BYONFORMATK

21. yzylda biyoloji sadece laboratuvarda allan bir bilim olmaktan

km, ayn zamanda bilgi teknolojisine de dayanan bir bilim dal haline gelmitir. Bilgisayarlarn ve bilgisayar yntemlerinin biyolojinin her alannda kullanlmaya

balanmas gnmzde gitgide kanlmaz olmu, biyoinformatik olarak

adlandrlan yeni bir bilim dal ortaya kmtr. Biyoinformatik, biyolojik sorulara cevap verebilmek amac ile bilgisayarlarn

bilgisayar yazlmlarnn ve biyolojik verilerin birlemesinden oluan bir

daldr.

Biyoinformatik yaklamlar genellikle byk veri ynlar reten alanlarda kullanlr. Genel olarak biyoinformatikten faydalanan geni kapsaml en byk iki dal

proteomik ve genomik dir.

Genomik, genom analizi anlamna gelmektedir. Genom; nesilden nesile geen kaltm materyalini kodlayan DNA dizilerinin tamam olarak tanmlanabilir. Bu DNA dizileri genom iinde bulunan tm genleri ve bunlarn transkriptlerini ierir. Proteomik ile proteom da bulunan tm proteinlerin analizine dayanr.

2001 ylnn ubat aynda Science ve Nature dergilerinde yaynlanan iki farkl makalede insan gen haritasnn ilk tasla kamuoyuna aklanmtr. Yaynlanan bu sonular modern biyoloji iin yeni bir balangcn iaretini de vermitir.

Bundan sonra biyoloji ve tpla ilgili aratrmalar proein ve DNA dizilerine bal
olarak yrtlecektir.

nsan gen projesinin ilk taslann tamamlanmas ile DNA molekllerinin nkleotidlerinin (ATGC) srasnn tayini hemen hemen bitmi olup (www.genbank.org) bundan sonraki aama DNAmzdaki genlerin yerlerinin belirlenmesidir. Genlerdeki bilgiler kullanlarak sentezlenecek ve vcudumuzdaki proteinlerin ilevlerini nasl yaptklarn anlamak mmkn olacaktr. Bu bilgiler proteinlerin hcre iinde birbirleriyle, DNA ile, dier kk molekl ve ilalarla Etkileimlerini analiz ve kontrol etmemize yardmc olackatr. Proteinlerin bu marifetlerini anlamak iin proteinlerin amino asit dizileri ile boyutlu yaplar, Yaplar ile ilevleri arasndaki bantlar bulmak gnmzde yaplan aratrmalarn nemli bir ksmn oluturmaktadr. u anda farkl canllara ait yzbinlerce proteinin amino asit dizisi ve 20,000 proteinin boyutlu yaps bilinmektedir. Bu yaplar protein veri bankalarnda toplanmaktadr (www.rcsb.pdb.org)
Bu bilgiler birok biyolojik olaylarn daha iyi anlalmasn salayacak dolaysyla da genetik hastalklarn belirlenmesinde tehisinde ve tedavisinde faydal olacaktr.

Btn bu bilgilerin sratli bir ekilde ortaya kmas, istatistiksel kuramlar ve bilgisayar yntemleri ile dzenlenebilecek milyarlarca nkleotit ve amino asit dizisi ve bu dizilerden anlaml bilgi retilmesi gereksinmesini ortaya karmtr. Bu dizilerden anlaml bilgi karabilmek iin her bir amino asit dizisinin hangi molekler yapya sahip olduu, ayrca her bir molekler yapnn hangi dinamik zelliklere sahip olduu, dolaysyla fonksiyonun ne olduunun aratrlmas gerekmektedir. Btn bu almalar gerekletirebilmek iin de yeni nesil biyologlara ihtiya duyulmaktadr. Bu bilim insanlar biyolojinin yan sra bilgisayar ve mhendislik bilimlerinin bilgilerini ve kurallarn da bilmek durumundadrlar. Bu ihtiyac karlamak iin dnyann eitli lkelerinde Biyoinformatik blmleri ve enstitleri kurulmaya balanmtr.

Biyoinformatikten faydalanan bilim dallarn yle sralayabiliriz _ Molekler Biyoloji _ Genomik _ Fonksiyonel genomik _ Sistem biyolojisi

_ Protein muhendislii
_ Farmastik aratrmalar _Tp _ Ekoloji / populasyon genetii

Biyoinformatiin ilevsel temelini oluturan unsurlar:

Bilginin depolanmas
Bilgiye ulama

Bilgiyi analiz etme

Getiimiz yzyl ierisinde bilimin ok hzl ilerlemesi insanlarn zerine byk bir bilgi yk getirmitir. Zaman ierisinde artan bilginin bir ekilde depolanmas

gerekmektedir. Ancak bilgilerin depolanmasnn yannda bilgiye rahat ve hzl

eriim de nemlidir. nk bilginin en iyi ekilde kullanlabilmesi etkin bir eriimi gerektirmektedir.

Gnmzde bilginin depolanmas iin kullanlan ve etkili eriime olanak salayan

en geerli yol ise veri taban programlardr. Veri taban; toplanan bilgileri ileyebilen, istenen sonular kolaylkla hazrlayabilen bir bilgisayar programdr.

Biyolojik verilerin ilenmesi iin bilgisayar sistemlerinin kullanm

Veritaban programlarnn bilgi kavram iin nemli saylan zellikleri: 1. Gelien eriim olanaklarnn elvermesi ile bilgi blnmeden ortaklaa kullanlabilmektedir. 2. Etkileimli ortamlarda olutuu anda bilgisayara aktarlan bilgi srekli olarak kendiliinden artmaktadr. 3. Byk boyutlardaki bilgi ierisinden gerekli olana eriim gibi olduka nemli bir problemi ortadan kaldrmaktadr. 4. Veriyi ilemek, yeni bilgi oluturmak, ondan yararlanabilmek veritabanlar ile daha kolay hale gelmektedir. 5. Bilginin gncellenmesi, her her zaman en son durumu gstermesi veri tabanlarnn nemli bir zelliidir.

Veritabanlarndaki baz sorunlar:

Vektoriyel dizilerde kirlilik (Yanl ya da gereksiz veri girii) Kalabalk (bir gene ait dizi parasnn biden fazla kez girilmesi) Ayn gene ait birden fazla EST (Expressed sequence tag)

Bu problemlerin ortadan kalrlmasnda genom projelerinin ileri aamalarn oluturan UNIGENE, VecScreen gibi projelerden faydalanlacaktr.

Potansiyel biyoinformatik veri tipleri ve sunum ekilleri

nternet teknolojisi bilimsel bilgininin olduka hzl yaylmasna neden olmutur. zellikle biyoloji aratrclar internetin gcnden faydalanarak biyolojik kaynaklar oluturmulardr. Bu kaynaklarn en nemli snfn internet zerinden eriilebilen veritabanlar oluturmaktadr.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov

erisinde bulunan ana biyoinformatik veritabanlar

Aranacak veritaban olarak Pubmedi seiniz

Arama Blgesine Uygun Anahtar Kelimeleri Yaznz rnein: Fish Genotoxic

Go tuuna basnz

Size uygun makalenin balna tklaynz

Full text makaleyi grebilmek iin ilgili yayn evinin linkine tklaynz

EN YAYGIN KULLANILAN BYOLOJK MAKALE VERTABANLARI

http://www.sciencedirect.com/

http://www.interscience.wiley.com

http://www.springerlink.com/

SCIENCE DIRECT MAKALE VERTABANI

http://www.sciencedirect.com/

Arama Blgesine Uygun Anahtar Kelimeleri Yaznz

rnein: Fish Genotoxic

Go tuuna basnz

Size uygun makalenin full text linkine tklaynz

STRUCTURE Nedir?

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/

alanine - ala - A arginine - arg - R asparagine - asn - N aspartic acid - asp - D cysteine - cys - C glutamine - gln - Q glutamic acid - glu - E glycine - gly - G histidine - his - H isoleucine - ile - I leucine - leu - L lysine - lys - K methionine - met - M phenylalanine - phe - F proline - pro - P serine - ser - S threonine - thr - T tryptophan - trp - W tyrosine - tyr - Y valine - val - V

STRUCTURE VERTABANINI SENZ

STRUCTURE Nedir?

Yapsn aradnz proteinin adn yaznz