Modern bilgisayarl biyolojinin alma alan molekler sistem

modellemesi, diagnostik grnt ileme, yap tahmini ve kefi gibi alanlar da iine alacak biimde genilemitir.
Bu alanlar her biri eitli teknolojik gelimelerden faydalanr ve fiziksel biyolojiden in slico biyolojiye doru alan yolda farkl roller oynar.

Aratrma alan Molekler Modelleme

Temsili In Silico Grev Bileik Balanma simlasyonlar NMR ve X-Ray kristalografisi ile protein yap belirlenmesi Protein / DNA/ RNA yap belirlenmesi Protein ve nkleotid yap veritabanlarnn oluturulmas

Grnt leme

Grnt zenginletirmesi diagnostik deerlendirme Biyolojik molekllerin yaplandrlmas

Organizmalarn evrimine dayal almalarda dizi homolojisi deneyleri Adli tp Kodlayan blgelerin belirlenmesi Genom birletirmeleri Protein ve nkleotid yap korelasyon almalar

Dizi Analizi

Microarray veri analizleri

Sistem modellemesi ve ila yant analizlerinde ilikili genlerin tanmlanmas Transkripsiyon profillerinin belirlenmesi

Biyoinformatik ve Tp - Eczaclk
Daha nceki derslerimizde biyolojik bilginin genom dzeyinden tam bir organizma oluumuna kadar aknn hangi ekillerde olabileceini grmtk. Tamamlanm durumu ile bu bilginin kendisi ve bu bilgi ile balantl olan biliim aygtlar bir araya gelerek sadece tm bir organizma dzeyinde anlaml sonular verebilecek baz dnceler iin temel oluturmutur. Bizim amacmza gre bu organizma insandr. imdi biyoinformatik bilgisinin kiisel tp alannda nasil deerlendirilebileceine gz atalm.

Kiiselletirilmi Tp Hizmetleri Kiiselletirilmi tp bilgisayarl biyoloji ve biyoinformatiin olduka sofestike uygulamalarn gerektirmektedir.
Bu almalarn merkezinde tartmsz biimde yeni ilalarn gelitirilmesi bulunmaktadr. Bu sre temel aratrma ile balar ve hastala zg ila gelitirilmesi ile son bulur. Biyoloji ve tp alannda olduu gibi ila kefi de bir informasyon bilimi haline gelmitir ve informasyon teknolojilerinin bu alann geliimi zerindeki etkileri olduka byk olmutur.

rnein; Klasik ila gelitirme teknikleri kullanldnda, statin ilalarn gelitirilmesi iin snrlayc bir adm olan, HMG-CoA Redktaz enzimini inhibe edildii kolesterol, sentezi yolunu anlamak ve bundan yararlanmak ortalama 40 yl srmtr.

Bunun aksine Gs kanseri vakalarnda HER-2 reseptrnn molekler dzeydeki rolnn anlalmas sayesinde sadece 3 yl ierisinde Herceptin adl kemoterapik ilacn gelitirilmesini salamtr. Bu ilac gelitiren aratrmaclar szkonusu srete gerek in silico molekler modellemenin gerekse proteom ve genom bilgileri ieren veri tabanlarndan yararlanmlardr.

Kullanlan aralar gelitike, ila gelitirilmesindeki bir ok alma laboratuvar benlerinden bilgisayara doru yollarn deitirecektir. Biz u anda byk ila irketlerinin biliim teknolojilerine dayal ynlerini glendirdiklerini grmekte bu yeni trende tanklk etmekteyiz.

Hastalklar Poligeniktir la gelitirme almalarnda unutulmamas gereken ana noktalardan biri hastalklarn kompleks srelere dayand ve poligenik tabiata sahip olduklardr. Bu dnceden hareketle geen birka yl ierisinde iki temel grn kne tanklk ettik. Bunlardan ilki genetik alanndaki bir gen bir protein modeli dieri de tp alanndaki bir bir protein bir hastalk modeli dir.

20. yzyln ounluunda biyokimyasal aratrmalar kompleks metabolik basamaklarn zlmesine odaklanmtr. B u almalarn ounda da bireysel proteinlerin, bunlarn fonksiyonlarnn ve metabolizma iindeki rollerinin tanmlanmas ile ilgilenilmitir. Bu almalarn sebebi ise doal olarak metabolik bozukluklar ile hatal proteinler ve hastalk arasndaki ilikilerin zlmesi idi.

Bu keifler bir ok hastala monogenik bak asnn bir rn idi. rnein diabet hastal temel olarak inslin bozukluunun, kardiovasyker hastalklarlarn ise kolesterol biyosentez yolundaki birtakm bozukluklardan kaynaklanld dnlmekteydi.
Bu grler temelde doru olmalarna ramen, bir ok rahatszlk, aslnda sadece sistem dzeyinde tam olarak anlalabilecek olan poligenik hastalklardr.

Diabet gnmzde eitli evresel ve genetik unsurlardan etkilenen olduka kompleks bir hastalk olarak nitelenmektedir. Bununla birlikte, bu hastal Tip 1 ve Tip 2 olmak zere iki ana snfa ayran standart isimlendirme aslnda genetik temele dahanan bir ok farkl alt snflar gizlemektedir. Bu genlerin ekspresyon dzeylerindeki farkllklarnn neler olduu tam olarak belirlenebilmi deildir. rnein, Tip 2 diayebet ile baz ruhsal hastalklar arasndaki sklkla gsterilmi olan ancak henz tam olarak anlalamam olan bir iliki vardr.

Ana gen dizisindeki varyasyonlar aslnda hikayemizin olduka

kk bir ksmn temsil etmektedir.

Molekler tp asndan 4 ana parametre bizi olduumuz ey

yapmaktadr.
Bunlar:

DNA dzeyindeki ana genetik dizimiz

Gen ekspresyonu zerindeki evresel etkiler

Gen ekspresyonunu etkileyebilen olaslk fonksiyonlar

Bireysel hcrelerin genomunu deitirebilen viral enfeksiyonlar

Bu parametrelerin her biri gen ekspresyonu zerinde nemli

rol oynar. Bir bireyin genom dizisi, temelde bir ok hastaln kkenini ve bunun yannda bir ok fiziksel karakterin tahmin

edilmesinde kullanlabilen temel bilgiyi oluturan genetik

polimorfizmler ile ilgili olarak nemli bilgiler ierir.

Zaman ierisinde eitli evresel etmenlere maruz kalma

durumunda gen ekspresyonunun deiebilecei gsterilmitir. Bir ok genin ise ekspresyon dzeyi molekler

dzeydeki mekanizmalar ile kontrol edilir ve bunlar ou

zaman evre ile etkileim gsterirler.

Gemite, bu parametreler hakknda detayl bilgiye sahip olunmamas, tbbi evrelerde hastalklarn sadece fenotipik

tanmlamalarn yapabilmelerine neden olmutur. Hastalklarn

fenotipleri ile tannmalar daha sonralar molekler dzeydeki tanmlamalara geilmesine nclk etmitir. rnein, izofreni

ya da depresyon gibi psikiyatrik bozukluklar artk basit

hastalklar olarak deil farkl gen ekspresyon dzeylerinden ve genom dizilerindeki farklklardan kaynaklanan kompleks bozukluklar olarak deerlendirilmektedirler. Bu noktada anlaml bir deerlendirme iin byk miktarlarda proteinlerin, protein interaksiyonlarnn ve bir ok metabolik srecin anlamlas gerekmektedir.

Bu karmaaya are bulabilmek iin, aratrmaclar mRNA ekspresyon profillerine ynelmilerdir. Burada ana ama karmak gen ifade dzeyleri ve tbbi gemiin tedavi uygulamalar arasndaki banty bulabilmektir. zgn genlerin reglasyonlarnn allmasnda kullanlabilen yntemlerin banda ila tedavisi iin potansiyel protein hedefleri bulmaya yarayan mikroarray teknikleri gelmektedir.

Ardndan elde edilen veriler bilgisayar ve biyoinformatik veritabanlar kullanlarak deerlendirilebilmektedir. Bu alma bir parmak izi taramasna benzetilebilir.