ESTRUTURA DE PROTENAS

Captulo 5 Bioinformtica Lesk,2008 Profa. Msc Isadora Louise

Objetivos da aula

Entender o conceito de enovelamento de protenas; Reconhecer as consideraes estricas que limitam as formaes das cadeias polipeptdicas; Conhecer as 20 cadeias laterais; Entender o efeito hidrofbico e suas implicaes na estrutura e energtica das protenas enoveladas;

Generalizar as idias de alinhamento de sequencias para o alinhamento de sequencias de protenas pela sobreposio de suas estruturas

Objetivos da aula

Conhecer a relao entre divergncia de sequencia e divergncia de estrutura de protenas na evoluo das mesmas; Familiarizar-se com a classificao enovelamento de protenas (SCOP); dos padres de

Conhecer algumas abordagens bsicas para a predio de estruturas de protenas a partir da sequencia de aminocidos; Entender os funcadmentos dos modelos ocultos de Markov;
Conhecer os requisitos bsicos e um frmaco de sucesso, e entender algumas abordagens para o planejamento e descoberta dos mesmos.

Introduo

Bioinformtica: Importante no estudo da sequencia de cidos nuclicos e AMINOCIDOS

Protenas:
Principais

molculas efetoras da clula; Funo associada estrutura tridimensional; Bioinformtica: busca pela comparao e predio de estruturas.

Introduo

Grande variedade de estruturas tridimensionais (3D) e funes de protenas => surgem a partir de molculas que compartilham caractersticas bsicas comuns; Cada protena consiste de uma cadeia principal polimrica linear (no ramificada) com diferentes cadeias laterais de aminocidos ligadas em intervalos regulares.

Introduo

Constituio qumica das protenas: os aminocidos

GRUPO AMINA GRUPO CARBOXILA

H2O

LIGAO PEPTDICA

Diferentes radicais diferentes aminocidos

Classificao dos aminocidos

09 - ESSENCIAS Obteno atravs dos alimentos
ENTRE OS 20 AMINOCIDOS CONHECIDOS 11- NO ESSENCIAIS As clulas produzem

Polipeptdeos
2aa DIPEPTDEO 3aa TRIPEPTDEO 4aa,5aa..

nmero de ligaes peptdicas + 1 = nmero de aminocido no polipeptdio PROTENAS SO CADEIAS POLIPEPTDICAS COM 51 AMINOCIDOS OU MAIS

Estrutura de protenas

Primria: sequncia de aminocidos que forma uma determinada protena Secundria: forma como os aminocidos se interconectam formando alas, hlices ou folhas
A

conformao espacial mantida graas as interaes intermoleculares (ligao hidrognio) entre os hidrognios dos grupos amino e os tomos de oxignio dos outros aminocidos.

Introduo

Sequencia de nucleotdeos => sequencia de aminocidos => estrutura da protena

Introduo

A estrutura 3D determinada pela sequencia de aminocidos: as protenas se enovelam espontaneamente em suas conformaes nativas As protenas evoluram de maneira que um determinado padro de enovelamento de sua cadeia principal seja termodinamicamente melhor que as outras conformaes => estado nativo

Estrutura de protenas

- hlice
a

cadeia principal possui orientao helicoidal (espiral) em torno de um eixo, onde os grupamentos R projetam-se para fora.
estrutura estabilizada por pontes de hidrognio entre resduos de mesma cadeia. Duas ou maisa-hlices podem se entrelaar formando fibras.

Esta

Estrutura de protenas

- hlice

Estrutura de protenas

- folha

Estrutura de protenas
Na folha pregueada as cadeias polipeptdicas dispem-se lateralmente (em paralelo) e fazem pontes de H entre os tomos da ligao peptdica. As cadeias laterais R dos aminocidos voltam-se para cima ou para baixo do plano da folha
Vista lateral Folha anti-paralela -C N Folha paralela

-C

-N

Pontes de H

-C

antiparalela

Paralela, toro direita

Paralela, toro esquerda

Folhas b paralelas e antiparalelas podem se formar em uma protena atravs de pequenas tores da cadeia polipeptdica.

Estrutura de protenas

Estrutura de protenas

Estrutura terciria especifica a forma na qual a -hlice, a folha pregueada e outras regies esto dobradas.

Estrutura quaternria associao entre protenas individuais para formar um arranjo especfico (subunidades da molcula).

Beta-alfa-beta

S beta

S alfa

Barril beta

Barril alfa-beta

A estrutura terciria descreve a forma tridimensional final de uma cadeia polipeptdica, resultando da associao de partes organizadas da molcula, chamadas de domnios ou motivos proteicos.
Alguns modelos de organizao estrutural, como os barris b e ab, aparecem em vrios tipos de protenas, s vezes no relacionadas.

Subunidade (uma cadeia polipeptdica)

Protena (biolgicamente ativa; dmero no covalente )

Protenas com estrutura quartenria so composta de mais de uma cadeia polipeptdica, que podem estar associadas covalentemente (pontes dissulfeto) ou no.

Formas estruturais das protenas

ESTRUTURA TERCIRIA

ESTRUTURA PRIMRIA

ESTRUTURA SECUNDRIA ESTRUTURA QUATERNRIA

Formas estruturais das protenas

Estrutura das protenas

As cadeias laterais oferecem a versatilidade fsico-qumica necessria para gerar todos os padres de enovelamento diferentes. Estas cadeias variam em:
Tamanho
Carga

eltrica Polaridade (polares, neutras, ou hidrofbicas) Forma e rigidez (depende da estrutura qumica e de seus graus de liberdade conformacionais internos)

Funes das protenas

PROTENAS PROTENAS

ANTICORPOS - DEFESA
ESTRUTURAL

ESTRUTURAL MOVIMENTO

RESERVA

ACTINA

MIOSINA

Algumas definies importantes:

- Por serem conceitos didticos, frequentemente difcil distinguir em uma protena os nveis secundrio e tercirio de organizao estrutural. - Para evitar tais ambiguidades utiliza-se o termo conformao proteica, que se refere aos aspectos da estrutura tridimensional de uma protena acima de sua sequncia de aminocidos. - Os termos conformao e configurao no so sinnimos. Configurao refere-se estrutura tridimensional de uma molcula determinada por ligaes covalentes, como por exemplo, as formas L- e D- de um aminocido. Conformao refere-se estrutura tridimensional de uma molcula decorrente da somatria de ligaes fracas, no covalentes. Conformao nativa de uma protena refere-se estrutura tridimensional em que a molcula apresenta suas propriedades biolgicas naturais. Desnaturao refere-se a alteraes da conformao nativa de uma protena, podendo resultar em perda parcial ou total, reversvel ou irreversvel, de sua atividade biolgica.

Por que as protenas so apenas levemente estveis?

No muito claro; Acredita-se que facilita a reciclagem (degradao e ressntese de protenas) Estado nativo o de maior estabilidade: complexo: otimizao das interaes disponveis e seleo das sequencias nas quais a conformao tima nica e de energia significativamente menor que as outras. Pode facilitar o enovelamento das protenas

Quais so os tipos de foras que mantm a estrutura tridimensional de uma

protena ?

Protena

Protena

NH2
CH2 OH

... O C CH2 CH2

FORAS NO COVALENTES

Pontes de H -Aminocidos polares Quais so os tipos de foras CH2mantm a estrutura tridimensional de uma que CH2 C
CH2CH2NH+ O 3
Ligao Inica

Ponte de Hidrognio

CH2
CH3

protena ?

CH CH3 CH3

Ligaes inicas - Aminocidos carregados

CH3 CH CH2 CH CH3 H3C CH CH3 CH3

Interaes hidrofbicas -Aminocidos apolares Foras de Van der Waals -Qualquer aminocido

Interaes hidrofbicas e Foras de van der Waals

Quais so os tipos de foras que mantm a estrutura tridimensional de uma protena ?

Protena Protena

NH2
CH2 OH

Pontes de H ocorrem: - entre os tomos da ligao peptdica (por exemplo, a a-hlice e a folha b); - entre cadeias laterais de aminocidos polares, carregados ou no; - para os grupos NH3+ e COO- dos aminocidos N- e C-terminal, respectivamente.

... O C CH2 CH2

Ponte de Hidrognio

CH2CH2NH+ O 3
Ligao Inica

C CH2CH2

CH2
CH3

CH CH3 CH3

CH3 CH CH2 CH CH3 H3C CH CH3 CH3

Interaes hidrofbicas e Foras de van der Waals

Quais so os tipos de foras que mantm a estrutura tridimensional de uma protena ?

Protena Protena

NH2
CH2 OH

... O C CH2 CH2

Ligaes inicas: - ocorrem entre as cadeias laterais de aminocidos com cargas contrrias; - dependem do estado de ionizao dos aminocidos e do pH do meio;

Ponte de Hidrognio

CH2CH2NH+ O 3
Ligao Inica

C CH2CH2

CH2
CH3

CH CH3 CH3

CH3 CH CH2 CH CH3 H3C CH CH3 CH3

- so menos frequentes do que as pontes de H.

Interaes hidrofbicas e Foras de van der Waals

Quais so os tipos de foras que mantm a estrutura tridimensional de uma protena ?

Protena Protena

-Interaes hidrofbicas: - ocorrem entre as cadeias laterais de aminocidos apolares; - radicais apolares so repelidos pela gua, aproximando-se uns dos outros;

NH2
CH2 OH

... O C CH2 CH2

Ponte de Hidrognio

CH2CH2NH+ O 3
Ligao Inica

C CH2CH2

CH2
CH3

CH CH3 CH3

CH3 CH CH2 CH CH3 H3C CH CH3 CH3

- no uma fora de atrao real, resultando da repulso pela gua;

- como consequncia, em meio aquoso o interior de protenas globulares hidrofbico.

Interaes hidrofbicas e Foras de van der Waals

Quais so os tipos de foras que mantm a estrutura tridimensional de uma protena ?

Protena Protena

Foras de Van der Waals - uma fora eletrosttica que ocorre entre dipolos temporrios; - dipolos temporrios (durao de nanosegundos) so criados devido rbita errtica dos eltrons; - pode envolver qualquer tipo de aminocido; - geralmente coincidem com as regies da protena onde ocorrem as interaes hidrofbicas, pois a aproximao dos radicais apolares facilita a interao entre os dipolos.

NH2
CH2 OH

... O C CH2 CH2

Ponte de Hidrognio

CH2CH2NH+ O 3
Ligao Inica

C CH2CH2

CH2
CH3

CH CH3 CH3

CH3 CH CH2 CH CH3 H3C CH CH3 CH3

Interaes hidrofbicas e Foras de van der Waals

Quais so os tipos de foras que mantm a estrutura tridimensional de uma

protena ?

Alm dos laos no covelentes, uma protena pode ter pontes dissulfeto formada a partir de dois resduos do aminocido Cys (cistena).

Pontes dissulfeto so covalentes e s podem ser rompidas por agentes redutores, como 2-mercapto-etanol.

A
O hormnio insulina composto por duas subunidades, A e B, unidas por duas pontes dissulfeto intercadeia. Alm disso, a cadeia B possui uma ponte dissulfeto intracadeia

Como possvel termodinamicamente que as protenas tenham estruturas to altamente organizadas ? De onde vem a energia que estabiliza a estrutura 3D das protenas ?
entropia

A conformao nativa de uma protena representa o estado de menor energia do sistema.

energia

A energia que estabiliza a estrutura 3D de uma protena vem do aumento da entropia da gua, representando desorganizao da gua medida que interagem com a protena.

Estrutura nativa

In vivo conformaes intermedirias das protenas so estabilizadas por chaperonas durante o processo de sntese proteica.

Por que precisamos entender a estrutura das protenas em bioinformtica??? Ferramentas de modelagem molecular

Modelagem comparativa
A predio da estrutura 3D de uma protena e seu padro de enovelamento fornecem informaes relevantes sobre sua provvel funo biolgica.

A evoluo tende a conservar funes que dependem mais diretamente das estruturas 3D que das similaridades entre as seqncias de aminocidos das protenas. O enovelamento protico permite que aminocidos seqencialmente distantes interajam em uma mesma regio espacial da protena, formando distintos padres conformacionais, dependendo das condies fsico-qumicas do ambiente. O alinhamento estrutural entre protenas consideradas de uma mesma famlia, mesmo que seja apenas na regio do stio ativo, pode ser um importante mtodo para se inferir a funo da seqncia em estudo.

Modelagem comparativa
Predio de estrutura 3D a partir da seqncia de aminocidos da protena de interesse: So usadas como molde, protenas evolutivamente relacionadas cujas estruturas 3D tenham coordenadas definidas experimentalmente (por Raio-x ou RMN) e depositadas no banco de dados PDB (Protein Data Bank).
A metodologia se baseia no fato de que duas protenas com funo similar possuem similaridade estrutural. Por isso possvel usar estruturas resolvidas experimentalmente como moldes para construo de um modelo estrutural da seqncia da protena de interesse.

Obrigada!!!!

Referencias

Capitulo 5 Intorduo Bioinformtica de Lesk, 2008 Slide da aula: Protenas: estrutura tridimensional e foras envolvidas . Profa. Clia R. Carlini