Professional Documents
Culture Documents
BLAST
Zaman iinde dizilerin nasl ve neden deitiinin bilinmesi aralarndaki benzerlik ve farkllklar belirlemenize yardm eder.
BLAST
Basic Local Alignment Search Tool Belirli bir diziyi veritabanndaki dier diziler ile karlatrmak zere hazrlanm bir algoritm dir. ki dizi arasndaki eleme tam bir hizalamadr. Bir ok BLAST veritaban ve bu konu ile ilgili web servisleri bulunmaktadr.
Yapsn yeni belirlediim proteine benzer proteinleri kodlayan baka genler var m?
Benzerlii Belirleme
Dizileri kyaslamak iin kullanlabilecek algoritmalar:
Needleman-Wunsch Smith Waterman BLAST
1. Needleman-Wunsch
Global hizalama algoritmasdr rnek: COELACANTH ve PELICAN kelimelerini karlatralm Saym emas: Eer harfler e ise +1 e olmayanlar ya da eksik olanlar iin ise, -1 verilir.Bu esnada sralamann balangc noktas nemlidir. COELACANTH COELACANTH P-ELICAN--PELICAN--
Needleman-Wunsch Detaylar
ki boyutlu matriks ki harf eletiinde diyagonal Harfler boluklara denk geldiinde yatay gidilir C O E L A C A N T H P
C P O E E L L A I C C A A N N T H -
E
L I C A
2. Smith-Waterman
Needleman-Wunsch ynteminin modifikasyonudur. Daha lokaldir. Temel algoritma hesaplamalarda baz farkllklar bulunmaktadr.Maksimum sayda eleme aranr. Bu deiiklikler algoritmay nasl etkiler??
3. BLAST
statistiksel olarak anlaml benzerlikleri bulabilmek iin dizi veritabanlarn aratran bir seri programlar setidir. Karmaktr-oklu admlara ve birok parametreye ihtiya vardr. En yaygn bulunan 5 BLAST program
1. BLASTN nkleotidler iindir 2. BLASTSP, 3.BLASTX, 4.TBLASTN, 5. TBLASTX proteinler iindir.
BLAST Algoritmas
Bir dizinin X dier dizinin Y ekseni boyunca dizildii bir grafik dnn. Eleen her harf bir puana e deerdir. Buradaki hizalama eleen harflerin dizisinden olumaktadr.
Gzlemler
Smith-Waterman ynteminde iki dizi arasndaki maksimum eleme saysnn bulunduunu hatrlaynz. Ancak pratikte sadece birka iyi eleme bulunabilir ya da hibir eleme bulunmayabilir. Bizim BLAST ile temel olarak aradmz olay gerek anlamda bir istatistiksel olarak anlaml bir hizalamadr.
Tm veritabanlarnn ve dizilerin aranmas pahal ve uzun bir sretir. BLAST daha kk boyutlu alanlar tarayabilir ve elemeleri bulabilir.