema, y luego intentar integrar ka ecuacin
de movimiento que describe su evolucin temporal.
Boltzmann y Gibbs desarrollaron la mecnica estadstica, en la cual un
sistema que se desenvuelve es reemplazado simultneamente por un
gran nmero de replicas del mismo sistema que estamos considerando.
El promedio en tiempo es reemplazado por un promedio en conjunto:
) , ( ) , (
N N N N N N
r p r p A dr dp A
Promedios en tiempo y promedios en
conjunto
De acuerdo con la hiptesis ergdica, la cual es uno de los axiomas
fundamentales de la mecnica estadstica, el promedio del conjunto es equivalente
al promedio en el tiempo.
En fsica y termodinmica, la hiptesis ergdica dice que, sobre largos periodos de tiempo, el tiempo
que se pasa en alguna regin del espacio fase de microestados con la misma energa es proporcional al
volumen de esta regin, i.e., que todos microestados accesibles son igualmente probables sobre largos
periodos de tiempo.
De manera equivalente, sta dice que el promedio en tiempo y el promedio sobre el conjunto estadstico
son los mismos.
http://en.wikipedia.org/wiki/Ergodic_hypothesis
Bajo condiciones de nmero constante de partculas, volumen y temperatura, la
densidad de probabilidad est dada por la distribucin general de Boltzmann :
]
]
]
T k
r p H
dr dp
h N
Z
Z T k r p E r p
B
N N
N N
N
NVT
B
N N N N
, (
exp
1
!
1
/ ) / ) , ( exp( ) (
3
DM es un mtodo determinstico.
En cada paso, las fuerzas sobre los tomos se calculan y combinan con las
posiciones y velocidades actuales para generar nuevas posiciones y
velocidades a plazos inmediatos. La fuerza que acta sobre cada tomo se
supone que es constante durante todo el intervalo de tiempo. Los tomos luego
se mueven a sus nuevas posiciones, se actualiza el conjunto de fuerzas y un
nuevo ciclo de DM comienza.
Los promedios termodinmicos se obtienen de la dinmica molecular como
promedios en el tiempo usando una integracin numrica:
M
i
N N
r p A
M
A
1
) , (
1
M es el nmero de pasos de tiempo
Los elementos bsicos del mtodo de Metropolis Monte
Carlo
En una simulacin de Monte Carlo, cada configuracin depende solamente de
su predecesor y no de cualquier otra configuracin previamente visitada
(comportamiento analizado por la teora de las cadenas de Markov).
El mtodo de Monte Carlo genera configuraciones azarosas y usar un conjunto
especial de criterios para decidir si la nueva configuracin va ser aceptada o no.
El criterio est basado en la suposicin que las configuraciones estn
distribuidas de acuerdo a la energa. Las distribuciones de la energa sigue en el
factor Boltzmann exp{-V(r
N
)/k
B
T}. Esto significa que las configuraciones
colmaron energa son aceptadas debido a que tienen la ms alta probabilidad de
aparecer en el mundo real.
M
i
N
r A
M
A
1
) (
1
Comparacin entre el Monte Carlo y la Dinmica
Molecular
Energa
Capacidad calorfica
Presin
Temperatura
M
i
i
E
M
E U
1
1
Capacidad Calorfica
La capacidad calorfica se define formalmente como la derivada parcial de la energa interna
con respecto a la temperatura:
V
V
T
U
C
,
`
.
|
i i
p x W
+
+
N
i
N
i j
B
ij
ij
ij
T Nk
dr
r dv
r PV W
1 1
3
) (
3
ij ij
dr r dv / ) (
]
]
]
+
N
i
N
i j
ij ij B
f r T Nk
V
P
1 1
3
1 1
Calculo de propiedades termodinmicas simples
Temperatura
En un conjunto cannico la temperatura total es constante. En el conjunto microcannico, la
temperatura flucta. La temperatura est directamente relacionada a la energa cintica del
sistema como sigue:
N
i
C
B
i
i
N N
T k
m
p
K
1
2
) 3 (
2 2
De acuerdo al teorema de la equiparticin la energa de cada grado de libertad contribuye
con k
B
T/2. Si existen N partculas, cada una con tres grados de libertad, Lola energa
cintica deber ser igual a 3Nk
B
T/2.
El teorema de equiparticinn es un principio de la mecnica estadstica clsica (no-cuntica)
establece que la energa interna de un sistema compuesto por un gran nmero de partculas en
equilibrio trmico se distribuir asimismo de manera equitativa sobre cada uno de los grados
cuadrticos de libertad permitidos para las partculas del sistema.
Por ejemplo, en termodinmica, the teorema de equiparticin dice que la energa interna
promedio asociada con cada grado de libertad de un gas ideal mono atmico es la misma.
http://en.wikipedia.org/wiki/Equipartition_theorem
Calculo de propiedades termodinmicas simples
Funciones de Distribucin Radial
Las funciones de distribucin radial se usan para describir la estructura de un
sistema, en particular de lquidos. Si se considera una coraza esfrica de grosor r
a una distancia r de un tomo elegido, el volumen de esta coraza est dado por:
3 3
3
4
) (
3
4
r r r V +
r r r r r r r
2 3 2 2
4
3
4
4 4 + +
Si el nmero de partculas por unidad de volumen es ,
luego el nmero total en la coraza es 4 r
2
ry y as el
nmero de tomos en el elemento de volumen vara como
r
2
.
La funcin de distribucin por pares, g(r), da la
probabilidad de encontrar un tomo (o molcula, si se
simula un fluido molecular) a una distancia r de otro tomo
(o molcula) comparado con la distribucin en el gas ideal
significa que g(r) es adimensional.
Calculo de propiedades termodinmicas simples
Espacio fase
Para un sistema que contiene N tomos, 6N valores son requeridos para definir el
estado del sistema (tres coordenadas y tres componentes de momento por tomo).
Cada combinacin de 3N posiciones y 3N momentos (denotados por
N
) define un
punto en l espacio fase 6N-dimensional; un conjunto puede ser considerado como
una coleccin de puntos en el espacio fase. La manera en la cual el sistema se mueve
a travs del espacio fase est gobernada por las ecuaciones de Hamilton:
i
i
i
i
r
H
dt
dp
p
H
dt
dr
Funcin de Particin Q