Professional Documents
Culture Documents
Le proteine rappresentano gli elementi strutturali e funzionali pi importanti nei sistemi viventi. Qualsiasi processo vitale dipende da questa classe di molecole: p. es. la catalisi delle reazioni metaboliche (enzimi), le difese immunitarie (immunoglobuline), il trasporto di ossigeno (emoglobina), il trasporto di nutrienti (albumina), il movimento (actina, miosina).
Le proteine sono macromolecole costituite dallunione di un grande numero di unit elementari: gli amminoacidi (AA) Sebbene in natura esistano pi di 300 amminoacidi, soltanto 20 sono incorporati nelle proteine dei mammiferi poich sono gli unici codificati dal DNA La caratteristica strutturale comune a tutte le proteine di essere dei polimeri
lineari di amminoacidi
Ciascuna proteina ha per una propria struttura tridimensionale che la rende capace di svolgere specifiche funzioni biologiche
Gli aminoacidi
Anatomia di un amminoacido. Ad eccezione della prolina e dei suoi derivati, tutti gli amminoacidi che si trovano comunemente nelle proteine possiedono questo tipo di struttura.
Tutti gli amminoacidi (tranne la glicina) hanno latomo di carbonio a legato a quattro gruppi diversi: il carbonio a (asimmetrico) quindi un centro chiralico o otticamente attivo Gli amminoacidi che hanno un centro asimmetrico nel carbonio a possono esistere in due forme speculari (D ed L) dette stereoisomeri, isomeri ottici o enantiomeri Le proteine contengono solo L- amminoacidi
Quando un amminoacido viene sciolto in H2O diventa uno ione dipolare (zwitterione) che pu agire sia come acido (donatore di protoni) che come base (accettore di protoni) Le sostanze che hanno questa doppia natura si definiscono anftere o anfoliti. Al pH fisiologico (valore attorno a 7,4) tutti gli amminoacidi hanno: il gruppo carbossilico dissociato, si forma lo ione negativo carbossilato (-COO-) il gruppo amminico protonato (-NH3+)
Oltre alla parte funzionale, comune a tutti, ogni amminoacido presenta un gruppo -R proprio La natura del gruppo -R conferisce propriet diverse a ciascun amminoacido Punto isoeletrico (pI): il valore di pH al quale un amminoacido ha carica netta 0 cio elettricamente neutro Il pI una caratteristica di ogni singolo amminoacido
Nelle proteine quasi tutti i gruppi carbossilici e amminici degli amminoacidi sono uniti in legami peptidici Le propriet di ciascun amminoacido dipendono dalle catene laterali (-R) che sono i gruppi funzionali responsabili della struttura, delle funzioni e della carica elettrica delle proteine
Ci che sostanzialmente determina il ruolo di un amminoacido in una proteina la natura della catena laterale (-R)
Gli amminoacidi possono essere classificati in base alle propriet delle loro catene laterali (-R), considerando la loro polarit o non polarit al pH fisiologico e quindi la tendenza ad interagire con lacqua Gli amminoacidi con catene laterali cariche, idrofiliche, sono generalmente esposti sulla superficie delle proteine I residui idrofobici, non polari, si trovano in genere allinterno delle proteine, protetti dal contatto con lacqua
Amminoacidi aromatici
ionizzabile Non polare Non polare
Serina, treonina, cisteina, asparagina, glutammina Sono polari ma in condizioni fisiologiche sono privi di
carica elettrica.
I loro gruppi -R sono pi idrofilici di quelli degli AA non polari: contengono gruppi funzionali che formano legami idrogeno con lacqua. La polarit di serina e treonina dovuta al gruppo ossidrilico (-OH), quella della cisteina al gruppo sulfidrilico (-SH), quella di asparagina e glutammina ai gruppi ammidici (-CONH2), dove sia la porzione carbonilica che quella amminica possono entrare in gioco.
sono basiche.
sono acide.
Glucogenici: tutti gli AA dal cui catabolismo otteniamo acido piruvico o un intermedio del ciclo di Krebs e che quindi possono essere utilizzati per riformare glucosio (Asp, Glu, Asn, Gln, His, Pro, Arg, Gly, Ala, Ser, Cys, Met, Val). Chetogenici: gli AA dal cui catabolismo otteniamo acetilCoA o acetoacetilCoA, che quindi non possono essere utilizzati per riformare glucosio (leucina e lisina). Sia chetogenici che glucogenici: dal loro catabolismo otteniamo acido piruvico o un intermedio del ciclo di Krebs, oltre che acetil CoA o acetoacetilCoA (Phe, Tyr, Trp, Ile, Thr).
Proteine globulari
Le catene polipeptidiche sono ripiegate ed assumono forma compatta, sferica o globulare. Contengono pi tipi di struttura secondaria. Le proteine globulari comprendono : enzimi, proteine di trasporto (p.es. albumina, emoglobina), proteine regolatrici, immunoglobuline, etc.
Proteine Fibrose
Hanno catene polipeptidiche disposte in lunghi fasci o in foglietti. In genere presentano un unico tipo di struttura secondaria. Sono insolubili in H2O per la presenza di elevate [ ] di AA idrofobici. Le catene polipeptidiche si associano in complessi sopramolecolari in modo da nascondere al solvente le superfici idrofobiche. Sono adatte a ruoli strutturali (p.es. a-cheratina, collageno).
Proteine fibrose
Le Proteine Fibrose
Sono di origine animali, insolubili in acqua, Assolvono ruoli strutturali per lo pi.
Le Proteine Fibrose
Cheratine e collageni hanno strutture ad elica, Le sete hanno struttura foglietto beta
Gruppi apolari e ponti disolfuro tendono a conferire rigidit e insolubilit alle proteine fibrose.
Le Proteine Globulari
Sono solubili in acqua, di forma quasi sferica, Assolvono funzioni biologiche. Possono essere: Enzimi Ormoni Proteine di trasporto Proteine di deposito
Le Proteine Globulari
Contengono amminoacidi con catene polari e carichi, Sono strutture elicoidali.
Mioglobina, proteina globulare che trasporta lossigeno nei muscoli.
Le interazioni sono dovute a ponti disolfuro, alla polarit o meno dei gruppi R, e alla capacit di formare legame ad idrogeno.
Proteina
Proteine monomeriche
Proteine multimeriche
omomultimeriche
(stesso tipo di polipeptide)
eteromultimeriche
(diversi tipi di polipeptidi)
Le proteine
Fondamentali in ogni organismo, hanno molteplici ruoli: Componenti strutturali (collagene, tessuto connettivo, citoscheletro, pelle) Trasportatori (emoglobina, albumina) Trasmettitori di messaggi (ormoni peptidici) Catalizzatori di reazioni chimiche (enzimi) Difesa contro i patogeni (immunoglobuline) Controllo e regolazione dellespressione genica (istoni) Deposito di materiale (ferritina) Proteine dei sistemi contrattili (miosina)
Es. Albumina: aumenta solubilita degli acidi grassi nel sangue Istoni: proteine nucleiche, formano la cromatina insieme al DNA
I 20 amminoacidi che si trovano comunemente nelle proteine sono uniti luno allaltro da legami peptidici. La sequenza lineare degli amminoacidi legati contiene linformazione necessaria a generare una proteina con una forma tridimensionale
esclusiva.
La struttura di una proteina complessa: organizzazione in 4 livelli gerarchici (struttura primaria, secondaria, terziaria, quaternaria).
Estremit amminica
R
H N H H C C
O C OH
+
OH
N
H
C H
Il legame peptidico rigido e planare Gli atomi di Ca di amminoacidi adiacenti sono separati da tre legami covalenti: Ca C N Ca
PROPRIETA DEL LEGAME PEPTIDICO I 6 atomi del gruppo peptidico giacciono sullo stesso piano lossigeno legato al carbonio del gruppo carbonilico e latomo di idrogeno legato allazoto amminico, si trovano in trans. Lossigeno carbonilico ha una parziale carica negativa e lazoto amminico ha una parziale carica positiva ci genera un parziale dipolo elettrico. I legami ammidici C-N hanno un parziale carattere di doppio legame per effetto della risonanza non possono ruotare liberamente. La rotazione permessa solo attorno ai legami N-Ca e Ca-C.
e sono di 180 quando il polipeptide nella conformazione complanare estesa e tutti i gruppi peptidici sono sullo stesso piano. e possono assumere tutti i valori compresi tra -180 e +180, ma molti valori risultano proibiti per interferenze steriche tra gli atomi dello scheletro del polipeptide e quelli delle catene laterali.
esistono sequenze lunghe da pochi aminoacidi a migliaia di aminoacidi con peso molecolare da 5 a 1000 KDalton (1 Dalton = 1/12 massa 12C) # aminoacidi peptide (oligopeptide) <20 polipeptide <60 proteina >60
Legame peptidico
La struttura primaria di una proteina definita dalla sequenza lineare dei residui amminoacidici.
Struttura primaria
La sequenza degli aminoacidi di una proteina si chiama struttura primaria. Nelle proteine, gli amminoacidi sono uniti covalentemente con legami peptidici. I legami peptidici sono legami ammidici tra il gruppo a- carbossilico (-COOH) di un amminoacido ed il gruppo a-amminico (-NH2) dellamminoacido successivo. Durante la formazione del legame peptidico viene eliminata una molecola di acqua (reazione
di condensazione).
Lisozima
Per funzionare una proteina deve assumere una struttura tridimensionale precisa collagene mioglobina
Struttura secondaria
Si riferisce alla conformazione locale della E determinata da interazioni di tipo legame a idrogeno fra lossigeno di un gruppo carbonilico del legame peptidico e lidrogeno del gruppo ammidico di un altro legame peptidico. Esistono due tipi di strutture secondarie: l a-elica ed il foglietto b.
catena polipeptidica.
a-elica
b-foglietto
ponte-H ogni 3,6 aminoacidi Il legame H si instaura tra lH dellazoto amidico e lO del gruppo carbonilico residui esterni alla spirale
E una struttura in cui la catena polipeptidica avvolta a spirale . Le catene laterali degli amminoacidi (-R) si protendono verso lesterno rispetto allasse della spirale. La-elica stabilizzata da legami idrogeno intracatena che si formano tra lossigeno carbonilico di un legame peptidico e lidrogeno ammidico di un legame peptidico situato a 4 residui di distanza sulla catena. La prolina interrompe la-elica!!! Gli amminoacidi con catene laterali (-R ) voluminose o cariche possono interferire con la formazione della-elica.
Le propriet idrofobiche o idrofiliche di una alfa-elica dipendono dalle catene laterali degli aa
Ogni idrogeno ammidico coinvolto in un legame idrogeno con il carbonile di un altro amminoacido
Legame H
a-elica
ponte-H ogni 3,6 aminoacidi
Struttura secondaria
(foglietto b)
E una struttura ripiegata, formata da 2 o pi catene polipeptidiche (filamenti) quasi completamente distese. I legami a idrogeno sono intercatena e perpendicolari allo scheletro del peptide. Tutti i componenti di un legame peptidico partecipano alla formazione di legami a idrogeno. Tali legami si realizzano tra lossigeno di un gruppo carbonilico di un legame peptidico e lidrogeno del gruppo ammidico di un altro legame peptidico appartenente ad un filamento diverso.
Nei foglietti pieghettati ci sono ancora dei legami ad idrogeno, ma stavolta sono tra fogli adiacenti (sheet)
Struttura secondaria
(foglietto b)
I polipeptidi che formano un foglietto b possono disporsi in modo parallelo o antiparallelo. Un foglietto b pu essere formato anche da una singola catena polipeptidica ripiegata su se stessa: in tal caso i legami a H sono legami
intracatena.
b Sheet
Stabilizzata da legami H intercatena tra N-H & C=O
2 Orientations
Parallel
Struttura terziaria
La struttura terziaria la conformazione tridimensionale, avvolta, di una proteina. La struttura primaria di una catena polipeptidica determina la sua struttura terziaria. Quando una proteina si avvolge su se stessa, gli AA che si trovano in regioni lontane della sequenza polipeptidica possono ugualmente interagire tra loro.
La Struttura Terziaria
La struttura terziaria
la conformazione tridimensionale assunta da una proteina. stabilizzata da legami non covalenti come ponti idrogeno, interazioni idrofobiche tra amminoacidi non polari e legami ionici.
Ma anche da legami
La Struttura Terziaria
covalenti, sotto forma di ponti disolfuro fra due cisteine. Le interazioni che si instaurano a livello tridimensionale coinvolgono amminoacidi non necessariamente vicini nella struttura primaria.
ossidazione
Interazioni idrofobiche
Formazione di sali
Legame idrogeno
Legame disolfuro
E un legame covalente che deriva dalla ossidazione del gruppo sulfidrilico (-SH) di due residui di cisteina con formazione di un residuo di cistina. Le due cisteine possono essere molto lontane nella stessa catena polipeptidica o appartenere a due diverse catene. Essendo legami covalenti, i legami disolfuro concorrono a stabilizzare la struttura delle proteine impedendone la denaturazione nellambiente extracellulare.
La Struttura Terziaria
Quando le interazioni vengono
meno, in presenza di elevate temperature, di pH non ottimale o di detergenti, la struttura tridimensionale viene persa, cos la proteina va incontro a denaturazione, perdendo la sua attivit biologica.
la denaturazione a volte un processo reversibile, e, allontanando l'agente denaturante, la proteina riprende spontaneamente la sua conformazione tridimensionale (che dettata dalla struttura primaria).
RNasi nativa
RNasi denaturata
RNasi nativa
La sequenza aminoacidica contiene tutta linformazione necessaria a specificare la forma tridimensionale di una proteina
Form between adjacent cysteine sulfhydryl groups (-S-H). Formation is oxidation, disulfide breaking is reduction.
Struttura terziaria di proteine Proteine: Fibrose Insolubili in acqua Utilizzate per tessuti connettivi Seta, collagene, cheratina
Proteine globulari Solubili in acqua Usate per proteine cellulari Hanno un struttura complessa tridimensionale
Le catene polipeptidiche formate da pi di 200 amminoacidi in genere comprendono 2 o pi domini, piccole unit compatte. I domini sono le unit strutturali e funzionali di una proteina. Ciascun dominio una regione globulare, compatta, che si forma per la combinazione di pi elementi strutturali secondari (a-eliche, foglietti b, sequenze non ripetitive). Strutturalmente, ciascun dominio indipendente da altri domini della stessa catena polipeptidica. La struttura terziaria riguarda sia il ripiegamento di ciascun dominio sia la disposizione reciproca finale dei domini di un polipeptide.
Src
2 domini con funzioni regolatorie 2 domini con funzioni catalitiche
Molte proteine NON sono ununica catena polipeptidica Sono combinazione di oggetti Aggregati di proteine (globulari o fibrose) Ci possono essere parecchie unit identiche
Molte proteine inglobano un gruppo non proteico che viene utilizzato per compiere una funzione specifica e viene detto PROSTETICO
Struttura quaternaria
Molte proteine sono costituite da una sola catena polipeptidica (proteine monomeriche). Alcune proteine sono costituite da 2 o pi catene polipeptidiche (subunit) strutturalmente identiche o diverse (proteine multimeriche). Lassociazione di queste subunit costituisce la struttura quaternaria. Le subunit sono tenute insieme da
Altre proteine contengono, oltre agli amminoacidi, gruppi chimici funzionali permanentemente associati PROTEINE CONIUGATE. La parte non amminoacidica viene definita GRUPPO PROSTETICO.
In soluzione acquosa le proteine globulari hanno una struttura compatta: le catene laterali idrofobiche si trovano nella parte interna della molecola mentre i gruppi idrofilici in genere si trovano in superficie.
In un ambiente non polare (lipidico), per esempio una membrana, la disposizione opposta: catene laterali idrofiliche allinterno, amminoacidi idrofobici sulla superficie della molecola.
La proteina normale chiamata PrPC (Prion Related Protein Cellular). Questa proteina, presente soprattutto nei tessuti nervosi, probabilmente coinvolta nel trasporto di ioni (quali rame) e nei processi di segnalazione cellulare o nella formazione di sinapsi. Nella proteina normale sono presenti pi sequenze a-elica che sequenze foglietto b.
Al contrario, nella proteina modificata PrPSc (Sc da Scrapie), maggiormente presente la struttura a foglietto b.
La proteina assume facilmente questa conformazione poich pi rilassata. La struttura con prevalenza di sequenze a foglietto b, oltre ad essere nociva per lorganismo, di gran lunga pi resistente alle proteasi dunque meno degradabile.
Quando la PrPSc e la PrPC entrano in contatto, la prima modifica irreversibilmente la seconda, facendole assumere la sua stessa conformazione. PrPSc + PrPC = 2 PrPSc
I prioni mal ripiegati, provocano un sistema a feed-back positivo. A causa della loro elevata resistenza alle proteasi, si accumulano nei tessuti nervosi, formando placche amiloidi e provocando la morte delle cellule. Questo fenomeno causa il tipico aspetto spongiforme del cervello.
Malattie da prioni:
Scrapie
Kuru Fatal familial insomnia BSE (Bovine Spongiform Encephalopathy) Creutzfeldt-Jacob