GENMICA

OBJETIVOS
Discutir

as ferramentas e tecnologias utilizadas no estudo da estrutura e funo dos genomas Discutir o progresso do Projeto Genoma Humano Analisar o papel da genmica comparativa no entendimento da evoluo

Era Genmica

Gregor Mendel

mximo de 3 genes

Geneticistas hoje

Genoma inteiro em um experimento Sequncia genmica de Craig Venter e James Watson

O Que Genmica?
Termo

1986 Subdisciplina da gentica Estrutura e funo de genomas inteiros Estudo do conjunto do genoma de um organismo Mapeamento gentico Sequnciamento completo

utilizado por Thomas Roderick -

reas dentro da Genmica

GENMICA

GENMICA ESTRUTURAL

GENMICA FUNCIONAL

GENMICA COMPARATIVA

Transcriptmica

Protemica

Sequenciamento??

O que ?
Determinao

da ordem das bases nucleotdicas

Importncia
Indispensvel

Pesquisa bsica Diagnstico Medicina Biotecnologia Biologia forense

Incio da Era Genmica Sequenciamento

Projeto

Genoma impulsionou rapidez da tcnica Primeira sequncia de DNA 1970 Frederick Sanger Universidade de Cambridge Cromotografia em 2D

Incio da Era Genmica Sequenciamento

Desenvolvimento

de mtodos colorimtricos Anlise automatizada Rapidez e facilidade

Incio da Era Genmica Sequenciamento

1977 Mtodo de Sanger terminao de cadeia

ddNTPS (ddATP, ddTTP, ddCTP, ddGTP) Molde de DNA fita simples Primer de DNA dNTPS (dATP, dTTP, dCTP, dGTP)
Marcados ausncia de 3OH

Incio da Era Genmica Sequenciamento

Progresso da Era Genmica Sequenciamento

4 reaes separadas (dNTP) Adio de 1 tipo de dNTP em cada reao Marcao com fluorescncia Desnaturao Separao por tamanho Corrida em gel separadamente (A, T, C, G)

Progresso da Era Genmica Sequenciamento

Visualizao de bandas luz UV Sequncia lida diretamente no gel Bandas - fragmentos de DNA de diferentes tamanhos Banda escura

Posio relativa no gel leitura da sequncia de DNA

Terminao da cadeia incorporao do ddNTP

Progresso da Era Genmica Sequenciamento

1987

- Primeiro sequenciador comercializado Applied Biosystems

Progresso da Era Genmica Sequenciamento

Mtodo

fluorescente
Ondas de comprimentos diferentes Picos de ondas eletroforese capilar

Progresso da Era Genmica Sequenciamento

Progresso da Era Genmica Sequenciamento

Sequenciadores

hoje

Automatizados Sequenciam at 384 amostras de DNA 24 dias

O presente e o futuro da Genmica

$1,000,000

$14,00030,000

$1,000

Correlao entre Mapas Genticos, Citolgicos e Fsicos de Cromossomos

Localizao

cromossmica de genes e marcadores moleculares Importncia no diagnstico de doenas e desenvolvimento de tratamento

Correlao entre Mapas Genticos, Citolgicos e Fsicos de Cromossomos

Clonagem

posicional

Identificao de genes Localizao e posicionamento de genes no genoma No necessita de conhecimento da funo do gene Dependncia de mapas detalhadas da regio cromossmica de interesse

Correlao entre Mapas Genticos, Citolgicos e Fsicos de Cromossomos

Construo

de mapas genticos e fsicos com marcadores Correlao com mapas citolgicos (bandeamentos) Mapas de alta-densidade foram construdos

Integrao de mapas genticos, fsicos e citolgicos

Construo de mapas genticos

Baseados nas frequncias de recombinao entre marcadores Mapas de alta densidade gentica

RFLPs polimorfismo de comprimento de fragmento de restrio

Construo de mapas citogenticos

Caractersticas

citogenticas Tcnicas de bandeamento

Banda G Banda R Banda C

Construo de mapas fsicos

Baseados

nas distncias entre marcadores (pb, kb ou mb)

Polimorfismos Auxlio na construo de mapas genticos

Polimorfismos

Dois ou mais variantes de um fentipo ou gentipo em uma populao de indivduos Com pelo menos duas das variantes com frequncias maiores que 1% Grupos sanguneos

Polimorfismos Auxlio na construo de mapas genticos

RFLPs

Sequncia curtas repetidas em tandem Nmero de cpias de cada sequncia em um dado local no cromossomo varia
VNTRs

nmero varivel de repeties em tandem altamente polimrficos Microsatelites repeties em tandem de 2-5 pares de nucleotdeos

Polimorfismos Auxlio na construo de mapas genticos

VNTR

Repeties variveis em tandem Altamente polimrficas Variam de acordo com diferenas no nmero de cpias Identificao parental DNA fingerprinting

Polimorfismos Auxlio na construo de mapas genticos

Microsatelites

Auxlio em mapas de alta densidade Repeties em tandem de 2-9 pares de nucleotdeos Marcadores

Polimorfismos Auxlio na construo de mapas genticos

SNPs

Single nucleotide polymorphism Substituies de um nico par de nucleotdeo A:T / G:C Regies no-codificantes No resultam em fentipo mutante Presena de 1 SNP a cada 1200 pares de nucleotdeos

Genomas Eucariticos
Primeiro

sequenciamento completo de eucarioto S. cerevisae 1996 Densidade gnica tem grande variao Diminuio de densidade gnica com aumento de complexidade e aumento do tamanho do genoma

DNA repetitivo
45%

de genoma de mamferos - transposons

Consequncias da Genmica
Imensa

qtd. de dados sequnciais gerados Dados pblicos disponibilizados a partir de bancos de dados http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery

Consequncias da Genmica
Objetivo

no somente montar um banco de dados como tambm de extrema importncia retirar informaes deste Softwares

BIOINFORMTICA
Desenvolvimento

de algoritmos que extraem informao do DNA e daods de sequncias proticas

GenBank

Walter Goad 1979 LANL

Banco de dados com sequncias de DNA 1982 1992 inseriram sequncias GenBank Final de 1982 680,338 pares de nucleotdeos Abril de 2008 90 bilhes de pares de nucleotdeos

NCBI ENTREZ
Banco

de dados

Sequncias de DNA e protenas PubMed

Projeto Genoma Humano

Mapas genticos, citogenticos e fsicos para os 23 cromossomos Final de 1970 e incio 1980

1990 incio do Projeto Genoma Humano

Possvel sequnciamento do genoma humano

Objetivos Iniciais do Projeto Genoma

Mapeamento

gnico Construir mapa fsico do genoma Determinar a sequncia completa de nucleotdeos dos cromossomos at 2005

Projeto Genoma Humano

Empresa pblica revisaram prazo para 2003 Empresa privada - 1998 Celera Genomics Craig Venter

Cromossomo 22 Dezembro 1999 Publicao conjunta em Fevereiro de 2001

Objetivo de sequenciar o genoma em 3 anos

Surpresas?
Aparentemente

genes

somente 30,000 35,000

Estimado era 50,000 a 120,000

Distribuio

das funes de 26,383 genes 2004 22,287 genes genes codificantes de protenas Similaridades de mais de 40% entre pts.

Drosophila C. elegans

Caractersticas dos genes

1

gene por 145 kb Clustering de genes altamente expressos

Regies eucromticas

27,000

pb de comprimento 9 exons

Distruibuio de componentes gnicos

%
1% 24%

EXONS INTRONS

75%

DNA Intergnico

Outros genes
Genes

codificantes de produtos de RNA

tRNA rRNA mRNA snRNA miRNA

ENCODE Encyclopedia of DNA Elements

Projeto desenvolvido para a pesquisa e identificao dos elementos funcionais nognicos Sequncia regulatrias

Promotores Enhancers Silenciadores Stios de metilao e acetilao Fatores de controle de estrutura de cromatina e expresso gnica

Funo do Genoma Ensaios proticos e de RNA

Estudo

de padres temporais e espaciais da expresso gnica Microarranjos em chips de DNA

Estudo da transcrio de milhares de genes ao mesmo tempo

Uso

de GFP para estudo de expresso gnica no nvel protico em clulas vivas

Genmica Comparativa
Comparao

entre sequncias nucleotdicas de organismos Melhor entendimento das relaes taxonmicas Mudanas responsveis pela evoluo de espcies

Contribuies da era genmica

Tratamento

mdico baseado no gentipo individual Bioinformtica

Estudo da biologia e da cincia de agrupar, manipular, armazenar e classificar informaes de DNA e sequncias proticas

Genoma mitocondrial

mtDNA Maquinria molecular necessria para a replicao e expresso gnica

Macromolculas transcrio e traduo

Codificadas por genes mitocondriais e nucleares

Ribosomos

mtDNA
Descoberto

em 1960 Micrografia eletrnica Tamanho varivel

6kb Plasmodium 2500kb em plantas

Vrias

cpias de DNA em uma mitocndria Nmero varivel de mtDNA por clula

mtDNA

Geralmente circulares Organizados de vrias formas

Genes compactados ou dispersos 16,571 pb 37 genes

Humanos

Maioria dos produtos gnicos mitocondriais funcionam dentro da mitocndria Produtos gnicos nucleares importados

Questes ticas

Disponibilidade pblica da sequncia do genoma humano

Mutaes que causam doenas quem deveria ter acesso? Discriminao de empregadores e seguradoras,planos de sade, faculdades Seguros e planos mais caros? Leis de proteo?

TEXTO
Genomics,

Health Care, and Society

????

O que voc faria se fosse possvel sequenciar o genoma humano inteiro por $1000 hoje? Na sua opinio, quais as vantagens e desvantagens com relao ao baixo custo do exame para a populao em geral? Como seria a sua conduta perante uma informao gentica que pudesse levar a uma doena? Voc acha que a informao gentica obtida atravs do sequenciamento deve ser mantida em sigilo, sendo somente conhecida pelo mdico e paciente?